Sono trascorsi dieci anni dai primi incontri ravvicinati con alieni ostili giunti sulla Terra. L'ex colonnello dell'Aeronautica inglese Ed Straker prende il comando della S.H.A.D.O. un'organizzazione segreta destinata a intercettare e distruggere gli UFO. Straker affida al Colonnello Freeman l'incarico di recarsi a Los Angeles per supervisionare il trasporto di un rivoluzionario sistema di rilevazione degli UFO. Durante il volo viene segnalato il rapido avvicinamento di un veicolo spaziale nemico, sfuggito agli intercettori lunari…

Nell'esplosione di un missile partito dallo Sky 1 contro un UFO, rimane coinvolto l'aereo sperimentale privato pilotato da Paul Foster. Il copilota muore nell'incidente, ma Foster riesce a salvarsi e tenta in ogni modo di convincere il suo capo di aver visto un oggetto volante non identificato. Non avendo prove per suffragare le sue dichiarazioni, Foster inizia a svolgere indagini per proprio conto, aiutato dalla sorella del suo copilota…

Alla S.H.A.D.O. gli scienziati hanno messo a punto una nuova teoria: forse gli alieni non si limitano a prelevare gli organi dagli abitanti della Terra per sopravvivere, ma riescono a trasferire la loro mente nel corpo dei terrestri rapiti. Questo spiegherebbe lo strano comportamento del pilota Jim Regan: da quando la moglie è stata rapita dagli alieni, sembra subire l'influenza di un gatto che si aggira indisturbato nei corridoi della base...

Straker è convinto che i rifiuti spaziali siano un rischio per le operazioni della S.H.A.D.O. e chiede al Generale Henderson di finanziare un programma per eliminarli. Un modulo lunare viene distrutto durante il rientro sulla Terra da una sonda aliena ed Henderson, convinto che l'incidente sia stato causato da un errore del pilota, vieta tutti i voli lunari. Paul Foster infrange personalmente e senza autorizzazione il divieto per dimostrare che l'incidente non fu dovuto a errore umano...

Mentre sta correndo incontro a suo padre, Johnny, il figlio di Straker, viene investito da un'automobile. Trasferito d'urgenza all'ospedale, il bambino si rivela purtroppo allergico agli antibiotici e per salvagli la vita è necessario far giungere da New York un farmaco sperimentale. Proprio durante questi angosciosi momenti un UFO si schianta in Irlanda, un alieno ne esce illeso e si rifugia nella casa di un'anziana donna cieca, dove installa un impianto trasmittente. Freeman, che non sa nulla della terribile vicenda che ha colpito la famiglia di Straker, ordina che il mezzo in arrivo dagli Stati Uniti venga dirottato in Irlanda, sul luogo in cui è precipitato l'UFO e informa della decisione il comandante...

Il Comandante Straker ordina al modulo lunare con a bordo il Colonnello Paul Foster e il copilota Frank Craig un angolo di rientro molto pericoloso, per evitare l'attacco di un UFO. La manovra riesce perfettamente, ma i due uomini sono così turbati dall'eccessivo pericolo a cui il comandante li ha esposti, che Craig tenta di uccidere Straker. Ma la ragione della loro ira è da ricercarsi altrove...

Un UFO colpisce e distrugge una nave militare nell'Oceano Atlantico. La S.H.A.D.O. invia uno Skydiver con a bordo anche Straker e Paul Foster, ma durante la missione il mezzo subacqueo subisce un attacco extraterrestre e gli occupanti si ritrovano bloccati, senza via di scampo e con una ridottissima riserva di ossigeno all'interno del sottomarino. Per salvare i suoi uomini, Straker deve tenere a bada la sua claustrofobia ed escogitare un modo sicuro per tornare in superficie...

