ニューヨーク、リバー・カフェ地区ブルックリン・ハイツの草むらで20代後半の白人女性の死体が発見された。

CSI捜査班は、死体の状況から、どこか別の場所で殺害されてこの場所に捨てられたものと断定した。そして死体は検死解剖ラボに回された。

ラボからの報告は、脳卒中による死亡で死後4日経っているとのことだった。

警察の行方不明者ファイルを調べると、死亡した女性はリーアン・グッドマンという人妻であることが判明した。

時を同じくして、もう一体の女性の死体がゴミ運搬用のはしけで発見された。その死体はモスクワからの留学生ゾーヤ・パヴロヴァだった。

死体の状況から連続猟奇殺人の疑いが濃厚となった。

捜査を進めると不審な一軒家が浮上。連続猟奇殺人はまだ続いてしまうのか？そして謎の一軒家との関わりは？一体――。

深夜のセントラル・パークでロビン・プレスコットという若い女性が何者からか暴行を受けて全身にひどい傷を負った上にレイプされた・・・。

CSIメンバーが捜査に当たったが、被害者のロビンは事件のショックで記憶をなくしてしまっていた。

さらに、有力な物的証拠であるハズの精液が「無精子症」であったために、容疑者を割り出すためのDNA鑑定が出来なかった・・・。

しかし、衣服に付着していたくるみの粉や現場に残された足跡から、犯人像に迫っていく捜査班！

タイムズ・スクエアNY観光ツアー中のバス車内でガイコツが見つかった。

そのガイコツにはTシャツや帽子がかぶされており、誰かの悪いイタズラかと思われたが、作り物ではなく本物の人骨であることが判明し本格的捜査が始まった。

骨に残されたわずかな指紋から、イタズラを仕掛けたのはバスターミナルの売店勤務の男と判明した。しかし、殺害したのはこの男ではないようだ・・・。

鑑識の結果、その人骨は10数年以上も前に死亡した10代後半の男性で、やはり殺害されて命を落とした人物であることが分かった。

事件がセンセーショナルに新聞やテレビで報道された結果、「自分の息子なのでは？！」とNY市警に名乗り出た夫婦が現れた。

都会の闇、社会の現実･･･真相は思わぬ展開で明らかにされる！

ニューヨーク・ブルックリンのナイトクラブで2004年度DJマスター・チャンピオンを決めるコンテストが行われていた。

コンテスト会場が優勝者争いで盛り上がる中、優勝者のDJバナーが何者かにメッタ刺しにされて死亡した。

殺された少年は17歳の“DJバナー”ことクリストファー・ロッカウェイ。

致命傷となった刺し傷とは別に、彼の足首には内出血の痕が残っており、捜査班はその点に注目して捜査を進めていった。

NYの地下200メートル、新しい水道トンネルの掘削現場で発破作業の後、作業員のピートが死体で見つかった。

やや知恵遅れで喘息持ちだったため地上作業員として働いていたピートが、なぜその日は地下にいたのか…？マックとダニーは殺人とみて捜査にあたるが、家族意識で固まった穴掘り作業員たちが相手の捜査は難航する。

やがて、ピートの兄・ジョーが仲間のリンチにあい病院に運ばれたことから、事件の全容が明らかになっていく。

チャイナタウンの小さな銀行に3人の強盗が入り、貸し金庫が荒らされた。物音に気づいた警備員と撃ち合いになった際にアセチレンガスが爆発、強盗2人と警備員1人が死亡するが、怪我を負った強盗1人が逃亡する。

現場を検証したマック達は、銀行の女主人ジョアンが11ヶ月になる一人娘を犯人グループに誘拐され、しかたなく彼らの手引きをしていたことを突き止める。その矢先、残りの強盗1人が死体で見つかり、さらに新たな脅迫状が届く。

真の犯人は誰なのか？そして、誘拐された子供を無事に取り戻すことができるのか…？！

NY商品取引所で爆弾騒ぎが起こるが結局爆弾は見つからず、残されたブリーフケースの持ち主である仲買人サットンが行方不明になっていることが判明する。警察はサットンが誘拐された可能性もあるとみて捜査が始まった。

