Enterprise přilétá na planetu M-113, aby zde provedla pravidelnou lékařskou prohlídku. Dr. McCoy se tu setkává se svou dávnou láskou Nancy Craterovou. Vypadá jako by nezestárla ani o den. Několik členů posádky začne záhadně umírat. Dr. McCoy začíná tušit, že to má co dělat s Nancy...

Enterprise převezme ze zásobovací lodě 17tiletého mladíka Charlieho, jehož rodiče před lety záhadně zemřeli. Postupně se však začíná projevovat pravá Charlieho tvář. S pomocí psychických schopností dokáže kohokoliv ovlivnit nebo i zničit.

Enterprise se blíží k velké galaktické bariéře. V blízkosti odhalí paměťové zařízení z pozemského plavidla S.S. Valiant, které se ztratilo už před 200 lety během výzkumu hlubokého vesmíru. Mezitím neznámá entita ovlivní některé členy posádky a kapitán Kirk se rozhodne zamířit k opuštěné hornické planetě Delta Vega, kde provedou nezbytné opravy a možná i něco víc.

Enterprise narazí na planetě Psi 2000 na mrtvý tým vědců. Na palubu se přenese záhadný tvor. Posádka je napadena tajemnou nemocí, která odstraňuje jejich emocionální zábrany. Chovají se velmi uvolněně, jakoby v opojení a nakonec se zcela zblázní. Dr. McCoy musí najít lék, jinak bude loď zničena.

Porucha transportéru zapříčiní, že poté co je přenesen Kapitán Kirk na loď, se zmaterializuje jeho identická kopie, která je násilná. Mezitím část posádky zůstala uvězněna na planetě Alfa 177, kde prováděli průzkum. Na palubě lodi se pohybuje násilná kopie kapitána Kirka a ohrožuje posádku, mezitím na planetě čeká zbytek týmu dokud nebude problém vyřešen. Jenže teplota na planetě rychle klesá.

Enterprise pronásleduje loď, která se odmítla identifikovat. Zachrání z ní na poslední chvíli posádku, poté co je loď zničena v pásu asteroidů. Je tvořena kapitánem Harry Muddem a třemi překrásnými a spoře oděnými ženami, které okamžitě okouzlí mužskou posádku lodě. Enterprise musí doplnit palivo a proto zastaví na nejbližší planetě. Harry Mudd se spojí s místními obyvateli proti kapitánu Kirkovi, aby jej spolu s jeho ženami osvobodili.

Enterprise přiletí k planetě Echo III. Narazí tu na exobiologa Rogera Korbyho. Shodou okolností byla sestra Chapelová jeho snoubenkou. Nikdo z posádky však netuší, že šílený vědec transformuje lidské vědomí do těl androidů a kapitán Kirk se mu jeví jako skvělý objekt pro jeho pokusy.

Enterprise objeví planetu podobnou Zemi, ale jedinými obyvateli jsou děti. Všichni dospělí zahynuli v dávné válce. Následně zjistí, že na planetě je nákaza, která zabíjí všechny obyvatele, pokud dospějí do puberty.

Kirk a psychiatrička Helen Noelová jsou uvězněni v trestanecké kolonii s maximální ostrahou na Tantalusu. V kolonii provádějí experimenty s kontrolou mysli. Přijdou na to, že experimenty měli za úkol napravit trestance eliminací jejich násilnických myšlenek. Aby mohl Spock oba zachránit, musí opět začít používat vulkánské splynutí myslí.

Hvězdná loď USS Enterprise pod dočasným velením pana Spocka objevuje ve vesmíru zvláštní světélkující kostku, která se při pokusu o úhybný manévr vždy navrací do dráhy lodi. Kapitán James T. Kirk zrovna podstupuje čtvrtletní lékařskou prohlídku, a když je povolán na můstek, daří se posádce zničit neznámý objekt phasery.

