엔터프라이즈호에 1968년의 지구 역사를 관찰하라는 임무가 부여된다.

엔터프라이즈호는 지구 로마 제국의 20세기 버전과 같은 억압적 통치가 이루어지고 있는 행성을 발견한다.

엔터프라이즈호는 인간의 도움 없이 우주선을 운항하도록 설계된 새로운 M-5 멀티트로닉 컴퓨터 시스템의 테스트 우주선으로 선정된다.

커크 선장이 어려움에 봉착한다. 엑시터호의 트레이시 선장이 원칙을 어기고 있음을 알아낸 것. 타행성 원주민의 삶에 개입하고 있는 트레이시 선장을 어찌해야 할지.

조난 신호를 받고 커크 선장과 대원들이 미지의 행성에 간다. 하지만 우주선이나 잔해의 흔적이 전혀 없다. 바로 그때, 멀쩡한 상태로 돌연 나타난 두 인물.

문화 관찰자로 파견된 사람이 사라졌다. 실종자의 행방을 쫓아 한 행성에 간 커크 선장과 스팍. 그곳 압제자들의 제복에서 나치 문양을 보고 깜짝 놀란다.

인간보다 훨씬 우월했지만 대재앙을 겪고 말았다는 고대 종족. 음성만으로 커크 선장 및 일행과 소통하더니, 세 사람의 육체를 요구하기에 이른다.

커크는 13년 전에 가본 적 있는 뉴럴 행성을 다시 방문한다. 이전에 왔을 때 사귄 커크의 친구가 현재는 거주민들의 지도자가 되어 있다.

엔터프라이즈호는 은하계를 위협하는, 에너지를 빨아들이는 거대한 우주 생물체를 만난다.

요청을 받고 한 행성으로 내려간 커크 선장, 스팍, 맥코이. 그들을 맞이한 건 중절모를 쓰고 총을 든 남자들이다. 1920년대 지구의 마피아와 모습이 흡사한데!

이상한 행성에 착륙해 노예가 된 커크 선장, 우후라, 체코브. 노예 훈련을 받고 이곳에 평생 살게 될 운명에 처했다. 탈출을 시도하지만 바로 붙들려 버리고.

커크는 연방 관료, 클링온 순양 전함, 털로 덮여 가르랑거리며 식욕이 왕성한 작은 생명체를 애완동물로 파는 상인 문제를 해결해야 한다.

스코티는 벨리 댄서를 살해했다는 혐의를 받게 된다.

커크 선장은 젊은 시절 만난 적이 있는 구름 형태의 불가사의한 생명체를 집요하게 추적한다

한 행성의 20대 대원들이 늙어 죽거나 백발의 노인이 됐다. 모두를 놀라게 한 급격 노화 현상. 모든 게 정상으로 확인되니 원인을 알 수가 없다.

연방과 클링온은 카펠라 IV 행성의 거주민인 한 전사 부족과 동맹을 맺기 위해 서로 경쟁한다.

주요 인사들을 중요 연방 회의에 데려가는 임무. 덕분에 엔터프라이즈호가 손님들로 북적인다. 그런데 손님 중엔 스팍이 수년간 인연을 끊은 부모님도 있었으니.

엔터프라이즈호 선원들은 의문의 에너지 구름을 마주쳐 감마 카나리스 N 행성으로 끌려가고, 이곳에서 이들은 조난자 한 명을 만난다.

엔터프라이즈호를 차지하려는 음모를 가지고 돌아온 해리 머드는 자신의 명령에 복종하는 안드로이드가 사는 행성에 선원들을 묶어 두려 한다.

저주에 걸렸으니 어서 떠나라는 경고가 들려오자, 커크 선장과 지상팀이 미지의 행성으로 내려간다. 으스스한 안개가 깔린 그곳. 끔찍한 형체가 나타나 경고를 되뇐다.

파괴된 콘스털레이션호가 발견됐다. 내부를 수색하던 커크 선장과 대원들이 쓰러져 있는 준장을 깨우는데, 혼이 나간 상태인 그는 악마를 봤다고 주장할 뿐.

에덴동산을 연상케 하는 아름다운 행성. 커크 선장과 지상팀이 주변을 둘러보던 중, 대원 하나가 유독 식물에 당하고 만다. 하지만 위험은 시작에 불과했으니.

커크, 맥코이, 스코티, 우후라는 자신들이 거울 우주의 엔터프라이즈호에 있고, 이곳은 무자비한 야만인들의 지배를 받고 있음을 알게 된다.

인공 지능 탐사체가 조작된 공격 임무를 수행하러 엔터프라이즈호로 승선한다. 이 탐사체는 커크 선장이 자신의 창조주라고 혼동한다.

그리스 신 아폴로라고 주장하는 강력한 존재가 나타나서 선원들에게 자신의 행성에 내려 자신을 숭배하라고 요구한다.

요즘 스팍이 이상하다. 극도로 예민하게 굴며 음식까지 거부한다. 급기야 휴가를 신청하는데, 무작정 고향 별로 갈 거라며 이유도 말하려 하지 않는다.