Dopo aver subito un attacco una nave riesce ad abbattere un UFO nell'Oceano Atlantico, ma perfino la S.H.A.D.O. non può ottenere informazioni dettagliate sull'accaduto. Per saperne di più, Paul Foster corteggia Sarah Bosanquet, la segretaria dell'Ammiraglio Sherringham, e riesce a scoprire che la nave ha il compito di scaricare in mare dei bidoni contenenti un potente gas nervino che, se liberato nell'atmosfera, potrebbe distruggere tutta la vita sul pianeta…

Una donna e il suo amante stanno progettando di uccidere il marito di lei. Proprio in quel momento un UFO supera le difese della S.H.A.D.O. e atterra poco distante dal cottage dove sta per avvenire l'omicidio. L'occupante della nave aliena si inoltra nel bosco fino a raggiungere la casa dei due amanti che lo uccidono, convinti che si trattasse del marito. Quando Foster giunge alla casa, trova la coppia sotto shock e li conduce alla S.H.A.D.O. dove i due si aspettano delle spiegazioni che non possono essere fornite...

La S.H.A.D.O. ha messo a punto una macchina fotografica in grado di scattare immagini dettagliatissime da qualsiasi altitudine e con qualunque ingrandimento. Straker intende equipaggiare una sonda spaziale con la nuova macchina e lanciarla all'inseguimento di un UFO, in modo da avere fotografie ad alta risoluzione del pianeta degli alieni e per questo si batte di fronte alla Commissione Internazionale di Astrofisica per ottenere un finanziamento di un miliardo di dollari...

Una stazione di rilevamento della S.H.A.D.O. viene rasa al suolo da un'esplosione. Dopo pochi giorni uno Skydiver viene attaccato e distrutto. L'unico punto in comune fra i due avvenimenti è la presenza di un civile sul luogo del disastro. I responsabili di questi attentati sono degli esseri umani condizionati e dotati di straordinari poteri dagli alieni. Una di queste persone è ancora viva e sta per colpire il Quartier Generale...

Un UFO si posa sulla superficie lunare, nascosto dalla scia di un meteorite. Un alieno si avvicina a piedi a Base Luna e infrange un oblò della sfera ricreativa, causando una improvvisa decompressione che uccide un tecnico della S.H.A.D.O. Due squadre di ricognizione a bordo di Lunamobili raggiungono l'UFO nascosto in un cratere e, quando gli alieni aprono il fuoco, intervengono gli intercettori. Nello scontro Foster resta ferito e la sua radio si guasta, mentre un alieno nelle stesse condizioni si sta avvicinando...

Un UFO si autodistrugge a poca distanza da Base Luna. Straker si reca sul posto insieme al Colonnello Foster per indagare. Durante la loro permanenza sulla base, un astronauta impazzisce e, preda di allucinazioni, aggredisce alcuni membri della S.H.A.D.O. Tornato sulla Terra, Straker ha una vivace discussione con il Generale Henderson, fino a quando un uomo grida «Stop» e il comandante scopre di trovarsi su un set cinematografico. E' l'inizio di un incubo in cui Ed Straker non riesce più a distinguere tra realtà e fantasia, tra amici e nemici…

Il membro della S.H.A.D.O. Paul Roper viene ricattato da un medico che fornisce segrete informazioni agli alieni. Inizialmente Roper rifiuta di collaborare, ma alla fine è costretto a cedere di fronte alla minaccia di uccidere sua moglie. Nel corso di un controllo medico a cui Roper viene sottoposto, emergono livelli di stress molto alti, tanto da insospettire il Comandante Straker, che decide di porlo sotto sorveglianza...

Craig Collins sta rientrando sulla Terra su un modulo lunare quando viene attaccato da un UFO. Il Comandante Straker è sconvolto dalla perdita perché il Colonnello Collins, oltre a essere uno degli ufficiali migliori della S.H.A.D.O. era anche un suo caro amico. Inaspettatamente l'astronauta riappare dopo otto settimane, pronto a riprendere il suo lavoro, ma Virginia Lake e il Colonnello Grey notano in lui degli strani comportamenti…

Su Base Luna si verificano strani black-out nelle comunicazioni. Foster sospetta che la causa siano interferenze provocate dalle apparecchiature della base di ricerca Dalotek, costruita di recente nelle vicinanze di Base Luna. La S.H.A.D.O. esegue un approfondito controllo del personale e delle attrezzature della Dalotek, ma tutto pare in ordine. Un nuovo black-out mette in grave pericolo la base, ma il team della Dalotek ha appena scoperto la presenza di uno sconosciuto dispositivo, nascosto in un cratere..

