ニューヨークを去ったステラの代わりにジョー・ダンヴィルが着任

リンジーは自宅に侵入したシェーンを射殺し、ダニーがルーシーを抱き取って一件落着する。そして五ヵ月後、リンジーは勲章を授与されるが、人を殺した時の記憶がよみがえり苦しむ。マックは立ち直るために必要なプロセスだと言ってリンジーを励ます。ステラはニューヨークを去り、ニューオーリンズのCSI主任になる。代わりに元FBIのジョー・ダンヴィルが着任するが、リンジーの授与式に皆が参列して誰もいないラボでジョーを待っていたのは若い女性の死体だった。女性の身元は一階下の建築事務所に勤務するサラ・ネルソンと判明、ラボのある三十五階には、アクセスコードがないとエレベーターは停止しないが、昨夜午前0時過ぎに、セキュリティ・システムが何者かによって無効にされていた…。

チャットをしていたアダムが覆面男の殺害現場を目撃

無作為に抽出されたユーザー同士が１対１でビデオチャットし、気に入らなければエンターキーを押して次々に相手をチェンジできるウェブ・サイト「ルッキン・アッチュー」でアダムは、アイパッドによる自作自演のデジタル音楽に合わせて踊るチャーミングな娘に対面。チャットを楽しもうと思った矢先、彼女は目出し帽を被った全身黒ずくめの暴漢に背後から襲われ、絞殺されてしまう。アダムの目撃情報を元に辿り着いたマンハッタンのアパートの一室で被害者サス・デュモンドの遺体が見つかる。

現場に残っていたのは無残に壊れたアイパッド３台と高級ヘッドホンの痕跡。しかしパソコンは犯人が持ち去ったらしく見当たらなかった…。

犯人は息子？母親の証言は正しいのか…。

自宅で就寝中の夫婦が襲われ夫は死ぬが、自ら通報した妻グレース・トラヴァースは一命をとりとめる。マックが駆けつけた時、グレースは喋れなかったが意識があり、犯人は誰かと問うマックに、家族写真に写っている息子ビリーに襲われたと、指を動かして答える。フラックは学生サークルのパーティーに出ていたビリーを捕まえて尋問するが、ビリーは犯行を否定する。ビリーの彼女ジュールズも、「ビリーはそんなひどいことの出来る人じゃない」と主張するが、犯行時刻のビリーのアリバイを証明出来る者はいなかった。

検視解剖の結果、夫はバールのような鈍器で何度も殴られて失血死したことが判明、グレースもひどく殴られており、犯行は怨恨によるものと思われたが…。

ヘリに乗った強盗3人組が悪徳弁護士を襲撃！

ローランド・カーソン弁護士のペントハウスに三人組の強盗が侵入し、五百万ドル相当の宝石類が盗まれる。その場にいたカーソンの依頼人メルヴィンは、強盗に発砲して阻止しようとするが、逆に射殺される。強盗はヘリコプターで逃走、カーソンのボディガードのジミー・ベルソンも腹部を撃たれるが助かる。ベルソンは元警官でかつてダニーの相棒だったが、過失が原因で警察を辞めていた。カーソンは売人を依頼人に抱え法廷で散々警官をいじめて来たため、マックたちは嫌味な態度を取るが、カーソンは「宝石は依頼人からの預かり物なので、取り返してもらわないと自分が殺される」と泣きつく。

強盗たちは防犯カメラに顔が映らないように、襟にボタン型赤外線ＬＥＤを装着していた。ペントハウスの床には砂が落ちており、その砂から発射残渣が検出される。

腐乱死体は自分の息子か？謎のボイスメール

廃墟ビルの屋上に置かれたクラシックカーの中から腐乱死体が発見される。通報したのはチャールズ・ハリス氏と妻エリザベス。１週間前から行方不明の19歳の息子ジェレミーを探してここに辿り着いたという。彼らを導いたのは何者からかの留守電のメッセージで、それは「エレベーターで廃墟ビルの20階まで行き、そこのソファにしばらく腰掛けたのち、階段の手すりにつかまったまま屋上へ登れ」という奇妙なものだった。

検死の結果、死体はジェレミーではなく、彼と同じくニューヨーク大学２年生のクレイグ・アンダーソンと判明する。外傷はなくどうやら毒殺されたようだ。困惑するハリス夫妻の元に第２のメッセージが届く…。

