Das Team findet drei junge Frauen, die alle auf die gleiche Weise vergewaltigt worden zu sein scheinen. Der einzige Zeuge, den sie haben, ist die überlebende junge Frau, die sich nur durch Blinzeln verständigen kann. Fotos, die an einem der Tatorte gefunden werden, führen das Team zu einem Paar, das eines der Opfer gesponsert hat, und zu dessen Freund, der behauptet, er habe seit Wochen nicht mehr mit ihr gesprochen.

Der Junkie Jordy Thompkins wurde in einer Gasse erschossen, aber die Kugel, die ihn tötete, ist verschwunden. Taylor und Hawkes stellen bald fest, dass eine Ratte die Kugel gefressen haben könnte, und die Suche nach der Ratte führt sie zu einem Raubüberfall, der sich am selben Tag ereignet hat. Nachdem Robin Prescott vergewaltigt und geschlagen im Central Park aufgefunden wurde und nur ein Pfingstrosenblatt an ihrer Kleidung trug, haben Stella und Flack die schwierige Aufgabe, den Mann zu finden, der sie vergewaltigt hat, aber Prescott kann sich nicht an das Verbrechen erinnern.

Nachdem in einem Reisebus ein Skelett gefunden wird, das mehr als zehn Jahre alt ist, benutzen Mac und das Team den gefundenen Rucksack, um die Gegenstände einem jungen Mann namens Aaron Moreland zuzuordnen, nur um zu erfahren, dass die Leiche unmöglich zu ihm gehören kann. Die Suche nach dem Hemd des Opfers führt die Ermittler zu einem Mitarbeiter eines Jugendzentrums, der behauptet, sich nicht an den Jungen zu erinnern, aber ein altes Geheimnis vor ihm verbirgt.

In der Nacht, in der er einen DJ-Wettbewerb gewinnt, wird DJ Banner in einer Gasse vor dem Club, in dem der Wettbewerb stattfindet, tot aufgefunden, was Mac und Flack dazu veranlasst, nicht nur den Club, sondern auch Banners Hauptkonkurrenten zu untersuchen, der eifersüchtig darauf war, dass die Stimme seiner Freundin Teil von Banners Auftritt war. Stella und Danny untersuchen den Tod der Modedesignerin Deborah Gayle, die von ihrer Assistentin mit dem Gesicht nach unten im Pool ihrer Wohnung aufgefunden wird, ohne dass diese vom Ableben ihrer Chefin betroffen ist. Eine Autopsie ergibt, dass die Todesursache eine Vergiftung durch Tetrodotoxin war, ein Gift, das in Kugelfischen vorkommt, was Stella und Danny zu Fuqua Sushi führt.

Stella und Aiden stellen Nachforschungen an, nachdem sie die Leiche eines Teenagers in einem Bach gefunden haben. Bald stellen sie fest, dass es sich um ein Mädchen aus der Mittelschicht handelt, das eine schicke Schule besuchte und versuchte, den Anschein zu erwecken, ihre Familie habe mehr Geld als sie selbst, und sie verfolgen ihre Spur zu einem Nachtclub. Mac und Danny ermitteln, als in den Tunneln eine Leiche ohne Schutzkleidung gefunden wird, und stoßen auf eine Mauer, als die Gewerkschaft der Sandhogs viele ihrer Versuche, Informationen über das Opfer zu erhalten, blockiert.

Zwei Fälle. Bei dem einen geht es um mehrere Morde in einem Restaurant, bei dem anderen um ein amputiertes Bein, das in einem Müllcontainer gefunden wird.

Danny und Mac ermitteln, nachdem eine Aktentasche von Luke Sutton mit einer blutigen Notiz in der NYMEX gefunden wird. Ihre Ermittlungen zu Suttons Aktivitäten führen sie zu Nick Lawson, gegen den Sutton wegen illegaler Geschäfte ermittelt hatte, der aber schwört, nichts mit seinem Verschwinden zu tun zu haben. Stella und Flack untersuchen den Tod von Trina Rolston, einer jungen schwangeren Frau, die vom Dach einer Kirche in den Tod gestürzt ist. Mit Hawkes Hilfe findet Stella heraus, dass die Leiche vom Dach geworfen wurde, um die wahre Todesursache zu verschleiern. Die Detektive erkennen bald, dass ihre beiden Fälle miteinander verbunden sind.