Straker irrompe nei locali della S.H.A.D.O. distruggendo tutto quello che gli capita sotto mano. Con l'aiuto di alcuni uomini, il Colonnello Foster riesce finalmente a immobilizzarlo e a farlo portare in infermeria dove Straker inizia un racconto allucinante in cui descrive un Quartier Generale dove gli uomini e gli oggetti sono perfettamente immobili, come se fossero stati congelati nel tempo. In quell'ambiente surreale soltanto lui, il Colonnello Lake e un misterioso intruso sono liberi dalla prigionia del tempo…

Di ritorno esausto dopo un party notturno, il Colonnello Foster si reca alla palestra della S.H.A.D.O. Mentre si sta rilassando nella sauna, gli extraterrestri riescono a penetrare nell'edificio e lo rapiscono. Portato a bordo di un UFO, Foster viene vestito con una tuta aliena e condizionato a respirare attraverso un liquido, come fanno gli extraterrestri...

Il Colonnello Paul Foster è sospettato di alto tradimento. Notizie di operazioni segrete sono trapelate alla stampa e le prove contro di lui sono schiaccianti. La pena prevista è la morte. Straker non riesce a convincersi che il suo fidato collaboratore sia una spia e, insieme a Freeman, inizia un'indagine per conto proprio, cominciando con il perquisire minuziosamente l'appartamento di Foster...

Un intercettore viene distrutto durante la collisione con un UFO e il Comandante Straker ordina che il personale della S.H.A.D.O. che ha condotto l'operazione sia trasferito sulla Terra per un'inchiesta psicanalitica che sveli le cause di un incidente che forse si poteva evitare. I risultati dei test mettono in luce un coinvolgimento emotivo fra il Tenente Ellis e il pilota Mark Bradley, che era alla guida di uno degli intercettori. Forse il tenente ha esitato a prendere una decisione che avrebbe potuto costare la vita al suo amico…

Un addetto della S.H.A.D.O. è appena diventato papà. Il lieto evento risveglia in Straker i ricordi dei primi tempi del suo matrimonio. Proprio quando stava per partire per la luna di miele, il comandante dovette abbandonare, senza poterle dare delle spiegazioni, sua moglie Mary nella sala d'aspetto dell'aeroporto per precipitarsi a una riunione in cui si decidevano le sorti della nascente organizzazione S.H.A.D.O. Quello fu solo l'inizio di un periodo tormentato, in cui la vita privata di Ed e Mary fu messa a dura prova...

Un UFO sfugge ai severi controlli di Base Luna e raggiunge la Terra, posandosi nei pressi di un'immensa tenuta di campagna. Le ricerche del disco volante conducono alla scoperta dei cadaveri di un hippy e del suo cane. Notando un silenzio assoluto e innaturale nella zona, Foster sospetta che l'UFO si possa essere nascosto sul fondo di un lago e per stanarlo ricorre agli Shado Mobiles…

Lo Skydiver indaga sull'affondamento della nave Kingston e si ritrova faccia a faccia con un UFO che sta emergendo dalle profondità marine. Scopre sul fondo un cavo destinato al rifornimento energetico dei dischi volanti e seguendolo giunge a una grande cupola sottomarina. Il Comandante Straker decide di indagare di persona e, insieme a Foster, si immerge e si avvicina alla misteriosa costruzione. Dalla superficie semitrasparente della cupola, i due riescono a scorgere all'interno uno degli ufficiali della S.H.A.D.O...

Nella veste di produttore usata come copertura, Straker viene intervistato da Josephine Fraser, una giornalista indipendente. Al termine dell'intervista, Straker teme che la ragazza possa avere registrato qualche comunicazione della S.H.A.D.O. e decide di seguirla per sequestrarle il nastro. Lascia il comando a Freeman che si ritrova a dover affrontare una situazione di emergenza: sulla Luna un veicolo spaziale russo senza controllo sta per schiantarsi contro Base Luna…

Catherine Frazer si risveglia da un coma durato ben dieci anni, dal triste giorno in cui fu investita dall'auto guidata da Ed Straker. Quando il comandante apprende la notizia, si precipita al capezzale della ragazza, la quale, ignara che siano trascorsi diversi anni, è ancora fortemente turbata dai fatti avvenuti la sera prima dell'incidente. Racconta a Straker che quella notte aveva visto due extraterrestri nascondere qualcosa, forse una bomba, in una cascina abbandonata poco distante da Londra…