Hvězdná loď USS Enterprise doráží na základnu 11 poté, co pan Spock zachytí zprávu od kapitána Christophera Pikea. Po příletu na základnu 11 jsou však komodorem Mendezem ujištěni, že Pike zprávu poslat nemohl, protože je v invalidní kóji po střetu se silným gama zářením. Zatímco se kapitán James Kirk snaží s komodorem Mendezem přijít záhadě neexistující zprávy na kloub, první důstojník Spock přesvědčí posádku USS Enterprise falešnou zprávou, že má oprávnění velet lodi a nahraje do lodního počítače souřadnice planety Talos IV. Talos IV je planeta v zakázané zóně a jediná pozemská vesmírná loď, která se k planetě kdy přiblížila byla právě Enterprise pod vedením kapitána Pikea a jeho prvního důstojníka Spocka. Tehdy bylo zjištěno, že planetu obývají Talosiané, rasa s mimořádně vyspělým mozkem a schopností sugesce fikce.

Zasedání soudu je již zřejmé, že záznamy, které Spock přehrává na obrazovce nepocházejí z výpravy Enterprise pod vedením kapitána Pikea, ale jsou vysílány právě z planety Talos IV. Spock dále ukazuje co se dělo po uvěznění kapitána Pikea rasou Talosianů. Postupně se porota dovídá, jak byl Christopher Pike určen pro chov a záchranu Talosianů, jak se posádka Enterprise snažila jej zachránit, ale díky umění talosianské sugesce fikce, byla jejich snaha marná.

Enterprise se oddálila z kurzu, aby ověřila objev doktora Thomase Leightona – zvláštní syntetickou potravu. Doktor Leighton, přítel kapitána Kirka, lhal, aby na planetu přilákal Enterprise, protože v jednom z herců z kočovné společnosti poznal Kodose. Anton Karidian, herec hrající Macbetha, má být podle Leightona masový vrah mající na svědomí přes 4000 lidských životů, známý jako Kodos – popravčí. Právě Kirk a Leighton jsou jedni z posledních živých lidí, kteří Kodose viděli. Podle Kirka je Kodos mrtvý, protože bylo nalezeno zuhelnatělé tělo. To ovšem nebylo nikdy řádně identifikováno.

USS Enterprise se vydává na inspekci stanic lemujících Neutrální zónu mezi Romulanským impériem a Federací. Při příletu na místo pan Spock hlásí, že stanice 2 a 3 nejsou na svých místech a asteroidy, na kterých stály, byly rozmetány. Kapitán Kirk má od Flotily jasné příkazy, které spočívají v nenarušení Neutrální zóny. Ta tvoří hranici, která nebyla po století, od dob války, narušena.

Enterprise doráží na orbitu planety systému Omicron Delta. Senzory ukazují, že planeta je neobydlená, bez fauny s pozemskou atmosférou. Protože je posádka lodě unavená po posledních 3 měsících služby, kapitán Kirk chce nařídit dovolenou, ale nejprve vysílá na povrch planety výsadek složený z Dr. McCoye, poručíka Sulu, aby ověřili data z lodních senzorů. Prostředí se zdá pro dovolenou jako stvořené, ale McCoye zaskočí setkání s velkým, mluvícím králíkem a následně s malou dívkou podobnou té z příběhu Alenka v říši divů. První důstojník Spock dovolenou odmítá, protože Vulkáncům stačí klasický odpočinek a nikoliv plýtvání energie v přírodě. Donutí však k odpočinku kapitána Kirka.

Vesmírná loď USS Enterprise míří na planetu Makus III, do kolonie Nová Paříž, kam veze potřebné zdravotnické zásoby. Cestou se však zastavuje u sestavy Murasaki 312, kde se vyskytují kvasarové formace hodné bližšího prozkoumání. Protože má Enterprise dostatečný náskok v časovém plánu, kapitán Kirk rozhoduje vypustit jeden z raketoplánů Enterprise, zvaný Galileo. Jeho posádku tvoří vědecký důstojník Spock, vrchní lékař Leonard McCoy, vrchní inženýr Scott a další vědečtí pracovníci. Proti zdržení a celé výpravě je galaktický vysoký komisař Ferris, který dohlíží na dodávku léků pro Makus III.

