カークはスポックの様子がおかしい、と報告を受ける。調べてみるとスポックはバルカン人の生殖期を迎えており、直ちにバルカン星へ帰らなければ命の危険もあるという。カークはスポックのために司令部の命令を無視して彼をバルカン星へと連れて行く。ところがそこで2人は決闘することに……。

フォルクス4号星の近くで、エンタープライズ号は緑の巨大な手に捕まり、強制的に着陸させられる。そこでカークたちはギリシャ神話の神、アポロと名乗る男に遭遇する。アポロは彼らをこの星に永住させようとする。しかし、カークにはある考えがあった。

人間ほどの小さな宇宙船がエンタープライズ号に侵入してきた。言葉を語るこの宇宙船が言うには、自分のコンピューターには“不完全なるもの”を根絶せよとの指令を受けているという。もちろん、人間も含まれる。しかし、船長のカークという名前を聞くや、なぜか“あなたは私の設計者”だと言い出し、危害を加えなくなった。

カーク船長等4名は惑星ハルカンからの帰路、転送装置が折からのイオン嵐のため故障し、他の宇宙の、もうひとつのエンタープライズ号に転送された。同時に、他のエンタープライズ号の上陸班は、本来のエンタープライズ号に帰還した。もうひとつのエンタープライズ号では暴力が横行し、弱肉強食の状態であった。船長を殺した者が船長になるという具合なのだ。

カーク等は宇宙のパラダイスと呼ばれる惑星ガンマー6号に上陸、探検を始めた。一面美しい森におおわれた中に住民がいるというのだ。だが、一行が森の中を行くうちに、花が毒のめしべをとばしたり、あるいは電光によって隊員たちが次々に死んでいった。ガンマー6号は死のパラダイスとなった。

エンタープライズ号は遭難信号をキャッチするが、急行したL370太陽系は何者かに破壊されて、破片だけが宇宙に漂っていた。多くの惑星を粉々に破壊する恐るべき犯人は果たして何者なのか。やがて前方に、同僚のパトロール船コンステレーション号が操縦不能となって漂っているのを発見。カークたちが調査に向かって、船長のデッカー准将を収容する。デッカーの話では、犯人は巨大な怪物だったという。

Two powerful aliens threaten the well-being of the Enterprise and her crew.

Captain Kirk has a second run-in with the conman, Harry Mudd. Mudd is now the supreme ruler of a planet of androids who cater to his every whim.

A shuttle crew from the USS Enterprise encounters a man out of history and his mysterious alien companion.

The Enterprise must transport dignitaries to a peace conference, with an assassin on the loose.

The crew of the Enterprise become entangled in a planet's tribal power struggle.

Strange radiation exposes the command crew of the Enterprise to the effects of rapid aging.

Captain James T. Kirk becomes obsessed with destroying a deadly entity he once encountered in his youth.

A series of bizarre murders points to Mr. Scott as the prime suspect.

クリンゴン帝国との紛争の絶えない宙域にある宇宙ステーションK7に接近するエンタープライズ。シャーマン惑星だけで育てられる穀物クアドトリティケールをクリンゴンから護衛するために呼び出されたのだ。ところが、珍動物トリブルが繁殖し、この穀物を食べてしまう。

エンタープライズは無人惑星ガンマ2に接近し、装備点検のためにカーク、ウラ、チェコフの3名が上陸しようとした時、突如姿を消してしまった。残ったスポックたちは、ガンマ2を捜索するが発見できない。一方、当のカークたちは、見馴れぬ惑星上に投げ出され、惑星人たちに襲われて、捕虜となっていた。

エンタープライズ号は休養をとるため、第6宇宙基地へ向かっていた。その途中、本艦隊から僚船イントレピッド号の救援に向かえとの命令を受けた。同号が音信を絶ったというのである。現場へ急行したエンタープライズ号は、そこで得体の知れぬ怪獣に遭遇する。

クリンゴンとの不干渉協定を結んだ未開の惑星を13年ぶりに訪れたカークは、昔平和に暮らしていた山と村の部落がお互いに戦っていることに驚く。船に戻ったカークは付近にクリンゴン船もいると知って、住民に銃を与えたのは彼らの仕業とにらんで、マッコイと共に再び調査に赴くが……。

ある惑星から発信された遭難信号を受信したエンタープライズは急行するが、不思議なことにそれは電波ではなく、また惑星上には何ら生命が存在しないことを知って驚く。この惑星は、50万年昔に激変が起こり、それ以来不毛の地と化していた。やがてスポックの探知器に、地下160キロの岩の中に強烈なエネルギー源があることが写し出される。

宇宙の一角に存在するゼオンとエコス星に接近したカークたちは、地球連邦の著名な歴史家、ジョン・ギルに連絡するが応答がない。実はジョン・ギルは、エコス星の文明発展を見守るオブザーバーとして、連邦から秘かに派遣されていたのだが、急に連絡が途絶えたのだった。

エンタープライズはある惑星から発信された遭難信号をキャッチし、現場へ急行した。だが惑星に待ち構えていたのは、アンドロメダ銀河系から来たケルバ星人たちだった。彼らの宇宙船が難破したため、エンタープライズをおびき寄せて乗っ取ろうとしたのだ。

惑星オメガ4へ接近したエンタープライズは、周回軌道上に地球連邦のパトロール船エクセター号がいることを発見する。調査に赴いたカークたちは、エクセター内で恐ろしいものを見た。乗組員が全員小さな白い結晶となり果て、ユニフォームだけを残して死んでいたのだ。これは何者の成せる業なのか？

宇宙ステーションから緊急連絡を受け急行したエンタープライズは、驚くべき任務を命ぜられて関係者一同あ然となる。天才ディストロム博士の新発明、M5コンピューターをエンタープライズにセットし、乗組員はカーク船長以下わずか20名で、M5のコントロールによるテスト飛行を行うというのだ。

メリック船長の宇宙艇ビーグル号は、6年前に惑星4号の観測に向かったきり行方不明になっていた。エンタープライズ号が惑星4号に接近した時、その宇宙艇の残骸が浮遊しているのを発見した。宇宙艇がいん石に衝突し、航行不能に陥ってから、惑星4号に上陸したという可能性が考えられた。カーク船長ら3名は惑星4号に上陸し、驚くべき事実を知る。

エンタープライズでは歴史上の調査のため、光速を破るスピードで20世紀の過去に戻った。そして当時の人類に探知されぬよう電磁スクリーンを張って地球周回軌道に乗るが、その時突然、船は強烈なショックを受け、転送ルームに20世紀の背広姿の男が猫を抱いて現れる。