高層ビルの窓越で射殺事件が発生。狙撃犯を追う！

高層ビルで窓越しに女性が射殺される事件が二日連続で起きる。二人とも被弾後体内で炸裂する特殊な弾で撃たれており、連続狙撃事件と見られたが、被害者同士につながりは見られない。マックはカーヴァー局長からスナイパーの存在を否定するよう命令されるが、市民に注意を促すべく記者会見の場でその存在を認める。二人目の被害者は少し離れたビルの屋上から撃たれたことが分かるが、狙撃者を目撃した者はいなかった。ビルの屋上を調べると、一本の体毛と血の付いた小さな虫が見つかる。虫は赤色顔料に使われるコチニールカイガラムシで、付着していた血痕と、体毛のミトコンドリアＤＮＡが十五年前に誘拐された当時九才のマイケル・レイノルズのものと一致するが…。

死因が特定できない白いドレスの女性ーー

セントラルパークで若い女性の死体が見つかる。被害者は白いドレスを着て目を見開き恐怖に凍りついたように硬直しており、バッグやＩＤはなく身元不明だった。現場に残された足跡から、被害者が取り乱して走っていたことが分かるが、犯人らしき人物の足跡はなかった。死因は窒息と分かるが首を絞められた跡はない。白いドレスには黄色い汚れが付着しており、誰かに後ろからつかまれた跡だと分かる。マックたちは深夜、雨が降り出す前に範囲を広げて現場を調べ直す。その際スコップで地面を掘る怪しい男を発見するが逃げられ、男が掘っていた地面からは死後二週間程と見られる女の死体が見つかる…。

カーヴァー刑事局長への疑い…

カーヴァー局長の妹ロニーを騙っていた女が死体となって浮かんでいるのが見つかる。彼女は殴られ蹴られ、心臓への一発が致命傷だったが、摘出された弾の旋条痕からカーヴァー名義の銃で撃たれたことが分かる。マックはカーヴァーを問い詰めるが、カーヴァーは「銃は昔盗まれた」と言う。「荒れた生活をしていたロニーが十五年前に盗んだようだが、三人の子供たちを引き取ったので、妹に戻って来て欲しくなかった。だから銃の盗難届も捜索願も出さなかった」と説明するが、マックは納得せずカーヴァーの犯行を疑う。少なくともカーヴァーが何か知っていながら隠しているのは確かだった。

ホリデームード一色のニューヨーク。ウインドーの中に撲殺死体が…

有名デパート、ストーンフィールドのショーウィンドーの前にはディスプレーのオープニングを待ちわびる人混み。その人混みの中でスリを捕まえたマックとジョーも、華やかなディスプレーの公開に目を奪われるが、なんとそのショーウィンドーの中に男性死体が…！

死体の身元はストーンフィールド・デパートの店長リチャード・グロスマン。鉄製のオブジェで撲殺され、まだ死後１時間以内。現場にはＵＳＢコネクタと被害者以外の血痕が残っていた。その血痕を追ってジョーはファミリートイレに行き着く。そこには犯人とおぼしき人物がケガの手当をした痕跡が残っていた。

スリのハウイーは取調室で上着の血痕を追求され、デパート売り場で女性客とぶつかったとき付いたのだと供述するが…。

ピエロ姿の男がいきなり店主を射殺！しかし大量のピエロが現われ…

ベーカリーにピエロが来て店主のジーノ・クレシダを射殺し出て行く。警官が駆け付けるが店の前の通りにピエロが大勢集まって来て、犯人に逃げられてしまう。ピエロたちはチラシ配りで報酬五百ドルのネット広告を見て集まったのだった。広告にはピエロの写真があり、そっくりの格好なら更に五十ドルもらえることになっていた。犯人は広告で集めたピエロに紛れて逃げたのだ。射殺されたジーノのシャツにはシアン化合物が付着、現場近くで見つかったピエロの靴から出たダストには灰、女性の骨、コンクリートが含まれていた。また現場には銃が残されていたが、ジーノはその銃で撃たれていないと分かる。

アダムは、ネット広告を調べるうちにピエロの顔の登録センターを発見、令状を取って写真のピエロがスタン・リッジウェイだと突き止める。

思うように捜査ができないマックはどう立ち向かうか？

スペイン国籍でクラブのプロモーターのミゲル･マルティネスが自宅アパートで死んでいるのが見つかる。発見したのは恋人のナターリアだったが、NYPDに通報があったのは死体発見から十時間後、JFK空港に到着したカタルーニャ州警察のヘクター･ヴァルガスからだった。ミゲルの母親エヴァはスペインの外交官で、自分の兄ヴァルガスを捜査に向かわせたのだ。マックはヴァルガスが被害者の伯父だと知って、証拠を損なわれるのではないかと警戒心を抱くが、ヴァルガスにそんなつもりはないらしい。スペイン領事館に保護されていたナターリアは「ミゲルのアパートに行ったら死んでいたので母親に連絡し、後は母親の指示に従って領事館にいた…。

