The series centers around Nadia, a young girl of unknown origins, and Jean, a young French inventor. Early in the story, the two protagonists are chased by Grandis Granva, Sanson, and Hanson, a group of jewel thieves who pursue Nadia for the blue jeweled pendant she possesses. After being rescued by Captain Nemo and his submarine, the Super Sea Cruiser Nautilus, the jewel thieves and the young protagonists join forces and participate in the struggle against the Neo-Atlantean forces, who seek to dominate the world. In the process, Nadia and Jean save the world from violent domination by the Neo-Atlantean forces led by Gargoyle, explore worldly mysteries and the powers of the blue pendant, uncover Nadia's hidden family ties, and ultimately discover the secret origins of Nadia.

1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年Jean结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质令Jean倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，Jean和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险……

時は、1889年。花の都パリでは、万国博覧会が華やかに開催されていた。世界中の科学や文化の粋が集まったそのイベントに、人々は来たるべき20世紀、科学万能の時代の到来を予感し、夢見ていた…。そんな科学の進歩は地球を急激に狭くしつつあったが、まだまだ未知なるロマンと冒険があふれた時代でもあった。そんな中、世界中の海で謎の巨大生物“海獣”が出没し人々を恐怖に陥れていた。その海獣によって父親が行方不明になってしまった発明好きの少年・ジャンは、万国博覧会の会場で謎の少女・ナディアに出会う。ナディアに一目ぼれしたジャンは、ひょんなことからナディアとともに冒険へと旅立つことに―。彼らを待ちうける運命とはいったい?