Nachdem der berittene Polizist Valasquez im Park niedergeschossen wurde, macht sich Mac auf die Suche nach der Kugel, die den Polizisten tötete, nur um zu erfahren, dass sie in der Wirbelsäule des Pferdes steckt und nicht entfernt werden kann, ohne tödlich für das Pferd zu sein. Die Ermittlungen führen sie zu einem örtlichen Straßenhändler, geraten aber ins Stocken, als der Staatsanwalt Mac bittet, nichts zu unternehmen, was das Pferd gefährden könnte, bis die Frau, die es gespendet hat, sich von ihm verabschieden kann. Aiden untersucht die Leiche eines jungen Mannes, Lenny Starks, der mit dem Gesicht nach unten und tot auf der Straße gefunden wurde. Aiden verfolgt die Spur des jungen Mannes zu einer örtlichen Pizzeria, wo sie von den Buchmachern eingeschüchtert wird, die die Pizzeria als Tarnfirma für Glücksspiele nutzen.

Mac und Stella untersuchen den Mord an einer Frau, die mit einem Holzpflock ins Herz gestochen wurde. Die Polizei verhaftet eine Frau, die blutverschmiert über der Leiche kniete, aber Mac ist nicht davon überzeugt, dass sie die Tat begangen hat.

Ein junger Unbekannter, der den Spitznamen "Slick" trägt, wird quer über die Schienen einer U-Bahn gefunden. Zunächst sieht es so aus, als sei er durch einen Stromschlag gestorben, doch eine Autopsie deutet darauf hin, dass er möglicherweise durch eine andere Art von Stromschlag ums Leben gekommen ist. In der Zwischenzeit wird Leo Whitefield in einer Galerie, die ihm gehört, aus nächster Nähe erschossen aufgefunden, ohne dass es Anzeichen für einen Einbruch oder Diebstahl gibt, und ein Bauarbeiter wird mit einer tödlichen Kopfverletzung aufgefunden.

Mac, Aiden und Flack ermitteln, als Elaine Curtis bei einem Hundewettbewerb tot aufgefunden wird, mit einer Stricknadel in der Brust, und es gibt viele Verdächtige, von den Richtern über die Trainer bis zu den Teilnehmern. Stella und Danny untersuchen den Tod des Fahrradkuriers Michael Starling, aber der Tatort könnte überall auf seiner Route gelegen haben.

Die Ermittler untersuchen einen Mord in einem Lebensmittelladen, der auch mit dem Tod eines jungen Mannes mit der Tätowierung "Tanglewood" auf dem Rücken in Verbindung steht. In einem dritten Fall geht es um eine Frau, die bei einem Autounfall mit Fahrerflucht getötet wurde.

Die Leiche eines jungen Schlangenmenschen wird zusammengefaltet in einer Kiste auf Coney Island gefunden, was Mac und Stella zum Zirkus führt, wo sie sich in eine echte Romeo-und-Julia-Geschichte zwischen dem toten Schlangenmenschen Lukas und der Trapezkünstlerin Anasuya verwickelt sehen. Danny und Flack finden die Leiche einer Frau in einem Wäscheschacht und erfahren, dass es sich um die ehemalige Verbindungsschwester der Frau handelt, die in dem Gebäude wohnte, und lenken ihren Verdacht auf den misshandelnden Ehemann, vor dem sich die Frau versteckte.

Die Ermittlungen des Teams zum Tod von Hannah Bloom, die auf ihrer eigenen Hochzeit gestorben ist, werden auf Eis gelegt, als ihr Vater sich weigert, eine Autopsie durchzuführen, bevor der Leichnam seiner Tochter von einem Rabbiner gesegnet wurde. Danny und Mac konzentrieren sich auf die Frau, die die Tauben, die freigelassen werden sollten, trainiert hat, können sie aber nicht direkt mit Bloom in Verbindung bringen, die an einer Formaldehydvergiftung starb. Stella, Flack und Aiden ermitteln, als tief unter der Erde eine Hand gefunden wird, und stellen bald fest, dass der tote Mann, Rick Amadori, seine eigene Hand abgekaut hat. Die Sache scheint klar zu sein, als der Sohn eines Mannes, den Amadori drei Jahre zuvor getötet hat, das Verbrechen gesteht, aber die Dinge sind nicht so einfach, wie sie scheinen.

Der Tod einer Frau führt unsere Ermittler zu einer Schule für sexuelle Fetische wie Bondage und Spanking.