暴走トレーラートラックがパーティー会場に！

トレーラートラックが暴走してハドソン川に転落、トレーラーではトラックパーティーが開かれており、引き揚げられたトレーラーの中で三名が死んでいた。トレーラーを調べると、後部ドアは外から施錠され、天井のハッチも開かないように溶接されていたことが分かる。パーティー客の生存者たちの話から、トラックがいつの間にか動き出していたことが判明するが、ドライバーを見かけた者はいなかった。死亡した三名の中に清掃員組合支部長エンゾの娘ヴィッキーがいたことから、エンゾに対する仕事絡みの復讐の線が考えられたが、ヴィッキーはパーティーが始まる直前に出席を決めていたことが分かる。パーティーに招待されていたジェシカが仕事の都合で出られなくなり、代わりに出たヴィッキーが被害に遭ったのだった。

危険な招待状が届けられるーーー計画殺人か？

バーで男性客2人とバーテンダーが射殺され、女性客が連れ去られた。CSIが到着した時にはすでに凶器の銃はピザ用オーブンの中で灰になっていた。犯人は中肉中背の黒人男性だが、その鮮やかな手口から見てプロの殺し屋らしい。調べの結果、男性客は前科持ちのジョージ･パーカーと牧師のジュリアン･グレース、女性客はプレザント･グリーン･クリニックのナース、カミーユ･ジョーダンソンと判明。3人には何の接点もない。

ホークスは被害者がカミーユと知って驚く。子供時代の友人だったからだ。彼女のアパートを訪れると部屋は何者かに荒らされ、天井裏から百個以上の処方薬のボトルが出てきた。ラベルの患者名はどれも他人のものばかりだった…。

“プロスペクト公園の強姦魔”への復讐かーー

911に男の声で殺人の通報が入る。声の主は死体の状況と場所を告げ、殺人はこれから起きると言う。通報通りの男の死体が十五分後に到着した警官によって発見される。その一帯では『プロスペクトパークの強姦魔』によるレイプの被害者が五人出ており、紫のダクトテープで縛られた死体は、被害者たちが放置された時の状態に酷似していた。死体の指紋がレイプの被害者の遺留指紋と一致、殺されたのは連続レイプ犯だと判明する。警察が一年捜査して見つけられなかった犯人を何者かが割り出して報復したらしい。男の顔には唐辛子スプレーの痕跡があり、舌が黒ずんでいた。舌の組織から殺虫剤の成分ピレスロイドが検出され、レイプ犯の名は害虫駆除会社で働くガーランド･クラークだと分かる。

身元不明の女性の死体はかつて殺人事件の証言者だった…

路地で身元不明の若い女性の死体が発見される。死因はヘロインの過剰摂取。事故死と思われたがマックはそれに異議を唱える。彼はその女性を知っていて名前はテッサ・ジェームス。約１年前路上で声をかけられ、その後も何度か話をしたという。彼女はマックを信頼できる刑事と見込んで、ある秘密を打ち明けようとしていたようだが、強迫性障害が邪魔をして話の内容は支離滅裂。勤めていた法律事務所もそのせいで解雇されたらしい。マックがかろうじて得た情報は「ある寒い日に３人の男が顔じゅう血だらけの女性の死体を部屋から運び出していた。１人目は白髪で２人目はがっしりした体つき、３人目がテッサの顔を見た」ということだけ。妄想の可能性もあるがマックの刑事としてのカンはそれが真実だと告げていた…。

高嶺の花のオリヴィアが死亡する。オリヴィアには裏の顔があったようでーーー

名門大学への進学を誇るアーチフォード学園で卒業生総代のオリヴィア・プレスコットが倒れて死ぬ。後頭部に裂傷があり、女子トイレのシンクの角に頭を打ちつけられて死んだことが分かる。オリヴィアは直前の授業を選択していず、死ぬ前八十分間の行動が不明だった。聞き込みの結果、美人で成績が良いオリヴィアは皆に人気があったことが分かる。オリヴィアの指先にはＦの字の跡が付いており、両膝には接触性皮膚炎を生じ、上着の破れ目には灰色の土が付いていた。皮膚炎はカビによるもので、校内各所の空気を調べた結果、図書室のカビだと判明するが…。

