El Comisario da salida al convoy que se dirige a Mongolia ignorando que es la Marquesa y no Marina la que va encerrada en uno de los baúles. Por el camino, Lucrecia se enfrenta sin éxito a sus captores. Mientras, en palacio, Irene intenta ocultar su embarazo.

El Cardenal Mendoza lleva mucho tiempo investigando un asunto clave para su ascenso al Papado: dónde se esconde el Santo Grial. Al caer en su poder la espada de un templario que custodió el Cáliz Sagrado, llega a la conclusión de que éste se esconde en la villa.

Por su parte, Gonzalo y Satur descubren que Juan está prometido al mismo tiempo con Eugenia y con Margarita. El médico, que reconoce su error al ser descubierto, no puede demorar más su decisión y se dispone a romper el compromiso con una de las dos mujeres.

Empiezan a desaparecer niños de varios orfanatos de la villa. Los hombres del Cardenal se encargan de secuestrarlos para darles un destino cruel. Águila Roja y Sátur deberán averiguar qué ha sido de ellos.

Mientras, El Comisario descubre que la que viajaba en el baúl robado no era Mariana, sino Lucrecia. Catalina escucha la conversación y se entera de que la Marquesa está en el baúl que ella enterró con Cipri. Ha pasado demasiado tiempo y Catalina da a su señora por muerta. Gonzalo informa a su familia de que Mariana se va a quedar a vivir con ellos una temporada. Alonso está convencido de que esa mujer es la amante de su padre y no oculta su enfado ante la noticia. Por su parte, Margarita no puede evitar sentir celos.

Águila Roja y Satur investigan la desaparición de varias mujeres embarazadas. Tras salvar de la ejecución al marido de una de ellas, éste les cuenta que su esposa estaba poseída y que se la ha llevado el demonio. Satur, aterrorizado, quiere dejar el caso.

En casa de Gonzalo, la presencia de Mariana sigue causando problemas. Mariana (Mónica Cruz) y Margarita están condenadas a entenderse ya que tienen que compartir la alcoba. El hecho de que la pirata duerma completamente desnuda agrava la situación.

Mientras, Nuño, dirigido y animado por el Comisario, asiste a una recepción con el Rey antes de su ingreso en el Ejército. Lucrecia se enfrenta mal al hecho de que su hijo ya es un hombre y debe partir de su lado. El temor a quedarse sola le lleva a visitar un sucio fumadero en el que comienza a consumir opio.

Un grupo de indígenas, acusados de rebelión, son llevados a la villa para ser ajusticiados ante el Rey. Felipe IV perdona la vida de una joven indígena, fascinado por su belleza, y pide a la Marquesa que la aloje en su palacio.

Un joven profesor de esgrima llega al palacio de la Marquesa ofreciendo sus servicios. Lucrecia lo contratará para que instruya a Nuño, sin saber que la llegada de ese joven desencadenará una serie de acontecimientos que harán que su vida cambie para siempre.

Mateo, un viejo amigo de Sátur, llega a la villa buscando fortuna. La suerte parece no estar de su lado ya que, sin saberlo, se entromete en una de las misiones de los hombres del Comisario. Por otro lado, Águila Roja se enfrenta a un peligroso enemigo del pasado, que regresa buscando venganza. En el Palacio Real, Felipe IV negocia el futuro enlace de la infanta Margarita, con el emperador Leopoldo I. El Rey propone a la Marquesa que acompañe a su hija en el viaje a Viena. Lucrecia va más allá y decide abandonar para siempre la villa para vivir en la corte imperial. Nuño y Catalina irán con ella. Mientras, el Cardenal Mendoza ejecuta un arriesgado plan para robar las Arcas Reales, en el que involucra al Comisario.

Sátur despierta encadenado en una angosta habitación. Aturdido, no sabe que le he pasado. Pronto descubrirá que ha sido secuestrado por alguien muy cercano a él que pretende perjudicar a Águila Roja.

Águila Roja y Sátur investigan el asesinato de unos monjes escribanos. La masacre está relacionada con la existencia de unos textos que podrían hacer tambalear los cimientos de la jerarquía eclesiástica.

Águila Roja se reencuentra inesperadamente con un antiguo amor de juventud. Los recuerdos del pasado afloran descubriendo la etapa que vivió nuestro héroe en China.

El Cardenal Mendoza y el Comisario funden el oro robado al rey y lo convierten en vasijas recubiertas de arcilla. Una vez finalizado el trabajo, asesinan en el bosque a los hombres encargados de realizarlo. Águila Roja encuentra los cadáveres y comienza a investigar.

Mientras, Alonso y su amigo Gabi deciden enrolarse como grumetes en una importante expedición con la que España planea ganar la guerra a Portugal. Los niños planean marcharse en busca de aventuras a espaldas de sus padres. Gonzalo y Satur ignoran que los chavales van hacia una muerte segura.

Los celos de la Marquesa desencadenan acontecimientos inesperados cuyas consecuencias afectan gravemente al Comisario, que es relevado de su cargo. Varios hombres que fueron víctimas de sus injusticias aprovecharán la situación para vengarse de él. Águila Roja deberá intervenir para salvar nuevamente a su hermano. Sátur comienza a acostumbrarse a su nueva y acomodada vida al servicio del Duque de Alba, interpretado por Álvaro de Luna. Pero su situación se complica cuando éste le confía un delicado secreto militar. La conciencia del antiguo escudero de Águila Roja se remueve al conocer las decisiones de los nobles españoles. Mientras, Alonso y su amigo Gabi deciden enrolarse como grumetes en una importante expedición con la que España planea ganar la guerra a Portugal. Los niños planean marcharse en busca de aventuras a espaldas de sus padres. Gonzalo y Sátur ignoran que los chavales van hacia una muerte segura.

Todo el mundo se prepara para la celebración de la fiesta de la cosecha. Sin embargo, Águila Roja y Sátur tienen motivos para estar preocupados. Han encontrado cerca de donde se celebrará la fiesta un cadáver violentamente despedazado.