Gonzalo busca respuestas sobre sus orígenes tras descubrir que el Comisario es su hermano. Agustín, que trata de proteger al Águila ocultándole la verdad, le conducirá hasta la tumba de su verdadera madre donde Gonzalo descubrirá un secreto que dejó antes de morir. Cripri es detenido y sometido a tortura. El posadero confiesa que quien disparó contra el Comisario fue un niño y no un hombre. Alonso, descubierto y perseguido, es ayudado a escapar por Margarita. Margarita confiesa a Catalina que Juan le ha pedido que se case con ella. Las dos viven emocionadas estos momentos sin saber que el médico esconde una gran sorpresa.

Gonzalo, con la ayuda de Satur, busca el rastro de su verdadera familia en el orfelinato de la villa. Alguien intenta evitar que profundice en la investigación incendiando el hospicio. Aún así, Águila Roja descubrirá una pista sobre su pasado: un medallón que cita su madre en una carta. Margarita va a ser presentada ante la alta sociedad y tendrá que enfrentarse a los padres de Juan, que se oponen a la boda por su condición de plebeya. Mientras, el Cardenal Mendoza ayudado por el Comisario, crea un impuesto extraordinario para recaudar el dinero que necesita en su pretendido ascenso al Papado. La brutal subida de impuestos provoca revueltas entre los campesinos. Martín (Roger Berruezo), sobrino de Catalina, que será uno de los cabecillas. La Marquesa, interesada en la influencia social de Irene, tratará de que la joven se enamore del Comisario.

Águila trata de localizar el medallón de su madre, cuando se topa con un recuerdo de la infancia al reconocer el lugar donde pasó su niñez. Alonso sospecha que Gonzalo es el Águila Roja. Empeñado en desenmascarar a su padre, el niño pone en peligro su vida.

Margarita es trasladada con el resto de las mujeres secuestradas para ser vendidas como esclavas. En un arranque de coraje, se enfrenta a sus captores para tratar de escapar. Su atrevimiento llama aún más la atención del comprador, que la reclama para el harén.

Desesperados, Águila Roja y Satur siguen la pista de Margarita hasta dar con una sociedad secreta que se dedica a la trata de esclavas. Juan, por su parte, utiliza sus contactos en la corte para encontrar a su prometida. Infiltrándose en una reunión de ese grupo clandestino conseguirán averiguar el destino de las mujeres secuestradas.

En Palacio, Irene descubrirá de la mano de Martín la belleza del mundo exterior. Sin embargo, deseará no haber atravesado aquellos los muros al descubrir que el jardinero no es el joven encantador que creía conocer. Mientras, el Comisario empieza a comprender las ventajas, que según la Marquesa, le reportaría un casamiento con la sobrina del Cardenal.

Un brote de viruela en el prostíbulo se extiende por la villa. Estuarda se ha contagiado y deja a Gabi al cuidado de Satur. El niño desprecia a su padre a pesar de los desvelos de éste por hacerle feliz.

En palacio, la Marquesa se siente indispuesta. Su preocupación aumenta cuando sospecha que son síntomas de embarazo. Desesperada ante la negativa de Juan a practicarle un aborto, buscará otras alternativas.

Nuño dirige terribles insultos a Estuarda, la madre de Gabi. El hijo de la prostituta reta al hijo de la Marquesa a batirse en duelo. Pero será Alonso, consciente de que Gabi no sabe utilizar la espada, quien acuda a la cita.

Cipri cree sufrir alucinaciones al ver a su mujer mientras todos piensan que está trastornado. Inés, coaccionada por el Cardenal, tendrá que seguir a sus órdenes para conseguir información privilegiada del Rey.

El Cardenal y Águila Roja persiguen el mismo objetivo: encontrar un medallón, clave para conocer el origen verdadero de Gonzalo. .

En Palacio se prepara una importante reunión: la Marquesa y el Cardenal van a recibir la visita del Inquisidor General. Sin embargo, la recepción se complica cuando alguien trata de envenenar al alto cargo del Santo Oficio. El Comisario se pone al servicio de Lucrecia para descubrir al culpable.

Águila y Satur descubren que las tumbas están siendo profanadas. Lo que parece una venta de los objetos robados a los cadáveres, podría esconder un negocio mucho más oscuro. El mismo Satur caerá en manos de estos peligrosos ladrones de cuerpos.

Águila se interna en un monasterio buscando las claves de su verdadero origen. Al llegar a la biblioteca, un monje le informa de que el orfebre que diseñó el medallón de su madre se encuentra recluido en un peligroso manicomio.

Para llegar al manicomio y hablar con el orfebre que diseñó el medallón, Águila Roja tiene que atravesar un bosque maldito en el que suceden misteriosas desapariciones. Satur deberá superar sus miedos para poder ayudar a su amo.

La muerte de un sacerdote a manos de un morisco pone en alerta al Comisario y sus hombres. Águila Roja investiga por qué han vuelto los infieles. Satur se comporta de forma extraña y confiesa a su amo secretos de su pasado.

En la corte, el Rey obliga a la Marquesa a contraer matrimonio con su Válido. Lucrecia descubre que su futuro esposo no es el hombre que aparenta ser. Margarita acompaña a Juan para que su Majestad la conozca y reciben una impactante noticia: Juan debe prestar servicio al ejército en la guerra con Portugal.

El Orfebre ha conseguido el medallón y contacta con Mendoza para vendérselo, pero el Cardenal no está dispuesto a pagar.

Las investigaciones de Águila Roja le llevan a descubrir a un chico que podría ser su hermano desaparecido. Al mismo tiempo tendrá que intervenir, junto con Satur, cuando empiezan a aparecer cadáveres en el bosque.

El Comisario es agredido en los Jardines de palacio. La Marquesa está preocupada por Hernán y le exige que refuerce la seguridad.

Margarita, conmovida por la difícil situación económica de Estuarda, le regala su anillo de compromiso para que pueda comer. Cuando Estuarda intenta vender la joya es detenida, acusada de ladrona.

El Orfebre ha conseguido las dos partes del medallón y conoce el terrible secreto que oculta. Su paciencia se agota y está dispuesto a matar a Irene. El Comisario y Águila Roja deberán darse prisa si quieren encontrar a la joven con vida.

La situación de Estuarda no mejora. Satur le quiere ayudar y acepta todo tipo de trabajos denigrantes. Desesperado, decide participar en una carrera de burros para conseguir el dinero del premio para Estuarda y su hijo.

Margarita, que echa de menos a Juan, ayuda a Cipri a organizar una recolecta para mandar provisiones al frente.

El batallón de Juan es capturado por los portugueses. El enemigo reclama al rey español un rescate para liberar a los prisioneros de guerra. El envío del dinero es asaltado por lo que el destino de Juan y sus hombres pende de un hilo.

Gracias a una carta que le escribió Agustín antes de morir, Águila Roja encuentra una pista más sobre sus orígenes: el escudo de la familia de su madre. Satur pide ayuda a Gonzalo al verse involucrado en un asesinato.

El Comisario chantajea al Cardenal Mendoza y consigue la mano de Irene. Cuando la Marquesa recibe la noticia oculta sus sentimientos y finge indiferencia.

Satur se dirige al sur en busca de Estuarda y Gabi, pero un compañero de viaje inesperado hará que cambie de rumbo. Los hombres de Juan siguen presos. El enemigo comienza a realizar ejecuciones. Águila roja tiene que decidir si interviene en una misión suicida. La boda entre el comisario e Irene es inminente. En palacio, la marquesa organiza los preparativos del enlace, pero en secreto intentara impedirlo. Margarita cree que ha perdido definitivamente a Juan.