Le 11 septembre 2011. Mac se souvient de ses derniers moments avec Claire, sa femme disparue dans les attentats du World Trade Center. Au grand regret de tous, il a quitté ses fonctions pour mettre au point une nouvelle technique d'identification ADN des disparus de ce funeste jour. Jo a été chargée de son intérim. Sean Peterson, le videur du bar Lannigan, a été assassiné. Pendant l'enquête, chacun se souvient de la façon dont il a vécu le 11 septembre 2001...

Mac rejoint les autres membres de son équipe pour se lancer dans une nouvelle affaire de meurtre. Michael Schaefer a été retrouvé mort dans son appartement, après avoir passé la nuit en compagnie d'une certaine Miranda. Celle-ci prétend avoir entendu des coups de feu, alors qu'elle dormait. En arrivant dans le salon, elle a découvert le corps de Michael. Il semblerait que la victime ait tenté de se défendre, avant d'avoir été abattue à bout portant. Les enquêteurs se lancent à la recherche de Josh, colocataire de Michael, qui a mystérieusement disparu...

Danny découvre par hasard le corps d'une jeune femme dans le coffre d'une Ferrari volée. Appelés à la rescousse, ses collègues débarquent afin de recueillir des indices, sur place ainsi que dans la voiture. La défunte a-t-elle été tuée là ou ailleurs ? Bientôt, l'identité de la jeune femme est établie : il s'agit d'une voleuse de voitures, membre d'une famille spécialisée dans le braquage d'automobiles. Elle avait d'ailleurs volé la Ferrari dans laquelle on l'a retrouvée. Les experts ont alors une certitude : ils doivent identifier et arrêter leur assassin au plus vite s'ils ne veulent pas que toute la famille de la malheureuse ne subisse le même sort qu'elle...

Danny et ses collègues sont sortis se détendre autour d'un verre. Mais leur soirée tourne au cauchemar : tous sont, en effet, pris dans une fusillade qui éclate devant le bar. Une jeune femme, récemment enrôlée dans l'équipe, sort son arme et tire. Elle prétend qu'elle a agi en état de légitime défense mais, malheureusement, on ne retrouve pas d'arme près du cadavre de l'homme qu'elle a abattu. Danny vit très mal la situation et s'interroge sur ses capacités à gérer ses troupes. Pourquoi a-t-il bu ce soir-là ? Comment gère-t-il sa relation avec Lauren ? Tout s'emballe lorsqu'il est démontré que Lauren a menti sur les circonstances de la fusillade..

Riley Frazier, jeune prodige du basket américain, joue un match important. Hank, son frère, junkie notoire, est en prison. Dans sa cellule, il écoute le match à la radio. Quand arrive le jour tant attendu de sa libération, Hank promet de ne plus toucher à la drogue. Il se réjouit de revoir les siens, et en particulier sa petite amie Angela. Mais celle-ci est retrouvée morte, assassinée de dix coups de poignard. A côté du cadavre, le prénom de Hank est écrit avec le sang de la victime. Le coupable semble tout trouvé, mais les enquêteurs demeurent sceptiques. L'autopsie révèle en effet que la jeune femme n'a pas pu écrire cela...

Paul Warren, un étudiant, membre d'une fraternité étudiante, est retrouvé mort dans un cimetière, dans une tombe grande ouverte. Les soupçons des enquêteurs se portent rapidement sur trois bizuts qui subissaient ses brimades. Ils interrogent Thad et Curtis, deux des jeunes gens, qui leur racontent que Warren les avait forcés à participer à «l'épreuve des six canettes», une énigme qui les a conduits de cimetière en cimetière, à la recherche d'Anthony, le troisième bizut, que Paul avait caché quelque part à New York. Les experts sont bientôt convaincus que Paul est en réalité enterré vivant. Il leur faut le trouver avant qu'il ne soit trop tard...

Alors qu'une fête entre amis bat son plein, le cadavre d'une adolescente est retrouvé. En analysant minutieusement l'environnement dans lequel se trouve le corps, les policiers découvrent que ce qui s'apparentait à un accident est en réalité un meurtre. Leur enquête les conduit à examiner le profil de la jeune fille sur un réseau social. Ils constatent qu'elle y humiliait certains de ses camarades. Ils émettent l'hypothèse d'une vengeance de l'un d'entre eux. De son côté, Jo est abasourdie. Elle vient d'apprendre qu'un violeur de Washington a été relâché. Celui-ci est impliqué dans un nouveau viol...

Les experts enquêtent sur le meurtre d'un magistrat survenu alors qu'il présidait un important procès. Ils découvrent qu'au début de sa carrière, il a été corrompu et a fait emprisonner deux de ses amis d'enfance. Si l'un d'eux semble avoir tourné la page sur cette histoire, l'autre a la rancune tenace. Les agents ont perdu beaucoup de temps en commençant par suspecter le chef d'un gang local, qui aurait eu tout intérêt à voir disparaître le juge. Ce dernier menaçait, en effet, la bonne tenue de ses activités illégales. Heureusement, les experts ont fini par réctifier le tir. Ils pensent être, maintenant, sur la bonne voie...

