長い眠りから目覚めたアン。火の国の軍艦に乗っていることに気づき驚くが、それは仲間が乗っ取ったものだった。これまでの経緯を聞き、アンは死んだことになっていると知ってショックを受ける。サカの計画では、日食の時に火の国を奇襲するとのことだったが、アンは自分一人で戦うべきだと飛び出す。３年ぶりに火の国に戻ったズーコは父である王と再会。王はズーコがアバターを殺したと聞いて喜ぶが、ズーコはアンが生きているのではと思っていた。

アンは火の国の学校の生徒と勘違いされ入学するハメになる。はちまきで額の入れ墨を隠し学校生活を楽しんでいたが、厳しい教育方針を知り、生徒たちに自由を教える必要があると感じてダンスパーティーを開く。最初は戸惑う生徒たちだったが楽しそうなアンを見て踊り出し、初めての自由を味わう。そこへ校長が現れアンを捕まえようとするが、生徒たちがアンをまねてはちまきを身に着けて偽装し、アンを逃がしてくれるのだった。

アンたちは工場の排水で汚染された川を通る。漁村に立ち寄ると、村人たちが病気と飢餓に苦しんでいた。カタラは村を助けようとするがサカに反対される。 その夜、村に食料が届けられ、村人たちは精霊のおかげだと喜ぶ。そして再び精霊が現れて病人を癒す。正体はカタラだった。 カタラは村を永続的に救うため工場を破壊。村人の仕業だと思った火の軍は村を壊滅させようとする。すると精霊に扮したカタラが登場。アンたちと共に軍を追い払った。

技を使うことができない自分に落ち込むサカ。気晴らしに訪れた店で見事な剣を発見し、作者のピエンダオに剣術を教わることにする。訓練で失敗してばかりのサカだったが意外にも褒められ、素性を偽ったことに耐えられず水の民であることを告白。ピエンダオと対決することになるが、機転を利かせたサカの戦いぶりにピエンダオは感心し励ます。アンがアバターであることも知っていたというピエンダオは、サカに白蓮の駒を渡すのだった。

ズーコ、アズーラ、メイ、タイリーの4人は週末をエンバー島で過ごす。そこは本当の自分をさらけ出せるという不思議な島だった。4人は身分を隠し現地の若者と交流する。パーティーに誘われ、タイリーはモテモテだが、アズーラは怖がられる。ズーコとメイはケンカして別れてしまう。その後ビーチでたき火をする4人は、各自のつらい過去を告白し自分をさらけ出す。 一方アンたちは暗殺者に狙われ、猛攻撃から必死に逃げるのだった。

ロクの精霊が現れ、火の王ソジンとの過去をアンに語る。ロクとソジンは親友だった。アバターであることを告げられたロクは修行の旅に出発し技をマスターして帰国。火の王となったソジンはロクに世界統一の夢を語るが、ロクに反対され２人は絶縁する。２５年後、ロクの島で火山の大噴火が起こりソジンはロクを助けに行くが、ロクが計画の邪魔であることを思い出し最後に見捨ててしまう。ズーコは自分がソジンとロク両方の血を引いていることを知る。

トフ、アン、サカは賭け事に手を染め、トフが土の技を使ってボロ儲けをする。カタラが注意するとトフは逆ギレし、カタラとトフは仲違い。サカの説得によって仲直りしたカタラとトフは、最後にもう一度イカサマを試みる。だが計画は失敗し２人は投獄されてしまう。捜しに来たアンとサカは第３の目がある男から攻撃を受ける。アンがとどめを刺されそうになったその時、脱獄してきたカタラとトフが援護。４人はどうにか逃げ延びた。

アンたちはハマという宿屋のおかみと出会う。ハマは南の水の部族出身の水のベンダーだが若い頃に火の国に拉致され、牢獄を脱走するために“血を操る技”を編み出したという。それは体内の水分を操ることで相手の体を思い通りに動かすという恐ろしい技。この技をカタラに継がせようとするハマと拒絶するカタラは対決。ピンチに陥ったカタラは満月の力を得て、血を操る技でハマを封じる。不本意にも恐ろしい技をマスターしたことを嘆く。

火の国への侵略まであと４日。アンは悪夢を見て自信をなくし、訓練を始める。心配したカタラたちは、緊張がほぐれるようにヨガやマッサージをさせたり、カウンセリングをする。だが悪夢は日に日にひどくなり、アンは侵略の日まで眠らないと決意する。アンはついに白昼夢まで見るようになり、疲れが限界に達する。カタラたちはアンのためにフカフカのベッドを作り、アンを勇気づける。彼らの説得でようやく安眠できたのだった。

火の国を侵略する日がやってきた。サカたちが待つ集合場所にハコダたちの船が到着する。侵略軍はまずサカが考案した潜水艦で海からアズロンの大門を突破し都に上陸。火の軍の攻撃をかわしつつ王宮広場の塔に近づくが、指揮を執っていたハコダがケガに倒れる。ハコダに代わってサカが陣頭指揮を執り、侵略軍は宮殿のある火山のふもとの塔を占領する。アンはオザイと対決するため１人宮殿へと向かうが、宮殿はもぬけの殻だった。

