เมื่อผู้บุกรุกลึกลับแอบขึ้นยานเอนเทอร์ไพรซ์และขโมยสมองของสป็อคไปอย่างแยบยล โบนส์ต้องพยายามรักษาชีวิตของสป็อคไว้ ขณะที่เคิร์กออกติดตามหัวขโมย

เคิร์กออกคำสั่งให้เอนเทอร์ไพรซ์ข้ามโซนเป็นกลางและเข้าสู่จักรวาลโรมูลันอย่างจงใจ และถูกยานรบโรมูลันล้อมไว้ทันที

เคิร์กติดอยู่บนดาวเคราะห์ที่ประชากรมีรูปร่างเหมือนชาวอเมริกันพื้นเมือง เคิร์กสูญเสียความทรงจำของเขาไปและได้รับการยกย่องให้เป็นพระเจ้า

เอนเทอร์ไพรซ์มาถึงอาณานิคมของสหพันธ์ที่พวกผู้ใหญ่ตั้งหน้าตั้งตาเข่นฆ่ากันเอง แต่พวกเด็กๆ กลับเล่นกันโดยไม่สนใจอะไร

เอนเทอร์ไพรซ์ต้องพาคอลลอสซึ่งเป็นทูตของชาวเมดูสันไปส่งให้ถึงที่หมาย พร้อมด้วย ดร.มิแรนด้า โจนส์ ล่ามทางโทรจิต และลอเรนซ์ มาร์วิคผู้เป็นวิศวกร

โทษฐานที่บุกรุกดาวเคราะห์โดยไม่ได้รับอนุญาตทำให้ประชากรดาวเคราะห์เรียกร้องให้กัปตันเคิร์กและคณะสำรวจต้องแสดงละครจำลองการต่อสู้ด้วยปืนที่โอเค คอร์รัล

สิ่งมีชีวิตชนิดหนึ่งวางกับดักลูกเรือของเอนเทอร์ไพรซ์และลูกเรือของยานรบคลิงออนที่ใช้การไม่ได้ในระหว่างสงครามที่ไม่รู้จบบนเอนเทอร์ไพรซ์

เอนเทอร์ไพรซ์พบว่ากลุ่มดาวที่อยู่ในเส้นทางเข้าชนดาวเคราะห์คือยานอวกาศโบราณ

เคิร์กและซากยานดีไฟแอ้นท์หายไปในห้วงอวกาศ ที่อยู่คั่นระหว่างจักรวาล

กรณีฉุกเฉินทางการแพทย์ทำให้เคิร์ก สป็อค และแมคคอยต้องพบกับสังคมต่างดาวที่ครั้งหนึ่งเคยรุ่งเรืองอยู่บนโลกในยุคของเพลโต

เอนเทอร์ไพรซ์ตอบสัญญาณขอความช่วยเหลือจากดาวเคราะห์สกาลอส แต่เมื่อคณะสำรวจลงไปที่นั่น พวกเขากลับไม่พบสิ่งมีชีวิตอยู่เลย

ขณะที่ติดอยู่ในห้องทดลองต่างดาว เคิร์ก สป็อค และแมคคอยได้พบกับผู้ที่หยั่งรู้ใจคนอื่นและต้องเข้าไปเกี่ยวข้องกับการทดลองหลายอย่าง

เอนเทอร์ไพรซ์ต้องนำส่งตัวอีลาน ซึ่งเป็นสมาชิกเชื้อพระวงศ์ชั้นปกครองของนักรบอีลาเซียนไปที่ดาวเคราะห์ของศัตรูพวกเขา ชาวโทรเยียน

อดีตกัปตันยานอวกาศซึ่งขณะนี้บุกยึดโรงพยาบาลบ้าที่ตนเองพักอยู่ได้จับเคิร์กและสป็อคเป็นนักโทษ

เอนเทอร์ไพรซ์พบกับมนุษย์ต่างดาวสองสี สองคน ที่ทำให้ยานต้องเข้าไปพัวพันกับข้อพิพาทเก่าของพวกเขา

เคิร์กลงไปที่ดาวเคราะห์กีเดียนแต่กลับพบว่าตัวเองติดอยู่ในยานเอนเทอร์ไพรซ์ที่ถูกทิ้งร้าง

หลังจากคณะสำรวจของยานเอนเทอร์ไพรซ์ลงไปตรวจสอบดาวเคราะห์ที่น่าสนใจทางธรณีวิทยา ยานของพวกเขาก็ได้ถูกเหวี่ยงไปทั่วกาแล็คซี่

เอนเทอร์ไพรซ์ออกเดินทางเพื่อไปติดตั้งอุปกรณ์ใหม่บนเมโมรี่ อัลฟา ซึ่งเป็นศูนย์เก็บคลังข้อมูลกลางของสหพันธ์

เคิร์ก สป็อค และแมคคอย ถูกส่งตัวไปดาวเคราะห์ที่คิดว่าไม่มีใครอาศัยอยู่เพื่อเก็บแร่ไรทาลินที่สามารถต้านไข้ไรเจเลียนที่กำลังระบาดอยู่ได้

เอนเทอร์ไพรซ์ได้รับคำสั่งให้ติดตามกลุ่มผู้มีความเชื่อแบบที่ต่อต้านรัฐบาลและขโมยยานอวกาศไป

เคิร์กและสป็อคติดพันอยู่ในการปฏิวัติบนดาวเคราะห์ที่ปัญญาชนและศิลปินอาศัยอยู่ในเมืองดังสรวงสวรรค์บนท้องฟ้า

ดาวเคราะห์ซาร์พีดอนกำลังจะถูกดาวฤกษ์อย่างเบต้า ไนโอบี ทำลายและกำลังจะเกิดซูเปอร์โนวาขึ้น

เคิร์กต้องเผชิญหน้ากับความเกลียดชังของคนรักเก่านามเจนิส เลสเตอร์ ผู้ซึ่งมีอาการป่วยอย่างรุนแรงจากรังสีที่สมอง