Les experts enquêtent sur le meurtre d'Ali Rand, qui a falsifié un témoignage contre John Curtis, accusé de viol. Jo est atterrée lorsqu'elle comprend que Frank Waters, son vieil ami du FBI, a très certainement comploté avec Rand pour produire cette fausse pièce au procès. Waters, très engagé dans ces investigations, était obsédé par l'idée de mettre Curtis derrière les barreaux. Lorsque les confidences de Rand sont devenues suspectes aux yeux de la cour, Waters aurait pu vouloir éliminer les preuves de la manipulation. De nouveaux éléments viennent toutefois incriminer le sénateur Matthews, dont la fille a été l'une des victimes de Curtis. La vengeance pourrait être un mobile...

Un corps calciné vient d'être découvert. Les experts sont aussitôt envoyés sur place pour recueillir des indices et tenter d'identifier le cadavre. Les analyses révèlent que le défunt était un sportif qui participait à des combats. Les interrogatoires commencent aussitôt dans l'entourage de la victime. Celle-ci n'avait pas que des amis dans le milieu de la compétition et des témoignages concordants démontrent que quelqu'un la harcelait. Pourtant, plusieurs pièces du puzzle ne collent pas avec la théorie du meurtre. Mac en arrive même à se demander si le sportif n'a pas organisé sa mort pour faire accuser une personne en particulier...

Lorsque deux hommes armés prénètrent chez Elizabeth et Ron Ferguson, l'attaque se solde par la mort de Ron. Elizabeth, quant à elle, est blessée. Le riche couple ne se connaissait pas d'ennemis et la police songe à un vol qui aurait mal tourné. Les experts commencent leur travail sur la scène de crime et découvrent un fragment de carte à jouer sur le corps de la victime. Ils trouvent aussi une boîte vide dans la pièce. C'est ce paquet qui a été utilisé par les agresseurs pour inciter Elizabeth à ouvrir la porte du domicile. Elizabeth pensait avoir affaire à des livreurs. Lors des interrogatoires de routine, les agents suspectent Megan, la fille de Ferguson. Mais celle-ci a un alibi solide : elle était au cinéma au moment du crime...

L'agent Mac Taylor enquête sur le meurtre d'une personne qui participait à un jeu de rôle. Un tueur a profité de la mise en scène pour commettre son crime. Il a également kidnappé un autre joueur et ne le libérera qu'après avoir touché une forte rançon. Le père de la victime enlevée collabore avec les experts...

Mac et son équipe se rendent dans un parc de Brooklyn : un cadavre percé d'une flèche flotte parmi les cygnes d'un étang. Plusieurs indices font penser à une enquête menée en parallèle par les experts : la chute mortelle d'un coursier à vélo. Près du corps, les policiers ont trouvé un chewing-gum à la violette. Grâce aux caméras de surveillance, les experts découvrent que le coursier, un certain Greg Barbera, était poursuivi au moment de sa chute fatale. Ils parviennent à identifier le poursuivant : il s'agit d'un petit dealer, Scott Perfito, à qui Greg aurait livré un paquet de fausse drogue...

Quand l'assassinat d'un technicien de laboratoire montre des similitudes avec une affaire de 1950, Mac Taylor demande l'aide de Paul Burton afin de résoudre l'enquête.

Une fois de plus, les experts de l'équipe de Mac Taylor sont appelés à se rendre sur une scène de crime. Le cadavre retrouvé par des agents est celui d'un jeune homme, enveloppé dans une bâche en plastique. Il porte des vêtements typiques d'un arbitre, ce qui laisse dans un premier temps les enquêteurs perplexes. Rapidement, les experts découvrent que la victime était impliquée dans l'organisation d'un tournoi de jeux vidéo. Une compétition où des sommes importantes étaient en jeu. En interrogeant d'autres participants, Mac et ses hommes découvrent que les règles étaient truquées et que l'événement servait à masquer une fraude...

La population de New York est sous le choc lorsque la presse révèle que la police enquête sur un homicide particulièrement sordide. En effet, on a retrouvé des morceaux du même cadavre aux quatre coins d'un pâté d'immeubles, délimitant le quartier de Hell's Kitchen. La victime est un commerçant d'origine irlandaise, très apprécié de ses clients. C'est Don Flack qui est chargé de l'enquête. Alors qu'il essaie de saisir les raisons qui ont poussé l'auteur de ce crime à positionner ainsi les éléments du corps, une explosion se produit. La tension monte d'un cran dans les rues de Manhattan. Les experts pensent alors à un promoteur immobilier, qui pourrait avoir un mobile...

Alors qu'ils rentraient d'une soirée, Kelvin Moore et sa femme Elaine sont victimes de coups de feu dans le hall de leur immeuble. Kelvin est tué. Ce riche homme d'affaires était une personnalité locale en raison de son parcours atypique. Il avait grandi dans un quartier difficile mais avait réussi, grâce à de brillantes études, à faire sa place au sein de la meilleure société de la ville. Elaine affime que le tir mortel était accidentel, mais Mac ne partage pas son point de vue. Les experts découvrent qu'Elaine avait entretenu une liaison avec un ancien escroc, qui fait figure de principal suspect...

Alors qu'il mène une enquête sur le terrain, Mac n'a pas le temps de réaliser ce qui se trame lorsque des coups de feu retentissent en plein centre de New York. Cible des tirs, il s'effondre, grièvement blessé. Les secours arrivent très vite et le conduisent sans délai aux urgences car le pronostic vital est engagé. Entre la vie et la mort, Mac ne parvient plus à s'exprimer mais se retrouve plongé dans un abîme de questions. Alors que les médecins tentent de le sauver, ses équipiers se mobilisent immédiatement afin de trouver des indices sur la scène de crime. Trouveront-ils des informations pouvant les mener au tireur fou ?...