Hvězdného data 2124.5 kosmická loď USS Enterprise naráží ve vesmíru na planetu o které Spojená federace planet nemá žádné údaje v databázi. Kapitán Kirk rozhoduje zaznamenat a odeslat souřadnice planety s tím, že je prozkoumá jiná loď, ale krátce na to je Kirk i pan Sulu teleportováni pryč z můstku. Velící důstojník Spock nechává sestavit výsadek, který vede Dr. Leonard McCoy. Ačkoliv podle senzorů by měla být planeta ryze nehostinná, povrch je zalesněný, atmosféra dýchatelná. Dr. McCoy, pan DeSalle a meteorolog Karl Jaeger. Posléze nachází kapitána Kirka a poručíka Sulu v historickém sídle. Zde se také setkávají s postavou, která se představuje jako generál Trelane nebo také zeman Trelane.

Kosmická loď USS Enterprise doráží na základnu Cestus III, kam je pozván komodorem Travesem, známým svou pohostinností. Když se výsadek včetně kapitána Kirka a prvního důstojníka Spocka transportuje na povrch planety zjišťuje, že základna je zničená a v okolí se nachází živé, avšak chladnokrevné bytosti. Výsadek je vystaven dělostřeleckému útoku. Vedoucí důstojník Sulu musí zároveň čelit útoku cizího plavidla na oběžné dráze planety.

Loď USS Enterprise NCC-1701 vedená kapitánem Jamesem Tiberius Kirkem se dostává, po nechtěné závadě, na orbitu planety Země, ale díky časovému warpu jde o období kolem roku 1969. Enterprise bez štítů je zachycena ze strany Americké armády a je k neznámému UFO vyslán stíhací letoun. Pan Spock varuje kapitána, že jejich loď má oslabené štíty a nedokáže ani uletět. Kapitán rozhoduje spustit vlečný paprsek. Ten ale nevydrží stíhačka a Kirk nařizuje pilota transportovat na palubu. Pilot letounu, kapitán Christopher je z Enterprise unesen, ale pouze do doby, než se dozvídá, že jej Kirk nemůže poslat zpět, aby neohrozil budoucnost svým věděním. Když se pokusí o útěk, je kapitánem zadržen tak, že končí na ošetřovně u doktora McCoye. Záhy přichází Spock s tím, že kapitána Christophera vrátit na Zemi musí, protože jeho syn má v budoucnu vést první výpravu na Saturn.

Enterprise se vrací na základnu 11 po střetu se silnou magnetickou bouří, kdy zemřel člen posádky, seržant Ben Finney. Na základně se kapitán Kirk setkává s přítelem, komodorem Stonem. Ten však po kontrole záznamů lodního deníku musí Kirka obvinit z nedbalosti, že odpálil iontový modul, ve kterém byl Finney, před vyhlášením poplachu. Kirk je osobně přesvědčen, že tomu tak nebylo a v momentě odpálení modulu byl již poplach vyhlášen.

Hvězdného data 3156.2 je loď USS Enterprise na orbitě planety Beta III, kde pátrá po trosečnících USS Archon. Na povrch byl vyslán pan Sulu s dalším důstojníkem. Vrátil se pouze pan Sulu, který se choval dosti podivně poté, co se jej neznámý tvor dotkl holí. V dalším výsadku je kapitán Kirk, první důstojník Spock, Dr. Leonard McCoy a členové bezpečnosti. Na povrchu výsadek potkává obyvatele se stejnými symptomy nepřítomného pohledu a falešného štěstí, jako u pana Sulu. Bezduchý klid trvá pouze do šesté hodiny odpolední, kdy má začít neznámá slavnost. S úderem šesté však na ulici vypuká enormní davové šílenství. Po útěku do blízkého hotelu se setkávají s třemi staršími muži, kteří nechápou, proč nejsou na "slavnosti". Majitel hotelu a jeho přítel je omlouvají s tím, že jde o cizince, ale třetí muž nemá pochopení. Muži mluví o jakési bytosti zvané Landru. Na ulici mezitím vypuká chaos a ničení všeho možného, které trvá přesně do ranní 6. hodiny, kdy se všichni v mžiku v poklidu rozejdou, jako by se vůbec nic nestalo.

USS Enterprise nachází ve vesmíru volně plující loď identifikovanou jako SS Botany Bay, pocházející z konce 20. století, kdy Zemi zmítaly eugenické války.