老人と思われた死体マスクで変装した30代半ばの女性だった…

地下鉄の車内で老人が男に絡まれ、降りたホームでやり合い倒れて死ぬ。死因は下大静脈損傷による大量出血だった。目撃者は皆、サイレンサー付きの銃で撃ったような銃声を聞いていた。銃を押しつけて撃ったような星型の裂傷が腹部にあったが、発射残渣は付着しておらず、傷の周囲が凍りつき、貫通してないのに体内に銃弾は埋まっていなかった。また、被害者は実は老人ではなく、精巧なマスクを被って変装していた三十代の女性で、持っていた葉巻の箱の中には、札束に似せた新聞紙の束が入っていた…。

女性は一体誰なのか？なぜ変装していたのか？凶器は何なのか？謎が深まる事件にCSIのメンバーが挑む。

仮病で休んだシェルドンが事件に巻き込まれる！

様々な移動販売車が一堂に集うフード･フェスティバルで、仕事をずる休みしたホークスがカミーユとデートしている最中、一台のフード･トラックが何者かに爆破され店主のダービー･チェイスンが焼死する。

フード･トラック業界はサンドイッチ等の軽食を売る従来のスタイルを脱し、今やグルメなメニューを味わえるスポットとして一大ブームとなっている。それだけに縄張りやレシピを巡るトラブルも多く、チェイスンを恨んでいた人間も少なからずいたようだ。

第一の容疑者はチェイスンに客をごっそり奪われたホットドッグ屋のオデリン･ゴンザレス。しかし彼には確かなアリバイがあった。第二の容疑者は高級中華レストランの店主ブロクストン･ラングレー。完全黙秘をしているが、爆破につながる決め手は何もなかった…。

未解決事件と似た遺体が発見される。同一人物の仕業なのかーー

公園で下着姿の女性の死体が見つかる。首を絞められた上に胸を深く刺されており、刺創には刃物の柄の跡が付いていた。八ヵ月前に公園の反対側で死体となって見つかったメイシー・マルティネスにも同じ柄の跡があり、同一犯の仕業と推測された。被害者はファッション工科大四年のパトリシア・ケリーで「ステキな人と今夜は泊まる」というメールを残したまま戻らなかったことが分かる。また、パトリシアの爪に挟まっていた紫色の痕跡は、名画などに使われている希少な塗料ティリアン・パープルだった。現場に残された靴跡が一足千ドルの限定版スニーカーのものと判明し、名画のコレクターとスニーカーの購入者を突き合わせたところ、チャールズ・マーティンが容疑者として浮上する。

身に覚えのない訪問者。そして突如ラボが銃撃される！

向かいのビルからマックのオフィスが銃撃され、ラボが被害を被る。マックのかつての相棒ビル･ハントもその場に居合わせたが、ビルはマックの名を騙ったメールに誘き出されたことが分かる。向かいのビルの空きフロアを調べるとAK47と地下鉄マップが残されており、防犯カメラには裏階段を上がる不審な人物が映っていた。マックは銃撃したのが財布を擦り取ったレイモンド･ハリスだと確信する。

残されていたAK47を調べるとハリスが逮捕される前にいたアパートにつながる。マックとダニーは令状を取ってそのアパートに向かうが、寝室のドア越しに発砲されて応戦し、相手を射殺する。寝室で死んでいたのはハリスではなく、その部屋の住人で押し込み強盗で手配中の男だった…。

死の縁を垣間見たマック。後日マックがとった行動は…

麻薬取引の摘発現場でマックは売人と1対1の格闘となり、眼前に銃口を突きつけられるという絶体絶命のピンチに見舞われる。奇跡的な弾詰まりにより無事逮捕に至ったものの、後日の会議でマックはひとりうわの空。気になってオフィスに事情を尋ねに来たジョーに対してマックは唐突に、9年前クィーンズで起きたコンビニ強盗殺人事件の再捜査開始を告げる。マックのデスクの隅には常々未解決事件のファイルが積まれているが、これが残る最後の1件だという。店長と店員の2名が撃ち殺され、2人組の犯人の行方は現在も不明。だが再捜査により驚きの新事実が明らかになった。床に散乱する商品の中に、売り物ではない子供の財布が紛れており、遺留DNAからその持ち主が事件当夜行方不明になった近所の幼女オリビア･ダルトンと判明したのだった。