En été 1983, Keiichi Maebara déménage à la montagne à Hinamizawa où il découvre l'histoire morbide de ce village.

Après avoir découvert une histoire de meurtre associée au projet de construction du barrage, Keiichi essaie de profiter malgré tout du festival annuel du village.

Keiichi apprend la disparition du frère de Satoko. D'une manière ou d'une autre, ses amies semblent toutes liées aux victimes des morts annuelles.

Le comportement effrayant de Rena alarme Keiichi. Le jour suivant, Mion dit quelque chose d'étrange à Keiichi alors qu'il s'entraîne à manier sa batte de baseball.

Les membres du club participent à une compétition dans un magasin de jouets, mais Mion part tôt pour aller travailler. Keiichi voit quelqu'un d'inattendu au restaurant.

Tomitake aide Keiichi à pénétrer dans la remise du lieu saint après avoir parlé des étranges morts liées au projet de barrage d'Hinamizawa.

Lorsque le chef du village disparaît, Keiichi parle de la remise à Rika. Il reçoit ensuite un appel de Shion, la sœur de Mion.

Le bulletin d'informations de la ville appuie la théorie de Rena au sujet de la disparition de Satoko et de Rika. Keiichi se rend chez Mion pour présenter ses excuses.

Alors que Satoko et Rika le sauvent d'une malheureuse tentative de cuisine, Keiichi découvre ce qui est arrivé au frère aîné de Satoko.

La visite du détective Oishi à l'école et ses questions au sujet de Satoko mettent Keiichi mal à l'aise. Le Dr Irie révèle le passé mouvementé de Satoko.

Une crise de nerfs de Satoko en classe inquiète les membres du club. Keiichi prend une décision pour l'aider à ne pas perdre la tête.

Takano emmène Keiichi en voiture et lui donne des conseils glaçants. Les camarades de classe de Keiichi affirment qu'il se trouvait au festival la nuit du meurtre.

En essayant de vérifier si le meurtre a bien eu lieu, Keiichi trouve Satoko à demi-inconsciente dans la baignoire et se précipite à la clinique du Dr Irie.

En juin 1978, le petit-fils du ministre de la construction est enlevé. Avec l'aide d'Oishi, l'inspecteur Akasaka se rend à Hinamizawa pour enquêter.

Akasaka et Oishi retrouvent la victime de l'enlèvement. Le projet de barrage est suspendu et les manifestations cessent, mais la situation est loin d'être bonne.

En 1982, Shion s'enfuit du pensionnat pour revenir à Hinamizawa. Un jour, un garçon vient à sa rescousse face à un groupe de voyous en colère.

Satoshi demande à Mion d'emmener Satoko au festival pour l'éloigner de son oncle et de sa tante. Le soir du festival, sa tante est tuée.

Satoshi disparaît malgré les efforts de Shion pour l'épargner. Shion exige de Mion qu'elle dise la vérité mais cette dernière nie toute implication de leur famille.

Shion prend des mesures drastiques pour faire la lumière et obtenir justice pour Satoshi, mais la situation ne fait qu'empirer.

Alors qu'elle se lance dans une quête de vengeance en solitaire, Shion interroge le chef du village au sujet de Satoshi et découvre qui se cache derrière sa disparition.

Satoko s'efforce de faire face aux horreurs qui se déroulent dans la salle de torture maculée de sang, mais le déchaînement de folie a déjà commencé.

Les membres du club font une bataille de pistolets à eau. Rena continue d'agir normalement mais quelque chose l'inquiète en secret lors de la punition après le jeu.

Rena découvre qu'une femme appelée Rina veut escroquer son père pour lui voler son argent. Lorsque Rina parle de mariage avec son père, Rena voit rouge.

Tomitake meurt et Takano disparaît. Rena trouve de possibles explications dans les notes de recherche de Takano sur la légende du village.

Rena se rend à l'école où elle prend en otage ses camarades de classe avant de menacer de faire tout exploser si la police n'arrive pas à découvrir la vérité d'ici 19 h.