Als junge Bandenmitglieder den Besitzer eines gehobenen Weinladens in der Bronx ermorden, müssen die CSI-Leute Beweise finden, die letztendlich jemanden mit dem Verbrechen in Verbindung bringen. Die Gemüter erhitzen sich, als die Morduntersuchung Detective Flack wieder mit seinem langjährigen Mentor und Freund Sergeant Gavin Moran zusammenbringt, der als erster am Tatort eintraf. Währenddessen untersuchen Danny und Aiden den Tod eines einflussreichen Filmproduzenten, der tot auf dem Vordach seines Wohnhauses in Chelsea gefunden wurde.

Als der Chefermittler eines umstrittenen Berichts, der die Korruption innerhalb der New Yorker Polizei dokumentiert, am Tag vor der Veröffentlichung seiner Ergebnisse erschossen wird, müssen Mac und Stella den Mörder finden und eine groß angelegte Suche starten, die jeden in dem Bericht aufgeführten Beamten zu einem Verdächtigen macht. Währenddessen untersuchen Danny und Aiden den Mord an einem Zigeuner-Taxifahrer.

Als die Leiche einer jungen Frau in einer Wäscherei entdeckt wird, führen die Bettlaken, in die sie eingewickelt war, Mac und Stella zu einem gehobenen New Yorker Hotel, in dem Diplomaten aus aller Welt untergebracht sind, wenn die Vereinten Nationen eine Sondersitzung abhalten. Währenddessen untersuchen Danny und Aiden den Tod eines Obdachlosen, der als menschliche Statue verkleidet aufgefunden wurde. Nach allem, was man hört, handelt es sich bei dem Streich um eine Ordnungswidrigkeit, aber Danny beschließt, weiter zu ermitteln, und seine Weigerung, die Ermittlungen einzustellen, bringt ihn in Konflikt mit Mac.

Als ein Student verprügelt und erschossen wird und seine Wohnung durchwühlt wird, muss das Team die Mörder ausfindig machen, da es sich offenbar um einen Drogenmord handelt. Bei der Untersuchung der Beweise in der Wohnung des ermordeten Studenten findet das Team Spuren von reinem, unverarbeitetem Heroin und stellt fest, dass das Opfer eine Mitbewohnerin hatte, die nun verschwunden ist. In der Zwischenzeit bedroht Stellas aggressive Verhörtaktik mit einem Zeugen ihre Polizeimarke.

Ein Kindermädchen wird in der Nähe eines Parks tot aufgefunden, während Messer in Schwierigkeiten gerät, weil er möglicherweise einen anderen Polizeibeamten erschossen hat.

Das Team untersucht den Mord an einem begeisterten Fan der Boston Red Sox, der nach einer schweren Niederlage gegen New York mit gerissener Milz tot aufgefunden wurde. Danny muss seine Baseball-Fähigkeiten unter Beweis stellen, um die Beweise zusammenzusetzen, während die CSIs versuchen, herauszufinden, wie und warum er ermordet wurde. Nachdem er in einem Mordprozess ausgesagt hat, wird Mac mit dem Angeklagten Quinn Sullivan konfrontiert, der die Gültigkeit der Beweise in Frage stellt. Mac ist hin- und hergerissen zwischen seinem Vertrauen in die Wissenschaft und seinem Wunsch, einem Mann zu helfen, dem eine Gefängnisstrafe droht und der seine Unschuld beteuert. Als eines frühen Morgens ein Lastwagen eine spärlich bekleidete Frau tötet, untersucht das Team, warum sie durch die Straßen rannte und vor wem.

Während Mac in seinem örtlichen Frühstückslokal zu Abend isst, eröffnet ein Bewaffneter das Feuer. Eine Kellnerin wird schwer verletzt, ein Mann stirbt, und Mac muss sich entscheiden, ob er den Verdächtigen verfolgt oder das Leben der jungen Frau rettet. In der Zwischenzeit wurde Mac vor dem Chaos von einer schüchternen Kundin angesprochen, die ihn unbeholfen in ein Gespräch verwickelte. Nachdem sie gemerkt hat, dass er ihr während der Schießerei das Leben gerettet hat, lädt sie ihn auf einen Drink ein, und Mac muss sich entscheiden, ob er nach dem tragischen Tod seiner Frau bereit ist, wieder eine Beziehung einzugehen.