Kapitán Kirk povolává do výsadku Dr. McCoye, pana Scotta a historičku Marlu McGiversovou. Na Botany Bay nachází větší množství spících lidí v jejich transportních schránkách. Při jejich návštěvě se začne jeden ze spících probouzet, ale jeho schránka selže a Dr. McCoy jej musí zachránit. McGiversová je už během výsadku z velitele "spící lodi" unesena. Na ošetřovně McCoy zjišťuje, že dotyčný je značně vyspělý a disponuje až nadlidskou silou. Kapitán Kirk se domnívá, že jde o pozůstatek z oněch eugenických válek, kdy se skupina lidí snažila vytvořit nadčlověka. Když se dotyčný probouzí, nejprve ohrožuje McCoye nožem, ale když zjišťuje, že z něj nemá strach, nechá toho. Při rozhovoru s kapitánem Kirkem se vyhýbá odpovědím na otázky ohledně jejich lodi, účelu cesty nebo data startu a prosí kapitána o novodobou technickou literaturu. Když historička McGiversová navštíví Khana, ten se netají náklonností k ní. Giversová navrhuje společnou večeři pro přivítání Khana v budoucnosti. Při oficiální večeři se opět Khan vyhýbá otázkám kapitána Kirka a pana Spocka, kteří se nemohou ztotožnit s jeho představou jediného vůdce světa. Po menší hádce Khan odchází do své kajuty a později za ním přichází McGiversová. Nemůže odolat jeho diktátorskému charisma a po nátlaku mu slibuje spolupráci pro ovládnutí lodi.

Enterprise doráží na orbitu planety Omicron Ceti III, kde se nachází zemědělská kolonie Spojené federace planet. Na planetu přijíždějí s tím, že tamní kolonisté budou všichni mrtví po zásahu Bertholdových paprsků. Je velkým překvapením, že všichni kolonisté jsou živí a zdraví.

USS Enterprise doráží na orbitu planety Janus IV, kde se nachází těžařská kolonie, která se potýká s neznámým tvorem, který v dolech zabil již přes padesát horníků.

Hvězdného data 3198.4 kosmická loď USS Enterprise doráží na orbitu planety Organia, která se nachází nedaleko hranic Spojené federace planet a Klingonské říše. Právě vztahy mezi oběma stranami pomalu vrcholí ve válku a proto chce Federace získat neutrální planetu na svou stranu dříve, než se o to pokusí Klingoni.

Loď USS Enterprise se setkává s neznámým jevem, který vědecký důstojník Spock klasifikuje jako "neexistenci". Senzory zaznamenávají na blízké planetě živou bytost, která tam předtím nebyla. Na povrchu se kapitán Kirk a pan Spock opravdu setkávají s vyčerpaným mužem, který se jmenuje Lazar. Po ošetření tvrdí, že jej pronásleduje samotné zlo, které označuje za samotnou smrt a antiživot.

Enterprise proplouvá vesmírnou turbulencí, kterou se pan Spock snaží zmapovat za pomocí senzorů. Při jednom z otřesů je zraněn poručík Sulu. Kapitán Kirk nechává přivolat vrchního lékaře McCoye, který bezvládného kormidelníka přivede k vědomí dávkou kordrazinu. Při jednom z dalších otřesů si však omylem zabodne injekční stříkačku do břicha sám a dostane se mu tak do těla mnohonásobně vyšší dávka. Ihned poté McCoye popadne paranoia a uteče z můstku. Zatímco jej ostatní hledají, zneškodní šéfa přepravy a využije transportér pro přenesení se na povrch planety. Kapitán Kirk, pan Spock, poručík Uhura, šéfinženýr Scott a pár členů ochranky se vydávají na povrch planety.

Hvězdného data 3287.2 vesmírná loď USS Enterprise sleduje trasu neznámé formy inteligence, která likviduje postupně jednu civilizaci za druhou, planetu po planetě. Další planetou v řadě je Deneva. Když Enterprise doráží do její sluneční soustavy, setkává se s malou lodí, která míří přímo ke slunci. Přes prvotní snahu o kontakt loď neodpovídá a pouze těsně před shořením se ve vysílačce ozývá „Jsem volný! Konečně jsem...“