Kapitán Kirk míří na planetu Altair VI reprezentovat Spojenou federaci planet při inauguračním ceremoniálu nového prezidenta planety. Ještě před zadáním kurzu se však vyskytuje problém v podobě náladovosti pana Spocka, resp. zuřivosti. To je u Vulkánce značně podivné a ještě více to, že první důstojník žádá o dovolenou, kterou vždy odmítal.

USS Enterprise doráží na orbitu planety Pollux IV, když je najednou zachytí energetické pásmo v podobě lidské ruky. Veškeré snahy o uvolnění jsou neúspěšné a pan Spock hlásí zvláštní záznamy na jednom z jeho senzorů. Na obrazovce se objevuje hlava muže, který tvrdí, že posádka Enterprise jsou jeho děti a tímto jsou na konci jejich pět tisíc let dlouhé cesty. Kirk jej upozorňuje, že se budou bránit, ale neznámá bytost je schopna sevřít ruku a tak rozdrtit Enterprise. Po demonstraci své síly si žádá kapitána Kirka s jeho důstojníky, kromě pana Spocka.

Posádka lodi Enterprise se setkává s neznámou existencí, která na ní útočí. Po pokusu o kontakt se neznámý objekt identifikuje jako Nomád. Přístroje uvádí, že jde o bezmála 500 kg těžkou, asi metr velkou loď. Pro její rozměry je možné jí přenést na palubu. Záhy se ukazuje, že nejde o kosmickou loď, ale o samostatný přístroj, snad sondu. Mluvící předmět se opakovaně identifikuje jako Nomád, což je také jméno sondy, kterou lidstvo vyslalo do vesmíru před staletími. Podle dostupných informací však byla zničena.

Kosmická loď USS Enterprise je na orbitě planety Halkan pro vyjednání svolení k těžbě dilithia. Halkánský koncil však Federaci odmítá s tím, že by energie dilithia mohla být využita pro ničení nebo zabití, byť jediného člověka. Protože kolem planety sílí magnetická bouře, Kirk žádá Spocka na Enterprise k transportu. Během transportu se však projeví vliv magnetické bouře a transportér propojí dva paralelní vesmíry. Kapitán Kirk, šéfinženýr Montgomery Scott, doktor McCoy a komunikační důstojník Nyota Uhura se zhmotňují v jiných uniformách na úplně jiné Enterprise, kde prvním překvapením je Spock s bradkou, který před očima příchozího výsadku krutě trestá obsluhu transportérů.

Posádka se dostává na orbitu planety Gamma Trianguli VI. Výsadek čítající kapitána Kirka, pana Spocka, doktora McCoye, poručíka Čechova a několik dalších členů posádky zjišťuje, že planeta má neobvykle úrodnou půdu, teplota je po celém povrchu téměř konstantních 24,5 °C. Celé prostředí se zdá být jako rajská zahrada, ale pouze do doby, než umírá první člen výsadku (Redshirt).

Enterprise zachytává signál další lodi Federace USS Constellation, které velí kapitán Matthew Decker. Když Enterprise doráží ke Constellation je patrné, že je značně poničená a na samotném můstku nefungují systémy podpory života. Signály senzorů jsou značně rušené, ale kapitán Kirk se vydává s výsadkem na palubu Constellation, kde nachází jediného živého člena posádky, kapitána Deckera.

Hvězdného data 3018.2 Enterprise prozkoumává planetu, která je údajně bez forem života. Z výsadku, který tvořil vrchní inženýr Scott, poručík Sulu a pan Jackson, se vrátí jenom poslední jmenovaný a po výstupu z transportéru je mrtvý.

Kapitán James T. Kirk s Dr. McCoyem a panem Spockem míří v raketoplánu NCC-1701/1 zpět na místo setkání s Enterprise. Společně převáží komisařku Nancy Hedfordovou, která byla nakažena Sakurovskou chřipkou. Headfordová je značně protivná a McCoy upozorňuje, že je třeba jí dopravit co nejrychleji na Enterprise. V průběhu letu jsou neznámou silou přitaženi na povrch planetoidu v soustavě Gamma Canaris, kde se ihned snaží malý raketoplán opravit. Najednou se objevuje muž, který se představuje pouze jako Cochran a ujišťuje posádku, že opravit přístroje nebude možné, protože sám na planetě dávno uvízl a nelze nic opravit.

Enterprise očekává delegace různých civilizací, které má dopravit do sněmovního hlasování Spojené federace planet na Babylón, kde má dojít ke hlasování o přijení Coridianů. Planeta Coridian je velkým zdrojem dilithia.