残された資料から、彼は同じ仲買人ローソンの不正取引を調べていたことがわかり、さらに調べるとサットンはチャールズという人物に言われるがまま動いていたようだった。

昼のセントラル・パークで、若い黒人男性と観光客の英国人老男性がケンカになっているところに仲裁に入った騎馬警官が、何者かに銃撃されて死亡する事件が発生した。

警官が背中に受けた1発の銃弾は防弾チョッキを貫通し体内をつき抜け、乗馬していた馬の首に残留していることが分かった。

また、防犯カメラの映像から、若い黒人男性は英国老人に一方的に殴りかかっていることや、その直前まで携帯電話で誰かと会話をしていて、さらにはその視線がスナイパーの狙撃位置に向いていたことが分かったため、狙撃犯の共犯者である可能性アリとみて逮捕した。

スタイヴェサント・タウンで女性の他殺体が発見される。

死体を発見したのは近くでバスケットをしていた若者たちで、なんとその死体の傍らでは血まみれの女性が、死体のざっくり割れた胸の傷口に手を突っ込んで心臓をつかもうとしていた･･･。

被害者の女性はマンションに住む主婦レイチェル・カムデン。

そして、彼女の胸に手を突っ込んでいた女は同じマンションで一人暮らしをしているオフィリア・ディキアリア。

レイチェルの死因となった凶器は木の杭で、彼女の心臓の奥まで一気に突き抜けていた。V

しかし、オフィリアから事情聴取すると「全く面識がない」と言い、事件の記憶も一切ないと･･･では、一体なぜオフィリアは見知らぬレイチェルの胸の中に手を突っ込んでいたのか？？

夜のNYの地下鉄で若い男性の感電死体が発見され、捜査に乗り出す。

解剖の結果、感電の様子から地下鉄の直流電気ではなく家庭用の交流電気で死亡したことが判明。どうやらその死体は別の場所から運ばれてきて、地下鉄の感電死に見せかけられたものらしい。

若者たちの間で市街地を利用した障害物レースが流行っている。

そのゲームは「パークール」と呼ばれていて、死体の彼もどうやら熱中していたようだ。

所持品のビデオカメラがそれを物語っていて、ゲームの仲間を突き止め身元は割れるのだが―――。

NYの街中を駆け抜ける自転車便のメッセンジャー、マイケル・スターリングが、荷物を配達中に何者かに太ももを刺されて出血多量で死亡した。

マイケルの遺体に残されていた折れたハサミの破片と、マイケルが身に付けていた心拍記録装置を手がかりにして刺された現場を割り出して特定。

道路の側溝から凶器のスイス・アーミー・ナイフを発見した。

ニューヨーク、雪のコートランド・パークの園内で若者の撲殺死体が発見された。

若者の名前はポール・モンテナッシ、白人で26歳の青年だ。ポールは全身を鈍器で強打されていた。

ポールの顔面には、彼以外の何者かの血が付いていたことから事件はさらに広がっていく･･･。

2月のコニーアイランドの海岸で、寒中水泳に挑んでいた若者たちが波打ち際に埋まった箱を見つけて掘り返した。

しかし、60センチ四方のその小さな箱の中身は宝物ではなく、半裸の少年の死体だった･･･。

死体を検証したところ、少年は箱に入れられた時にはまだ生きていた。それなのに抵抗した跡がみられない･･･。

被害者の異常な体の柔らかさから、CSIメンバーはサーカス団に目をつけ捜査に乗り出した。

ニューヨークのホテルで結婚式が行われていたが、結婚式の主役である花嫁が突然倒れ急死してしまった。検死の結果、着ていたウェディング・ドレスに染み込んだホルムアルデヒドによる壊死が死因であることが判明。

さらには、ニューヨーク市内の通りでタクシーを止めようとした男性が、先の花嫁と同じ死因で急死した。この2人の被害者たちの共通点は、死んだときに着ていた服を同じリサイクルショップで購入していた点だった･･･。

頭でコンテナに潰された死体が見つかり、マックとステラが捜査に当たった。死体は現場監督の1人、パディ・ドーランと判明したが港湾労働者達の口は堅く、聞き込みは思うように進まない。

