엔터프라이즈호에 갑자기 등장한 여인이 모두를 순식간에 쓰러뜨린다. 커크 선장과 대원들이 눈을 떴을 땐, 여인은 이미 사라져 버렸다. 스팍의 뇌와 함께.

커크의 명령에 따라 엔터프라이즈호는 의도적으로 로뮬란 영역의 중립 지대를 통과하고, 곧 로뮬란 전함에 포위된다.

미국 인디언을 닮은 주민들의 행성에 발이 묶인 커크 선장은 기억을 잃고 신으로 불리게 된다.

엔터프라이즈호는 연방 식민지에 도착한다. 어른들끼리 서로 죽여 모두 사라진 가운데, 아이들만 이곳에 남아 보살핌을 받지 못한 채 뛰어논다.

엔터프라이즈호는 메두사의 대사 콜로스와 그의 텔레파시 통역사 미란다 존스 박사, 엔지니어 로렌스 마빅을 태우고 이동한다.

텔레파시 경고를 무시하고 커크 선장과 대원들이 멜콧인들의 행성에 발을 들인다. 무단침입이라는 죽어 마땅한 죄의 대가로 OK 목장의 결투를 재현해야 한다는데.

엔터프라이즈호에 들어온 한 개체가 엔터프라이즈호 선원과 고장 난 클링온 순양 전함의 선원들을 끝없이 싸우게 만든다.

엔터프라이즈호는 행성과 충돌하게 될 소행성처럼 보이는 존재가 실제로는 탑승자가 있는 고대의 세대 우주선임을 알게 된다.

커크 선장과 버려진 우주선 디파이언트호는 우주 사이의 간극 속으로 사라진다.

절박한 조난 신호를 받고 간 미지의 행성. 여러모로 고대 그리스를 연상케 하는 이곳을 커크 선장과 대원들은 쉽사리 떠날 수 있을 것 같지 않다.

엔터프라이즈호의 지상팀이 구조 요청에 응해 어떤 행성으로 내려간다. 생명체를 전혀 발견하지 못해 애를 먹는 사이, 대원 하나가 순식간에 사라진다.

바이안의 실험실에 갇힌 커크 선장과 스팍, 맥코이. 성대가 없는 무언의 존재를 만나는데. 상대의 감정과 신체 반응을 그대로 감지하는 능력을 지닌 듯하다.

전사들의 행성에서 온 엘란이 엔터프라이즈호에 탑승한다. 평화를 위해 원수 행성의 통치자와 결혼할 예정이라는데, 오만하고 적대적인 태도로 모두를 힘들게 한다.

한 행성의 연방 정신병원을 방문한 커크 선장과 스팍. 정신병 퇴치를 위해 신약을 전달하려던 것인데 그곳에 갇히고 만다. 그리고 이상 행동을 보이기 시작한다.

두 가지 색상으로 이루어져 있으며 상호 적대적인 2명의 외계인을 만난 엔터프라이즈호는 이들 사이의 오랜 갈등의 소용돌이에 휘말리게 된다.

기드온 행성으로 빔다운한 커크 선장은 버려진 엔터프라이즈호에 발이 묶이게 된다.

지질학적으로 신비한 행성으로 지상팀이 조사를 떠난다. 그런데 트랜스포터 사용 중 이상한 일이 벌어지더니, 상륙과 동시에 엔터프라이즈호가 사라져 버린다.

엔터프라이즈호는 연방의 중앙 도서관 저장 시설인 메모리 알파에 새로운 장비를 설치하는 작업을 순조롭게 진행한다.

엔터프라이즈호에 심각한 전염병이 돈다. 치료제를 구하려고 한 행성으로 내려간 커크 선장 일행. 생명체가 없다고 알려진 이곳에서 인간이 감지되는 건 왜일까.

엔터프라이즈호는 우주 순양함을 훔친 반체제 이상주의자 집단을 추적하라는 명령을 받는다.

커크 선장과 엔터프라이즈호 대원들이 자신의 눈을 의심한다. 에이브러햄 링컨이 스크린에 모습을 드러냈으니. 승선을 요청하는 것으로 보아 환영은 아닌 듯한데.

곧 신성 폭발이 예정된 베타 나이오비. 이 별의 위성에 문명화된 휴머노이드가 살고 있다는 것이 문제. 그런데 경고를 해주러 간 그 위성은 놀랍게도 텅 비어있다.

커크 선장이 옛 연인과 재회한다. 하지만 그녀는 방사능 노출로 몸도 가누지 못하는 상태. 대원들이 두 사람에게 자리를 비켜준 사이, 심각한 일이 벌어지고 만다.