オザイを探すアンたちは地中に防空壕を発見。司令室を見つけるが中にはアズーラがいた。侵略計画を知っていたアズーラに意図的に引きとめられ、オザイが見つからないうちに日食が終わってしまう。火の軍に潜水艦を壊され逃げることもできず、ハコダの決断により大人たちは降伏して捕虜となり、アンと若者たちは次のチャンスを待つためアッパに乗って逃げる。ズーコはアバターに協力するとオザイに宣言しアンたちの後を追う。

アンたちは西の気の寺に着く。アンが４つの技をマスターするという当初の計画に戻そうとするが、火の技を教えてくれるベンダーがいない。その頃ズーコも西の気の寺に着いていた。ズーコはアンたちの仲間にして欲しいと頼むがアンたちは拒否。その後アンたちが暗殺者から再び狙われると、ズーコは必死に阻止しようとする。暗殺者が消えたあとズーコが再び真摯に話をすると、アンは共感し彼を仲間に加えることにした。

ズーコは火の技をアンに教えようとするがパワーが激減していることに気づく。アンの味方になったことが原因だと考え、古代の火のベンダーの遺跡へ向かう。その後ワナにはまった２人の前に、太陽の戦士が現れる。火の技を教えてほしいと頼むと、師範たちの審査を受けろと言われる。師範たちに会いに山に登ると、現れたのは２頭のドラゴンだった。２人は古代の火の技の型を見せる。するとドラゴンは火を噴き、火の技の秘密を明かした。

サカとズーコはハコダを捜しに火の国で最も警備の厳重な監獄、釜茹岩に潜入。そこはメイのおじが看守長を務める脱出不可能な厳しい監獄だった。２人は看守に偽装してハコダを捜すがハコダは見当たらず、代わりにスキを発見。囚人チットサンと協力して脱獄計画を企てるが、新しく囚人が到着することを知ったサカはハコダがやって来るのではないかと思い脱獄を断念。到着した囚人の中にようやくハコダの姿を見つける。

ハコダと再会したサカは新しい脱出計画を考える。チットサンも仲間に加え、首尾よく看守長を人質に取りゴンドラに乗り込む。それを妨害しようとアズーラとタイリーが現れゴンドラの上で対決。脱獄者ゼロの記録を破られたくない看守長は部下にケーブルを切るよう指示し、アズーラたちは退却する。ズーコを助けたいメイはケーブルを切る看守を妨害。サカたちはアズーラが乗ってきた飛行船で島を脱出し、無事に西の気の寺に戻る。

西の気の寺がアズーラ率いる艦隊によって急襲される。アンたちは二手に分かれて逃走。ズーコはカタラが母親を殺された怒りを、彼と結び付けていると知り、カタラと一緒に、母親を殺した南の侵略部隊の司令官を捜すことにする。アンは復讐はいけないと反対するが、カタラは聞く耳を持たずズーコと出発。２人は南の侵略部隊の船に乗り込む。だがそこにいた司令官は別の人物で、母親を殺したヨン・ラーという男はすでに引退していた。

エンバー島で、アンたちをテーマにした芝居が行われる。南極でのアンとの出会いから始まり、各地での戦いがダイジェストで演じられる。一同は実際の自分たちとのキャラクターの違いに、ガッカリしたり喜んだり。アンはカタラ役がアンについて「恋愛感情はない」と言ったことにショックを受け、カタラに問いただす。カタラは、戦時中の今は付き合う時じゃないと答えた。物語は現在に至るところで終わりかと思いきや、続きがあった。

オザイと戦う準備をしながらも自信がないアンだったが、ズーコによるとオザイは彗星の力を利用して土の王国を滅ぼす計画を立てており、彗星が現れるまでにオザイを倒さなければならないことが判明。人の命を奪うことに疑問を感じるアンはオザイを殺さずに倒す方法はないかと悩み、瞑想するうち不思議な島へ到着する。一方、オザイは火の王の称号をアズーラに譲り、自らを全世界を支配する「不死鳥王」と名乗ることを宣言する。

火の王の戴冠式を控えたアズーラは臣下に難癖をつけては追放し、ますます横暴になる。アーサの幻覚が現れ、人を恐怖心によって従わせてきたことを指摘されたアズーラは自分を見失っていく。オザイは飛行艦隊を率いて土の王国に到着。地面を焼き始めたところへアンが待ち受けていた。サカ、トフ、スキの３人は飛行艦隊に潜入し、船を乗っ取る。カタラとズーコはアズーラの前に現れ、アズーラとズーコがアグニカイで戦うことになる。

サカとトフは火の国の兵士たちに追いつめられ、終わりを覚悟する。その時スキが飛行船に乗って現れ、どうにか一命を取りとめた。土の玉に隠れていたアンは、オザイから猛火を浴びせられる。そして勢いに負けたアンは、岩場に背中の傷を打ちつける。すると歴代のアバターたちが現れ、アンに力を与えた。４つの技を融合させたアンは圧倒的なパワーを得てオザイを追う。一方、ズーコを気絶させたアズーラは、今度はカタラを攻撃する。