Kapitán Kirk s posádkou doráží na orbitu planety Capella IV, kde má Spojená federace planet enormní zájem o práva těžby, které ale musí udělit tamní civilizace Capellanů. Dr. Leonard McCoy na setkání před výsadkem vysvětluje, že jde o bojovný národ válečníků, kteří jsou proslulí svou hrdostí, pravidly, čestností ale také možnou nebezpečností. Počítá se s tím, že o těžbu mají zájem také Klingoni, kteří mohou být v dosahu.

Enterprise má dodat zásoby výzkumné kolonii, ale výsadek s kapitánem Kirkem, prvním důstojníkem Spockem, vrchním lékařem Dr. McCoyem vrchním inženýrem Montgomerym Scottem, poručíkem Čechovem a poručíkem Galwayovou zjišťuje, že osadníci kolonie trpí neúměrnou rychlostí stárnutí.

Na povrchu planety našla posádka zásoby tritania, prvku více jak 20x tvrdšího než diamant. Při výsadku členové výsadku ucítí nasládlou vůni medu. Kirk znejistí, nechá prozkoumat oblast a zároveň upozorňuje své muže, aby pátrali po známkách dikironia. Spock nechápe Kirkovo jednání a upozorňuje, že dikironium existuje pouze v laboratorních podmínkách. Dvojice mužů umírá po napadení zvláštním oblakem dýmu. Kirk rovnou oznamuje, že při ohledání bude zjištěno, že jim z těl zmizely veškeré červené krvinky. Jeden přeživší je transportován na ošetřovnu, kde následně také umírá.

Planeta Argelius II je známá svou kulturou pozemského Blízkého východu a mírumilovností. Kapitán Kirk, Dr. Leonard McCoy a vrchní inženýr Scott jsou na povrchu v tamním podniku. Scotty se setkává s jednou z orientálních tanečnic a spolu odchází na procházku po okolí. Když se i Kirk s McCoyem rozhodnou k odchodu, uslyší ženský křik. Záhy nachází Scottyho s dýkou v ruce nedaleko mrtvé mladé dívky.

Je zachycen signál priority 1 z vesmírné stanice K-7, který značí částečnou nebo úplnou zkázu. Protože se stanice nachází poblíž Shermanovy planety, o kterou se pře Federace s Klingony, Kirk dává povel k setkání se stanicí. Když loď doráží ke stanici K-7, je zřejmé, že žádné zjevné ohrožení není. Kapitán Kirk je značně rozhořčen, že správce stanice použil signál priority jedna neoprávněně a vydává se s panem Spockem na stanici. Zde se setkává i s Nilzem Barisem, podtajemníkem Federace v zemědělských záležitostech a jeho asistentem Arne Darvinem. Správce vysvětluje, že rozkaz pochází od Barise, který vysvětluje, že potřebuje všechny bezpečnostní členy Enterprise pro hlídání skladů kvadrožitovce, obdoby žita určeného pro Shermanovu planetu. Kirk je tímto naprosto rozhořčen, ale na přimluvení správce povolává dva členy posádky pro hlídání skladů. Baris je dotčen tím, že k úkolu bylo přiděleno tak málo mužů. Kirk dává zbytku posádky volno.

USS Enterprise přilétá na orbitu planety Gamma II, kde se nachází stanice Federace. Kirk určí k sobě pro výsadek poručíka Uhuru a praporčíka Čechova. Namísto klasického přenosu najednou však mizí neznámo kam z plošiny transportéru. Scott to ihned hlásí na můstek panu Spockovi a začíná pátrání na povrchu planety i v jejím okolí.

Ze systému Sigma Iotia II po stoletém zpoždění přenosu dorazil radiový signál. Tehdy, ještě před zavedením základní směrnice posádka lodi USS Horizon kontaminovala tamější kulturu. Když Enterprise doráží na orbitu planety, kapitán Kirk mluví s Belou Okmyxem, samozvaným „šéfem“. Po dohodnutém termínu se Kirk, McCoy a Spock transportují na povrch planety. Zjišťují, že veškeré obyvatelstvo je ozbrojeno a vše vypadá jako na Zemi v Chicagu 20. let 20. století .

Byl zachycen nouzový signál lodi USS Intrepid. Než Enterprise k lodi obsazené vulkánci dorazí, signál zmizí a pan Spock cítí smrt čtyř set členů jeho druhu. Enterprise doráží na místo, kde objevuje neznámý, čistě černý jev ve vesmíru. Při jeho sledování začíná být posádka oslabena a někteří členové kolabují. Kirk to nejprve dává za vinu dlouhé službě a nemožnosti odpočinku. Posléze se Enterprise dostává přímo do jádra černého úkazu, který celou loď obklopil a táhne ke svému středu.

Loď USS Enterprise přilétá na orbitu planety Neural, kde se vyvíjí zatím primitivní civilizace. Sám Kirk na planetě již byl a zná Tyreeho, vůdce jednoho kmene.