さらに空のコンテナの中から労働者の一人、ジミーの死体も発見され、事件は波止場の陰湿な労働環境が関わっている可能性が増してきた。

ブロンクスの再開発地区で、3人組の強盗にワインショップが襲われ店員が射殺された。

目撃者の証言から犯人はヒスパニック系の少年達とわかり、防犯ビデオにもその映像が残っていた。しかし、マックとステラは防犯ビデオで犯人の一人が飲んでいたジュースの缶が、現場ではなくなっていたことに気づく。

ニューヨーク　センチュロンビル65階のスカイラウンジで、ダヴ委員会会員の慰労パーティーが催されていた。

“ダヴ委員会”とは、ニューヨーク市警察内部の不正や汚職などの腐敗を暴くべく、検事や判事などの法曹界有志たちで組織されている機関。

調査結果のレポート発表を翌日に控え、前祝いとして乾杯をしている最中に突然の銃撃を受けた。

銃弾に倒れた人物は、ダヴ委員会の主席調査官、ダン・スタンウィック。そして、一緒にダンスを踊っていた女性も巻き添えを食って死亡した。

レポート発表を前に、委員長スタンウィックの死を願った腐敗警官の内部犯行では？とにらんだ捜査班は、ダヴ・レポートにリストアップされた人物たちを調べ始めた。

そして、頻繁に名前が挙がっている、ある分署長に行き当たるが・・・。

大量の洗濯物が集まってくるクリーニング工場で、女性の死体が見つかった。女性は若く美人で、マニキュアと高価な下着を身に着け、超高級ホテルのシーツに血だらけで包まれて発見された。

捜査班は、女性の胃に残されていた高級キャビアとシーツを手がかりに、犯行現場がダンズモア・ホテルの特別室であると推定した。

その部屋に滞在している人物の名は、ロバート・コスタ。彼は大西洋に浮かぶ小さな島国テスカラの貿易代表で、今回は通商代表団の団長としてNYに滞在している。

実はコスタは10年前、コロンビア大学在学中に女子学生強姦殺人容疑で起訴されていたが、テスカラ大使館の政治力と寮仲間の証言によって罪を免れた・・・という過去の持ち主だったのだ。

ニューヨーク　ウエストヴィレッジ。

学生専用のアパートの一室で、チェルシー大学に通う男子学生のウィル・ノーヴィックが、ひどく暴力を受けたうえ銃で撃たれて死亡していた。そして部屋はめちゃくちゃに荒らされていた・・・。

ウィルはアパートの部屋を女子学生のジョーダン・ベンソンとルームシェアしていたが、ルームメイトのジョーダンの姿は消えていた。

ウィルの部屋からは“チャイナ・ホワイト”と呼ばれる純度90パーセントのヘロインが見つかったため、捜査班たちは、ウィルがドラッグの売人で麻薬がらみの事件と見て捜査を始める。

捜査班は、現場アパート近くの路地裏で、ジョーダンのバッグと血だらけの男を捕えた。

どうやらこの男は事件の真相を知っているらしい。

ルックリンにあるアパートでジェイ・ナイトという男性が銃殺された。現場を調べている時、ダニーはクローゼットに不審な男が潜んでいるのを見つけるが逃げられてしまう。ダニーは男を追って地下鉄のホームへ向かうが、そこで撃ち合いとなり相手を射殺してしまった。

さらに、ダニーが撃った相手がNY市警の刑事ロドニー・ミンハスで、ダニーが追った男は逃亡してしまったことが判明する。

早朝、スポーツ・エージェントのマーゴ・トレントが下着姿のまま道路に飛び出し、トラックに撥ねられて死亡した。その同じ日、ヤンキー・スタジアムの駐車場でレッドソックスファンのノボトニーが車の中で不審死しているのが発見される。そしてノボトニーの事件の現場から、マーゴにつながる証拠が見つかったことで、2つの事件のつながりを洗い出すと･･･。

ある日の早朝、マックが行きつけのコーヒー・ショップに行くと銃撃事件が起き、ウィ江トレスが重傷、客の一人が死亡した。捜査線上に浮かんだコリンズが逮捕されるが、程なく彼は釈放され、今度はそのコリンズが被弾し彼の母親が惨殺される。

事件の背後にもっと大きな組織犯罪があるとみたマックは、新たな証拠から隠された事実を見つけていくが･･･。