Echipajul este urmărit de o creatură care își schimbă forma și extrage sarea din oameni. Când aceasta este adusă accidental la bord, Scotty trebuie să ia o decizie.

Puternicul mediu adolescent Charlie se teleportează la bord. Deși dorește să fie plăcut, îi atacă pe alții până când secretul puterilor sale îi este dezvăluit lui Kirk.

În timp ce Kirk și Spock investighează o tragedie a Flotei Stelare, un prieten de-al lui Kirk capătă puteri supraomenești. Pentru a-l opri, Kirk concepe un plan riscant.

Un virus face ca echipajul de pe Enterprise să-și piardă complet autocontrolul, iar Sulu amenință echipajul cu o sabie, Spock plânge și Bones caută un antidot.

Transportorul de pe Enterprise se defectează și-l teleportează pe Kirk la bord împreună cu sosia sa malefică. Apoi, Kirk și echipajul eșuează pe o planetă glacială.

Kirk și echipajul îi salvează pe Harry Mudd și trei „mirese la comandă” din serviciul său matrimonial. Mudd încearcă să-l împiedice pe Kirk să-l dea pe mâna justiției.

Enterprise îl caută pe faimosul om de știință Roger, ducându-l pe Kirk pe o planetă pustie unde Roger, care trăiește cu doi androizi cu aspect realist, îl atacă pe Kirk.

Enterprise ajunge pe o planetă unde un virus induce oamenilor o stare infantilă cronică. Când Kirk și echipa sa îi cad victime, doar Bones îi poate ajuta.

Un doctor dement scapă dintr-o colonie penală planetară și ajunge pe Enterprise. Kirk investighează, dar este spălat pe creier de directorul maniac al coloniei.

Enterprise scapă la limită de impunătoarea navă stelară a extraterestrului Balok, dar când acesta transmite un apel disperat, Kirk și echipajul îi sar în ajutor.

Spock îl răpește pe fostul căpitan al navei Enterprise, rănit, și stabilește direcția spre o planetă interzisă. Amenințat cu curtea marțială, Spock refuză să cedeze.

În timpul procesului lui Spock la curtea marțială, imaginile de la întâlnirea căpitanului Pike cu mediile talosiene dezvăluie motivul pentru care Spock a deturnat nava.

Kodos, un ucigaș în masă fugar, este actor în operele lui Shakespeare în secolul al XXIII-lea. Când un prieten este ucis, Kirk cere unei trupe de actori să investigheze.

Enterprise urmărește nave de război romulane care distrug avanposturi ale Federației. Similaritățile dintre aceștia și vulcanieni stârnesc resentimente față de Spock.

Enterprise aterizează pe o planetă pitorească pentru repaus, dar momentele idilice iau sfârșit când un samurai și un cavaler sângeros îi atacă pe Sulu și Bones.

Spock, Bones, Scotty și alții se prăbușesc pe o planetă unde sunt atacați de niște uriași mortali. Spock riscă viețile tuturor, chiar dacă are puține șanse de a-i salva.

Enterprise este capturată pe o planetă condusă de un extraterestru infantil fascinat de Napoleon, iar Kirk își oferă viața în schimbul libertății echipajului.

O stea neagră trimite nava Enterprise înapoi în timp, pe Pământ, în anii '60. Înainte de a putea reveni, Kirk și echipajul trebuie să distrugă toate dovezile vizitei lor.

Un ofițer este ucis într-un accident, iar înregistrările îl indică pe Kirk drept vinovat. Dovezile prezentate la curtea marțială dezvăluie că i-a fost făcută o înscenare.

Enterprise călătorește spre o planetă unde o navă a Flotei Stelare dispăruse cu ani în urmă și găsesc un computer tiranic, ce stăpânește poporul oprimat.

Nava Enterprise întâlnește supraoameni brutali conduși de Khan Noonien Singh, care se luptă cu Kirk pentru control, întorcând un coleg devotat împotriva Flotei Stelare.

Kirk ajunge pe o planetă unde membrii echipajului urmează să moară și află că se găsesc într-un război virtual, unde se comit sinucideri pentru a evita lupta adevărată.

Enterprise aterizează pe o planetă unde toți devin foarte pasivi și afectuoși unul cu celălalt. Kirk află cauza în scurt timp.

Kirk și Spock investighează de ce un monstru ucide mai mulți bărbați într-o colonie minieră. Spock află că ciudata creatură este inteligentă și are un motiv întemeiat.

Kirk încearcă să înființeze un avanpost pe o planetă locuită de aparent primitivii organieni. Când atacă klingonienii, organienii își arată adevăratul nivel al evoluției.

Kirk se întâlnește cu Lazarus, care pretinde că își urmărește sinele paralel prin spațiu și timp și, dacă Kirk nu îl ajută, întregul multivers este în pericol.

Bones călătorește înapoi în America anilor '30 și, din neatenție, distruge viitorul. Kirk și Spock călătoresc în timp ca să repare situația, iar Kirk se îndrăgostește.

Pe o altă planetă, fratele lui Kirk este ucis de extratereștri de tip amibă, care îl infectează și pe Spock. Leacul lui Bones are efecte secundare surprinzătoare.