Posádka Enterprise objevuje planetu podobnou Zemi, která je ovšem už přes pět set tisíc let mrtvá bez potřebné atmosféry. Najednou přímo na můstku promlouvá ke kapitánovi cizí hlas, který se představí jako Sargon a přívětivým hlasem chce po Kirkovi, aby se vydal s panem Spockem na planetu. Když Kirk namítá, že nemohou žít v daných podmínkách, hlas jej ujišťuje, že vše zařídí. Záhy se objevuje pod povrchem země komora a transportéry jsou schopné přenést výsadek hluboko pod zem. V transportní místnosti se objevuje také doktorka Ann Mullhalová, které hlas přikázal se hlásit k výsadku. Při přenosu jsou přeneseni všichni až na členy ochranky.

Enterprise přilétá do systému M34 Alfa, kde se v blízkosti nachází planety Ekos a Zeon. Na Ekosu by se měl nacházet specialista Federace John Gill, který byl také Kirkovým profesorem na hvězdné akademii. O Ekosu je známo, že tamní civilizace není moc vyspělá, avšak jde o bojovný druh, zatímco Zeon je technologicky mnohem pokročilejší a jde o mírumilovné obyvatelstvo. Ihned po příletu však na Enterprise míří řízená střela s termonukleární hlavicí. Tu se podaří sestřelit, ale něco nasvědčuje, že došlo ke kontaminaci proti základní směrnici, protože ani jedna z civilizací by neměla mít k dispozici takovou technologii.

Hvězdného data 4657.5 zachycuje Enterprise nouzový signál z planety. Zde se výsadek setkává se zástupci Kelvanské říše, kteří výsadek paralyzují zvláštním zařízením na opasku. Představený útočníků se představuje jako Rojan. Vysvětluje Kirkovi a ostatním, že pocházejí ze sousední galaxie Andromeda a jejich úkolem je najít vhodné místo pro život, protože Andromeda bude za několik tisíc let neobyvatelná. Kelvané jsou očividně mnohem vyspělejší a začnou postupně obsazovat Enterprise. Z rozhovoru mezi Kelvany je patrné, že lidská těla jsou pouze přestupné schránky, které jim dávají také nová zjištění vlastností jako je hmat, čich nebo emoce.

Posádka se nachází poblíž planety Omega IV a další federační lodi USS Exeter. Loď neodpovídá na Uhuřino vysílání a výsadek kapitána Kirka spolu s panem Spockem, Dr. McCoyem a členy ostrahy nachází na lodi pouze uniformy plné zvláštních krystalů. McCoy zjišťuje, že jde o posádku, která byla zbavena veškeré tělesné vody a pouze toto zbylo. Z posledního záznamu lodního deníku je patrné, že šlo o nějakou infekci, která byla přinesena výsadkem z planety a každý, kdo vkročí na loď je infikovaný.

Enterprise se setkává s lodí Lexington komodora Wesleyho, který Kirkovi vysvětluje, že Enterprise se zúčastní bojového cvičení jako návnada pro jeho bojovou jednotku. Kirk nechápe, jaké má cvičení smysl, že proti celé bojové jednotce nemá šanci. Wesley vysvětluje, že Enterprise bude vybavena novým počítačem M5, který vyvinul Dr. Richard Daystrom. Počítač má nahradit celou posádku s výjimkou dvaceti lidí.

Při svých cestách nachází kapitán Kirk s posádkou trosky z hvězdné lodi USS Beagle, která zmizela před šesti lety. Pan Spock vypočítal, že trosky mohou pocházet od jedné planety v systému FGC 892. Beagle byl pod velením kapitána R. M. Merricka, kterého Kirk znal z akademie hvězdné flotily. Enterprise objevuje planetu, která velmi připomíná Zemi. Má stejné složení atmosféry, stejný poměr oceánů a pevniny, sondy ukazují, že je obydlená a částečně znečištěná smogem. Poručík Uhura zachycuje vysílání, které se podobá denním zprávám a naznačují, že obyvatelstvo žije ve společnosti s kombinací Římského impéria a 60. let 20. století. Pár snímků naznačuje, že na planetě existuje otroctví, gladiátorské zápasy, ale i televizní vysílání. Jeden ze zabitých gladiátorů se jmenuje William B. Harrison a byl i člen posádky Beagle.

Hvězdná loď USS Enterprise NCC-1701 pod vedením kapitána Jamese Tiberius Kirka se nachází poblíž planety Země v roce 1968, kam se přesunula pomocí časového warpu a kde má provádět neinvazivní historický průzkum. Náhle transportér zachytí cizí signál přicházející ze vzdálenosti světelných let.