男子剣道部員の中田勇次と共に珠姫入部の作戦を練る虎侍。一方、剣道場ではトラブルに巻き込まれた珠姫が、なりゆきから先輩部員の外山と剣道で対決することになっていた。体格差とブカブカの道着で苦戦する珠姫の脳裏に浮かんだものとは？

恋人で同じ剣道部員の栄花段十朗を外山によって傷つけられた女子部員の宮崎都。珠姫たち新入部員が加わった剣道部一同と一緒に、新しい防具を注文しようと剣道具店に出かけた都は、その最中に外山に仕返ししようと思いついた。数日後、彼に仕返ししようとした都の前に、ユーレイ部員の桑原鞘子が現れて…。

なかなか部活に現れない鞘子を呼び戻すべく、策をめぐらす虎侍と紀梨乃。二人の思いが通じたのかようやく剣道場に顔を出した鞘子だが、彼女を見た都は以前トラブルを起こした相手が部活の先輩だったことに気が付いてしまう。そんな意外なめぐり合わせと厳しい練習に、剣道への熱意が冷めかける都だったが…。

練習試合に向けて、対戦順を決める室江高と町戸高の両チーム。互いに練習にも熱が入るが、室江高は選手が一人足りないままで練習試合当日を迎えてしまう。一方、町戸高では集合時間になっても一向に集まらない生徒たちを集めるべく、石橋が奔走を続けていて…。

ついに室江高と町戸高の練習試合が始まった。圧倒的な強さを見せる珠姫や初めての試合に戸惑う都、そして珠姫からの指導に触発される鞘子、いつもの自分のスタイルを貫く紀梨乃など、それぞれの個性を出して試合に挑む室江高の四人。そんな彼女たちの前に、第五の戦士・武礼葉が現れる。果たして、彼女の正体とは…!?

練習試合の最後に、珠姫は町戸高の顧問である石橋と対戦することになった。大人相手に一歩も引かない珠姫に対して石橋が取った構えは…。やがて練習試合も終わり、紀梨乃の持ってきたメンチカツをつまみながら和気あいあいとした雰囲気になる室江高と町戸高の面々。その夜、賭けに勝った虎侍は石橋と寿司屋に向かい…。

とある理由により、お金が必要になった珠姫。一方、練習の疲れから体調不調の都はお店番のアルバイトを代わってくれる人を探していた。それを知り興味を持った珠姫は、都の代わりにアルバイトを引き受けることになる。そして、そのアルバイトを始めた珠姫は、初めての経験に緊張で固くなるが…。

慣れない仕事にはげみながらも部活のことが気になる珠姫は、アルバイト終了後に道場へと駆けつけた。珠姫と共に、次の大会に向けて盛り上がる剣道部の面々。しかし、帰宅前に虎侍が買い物に立ち寄ったスーパーで、虎侍と剣道部の運命を大きく左右する事件が起きてしまい…。

珠姫はアルバイト先で、都に会いに来た少女に出会うが、その話を聞いた都は動揺し、何かに怯えるようになってしまう。数日後に開かれた剣道の大会で中学時代の友人と偶然出会った紀梨乃は、室江高校の一年生に剣道の実力者がいることを聞き、五人目の戦士を探すことになるのだが…。

インターハイ予選に向けて他校との練習試合も決まり盛り上がる剣道部一同。友人からの情報で、剣道経験者の一年生の名前が東だと知った紀梨乃と鞘子は、剣道部に彼女を勧誘すべく図書室に向かう。その一方、東を剣道部に入部させるべく虎侍も動き出すが、吉河先生から彼女が部活に入れない理由を知らされて…。

東を道場に誘い、稽古を始めた紀梨乃と鞘子。その実力に驚いた一同は彼女に入部を迫る。だが、東にはどうしても入部できない事情があったのだ。そんなある日、林先生が顧問をしている成明高校が室江高校へ練習試合にやってきた。その合同練習には、部活を続けていくかどうか迷う一年生の小川芽衣も参加していたが…。

室江高と成明高の練習の中、珠姫と組んで練習をしていた芽衣は、その実力に驚きあこがれる。なりゆきから練習に参加していた東は紀梨乃のペースに乗せられ、珠姫と互角稽古をすることになり、次第に剣道の呼吸を思い出していた。一方、林から剣道に対する意外な思いを聞かされる虎侍。やがて、練習試合が始まり…。

東を剣道部へ誘い続ける紀梨乃と鞘子だったが、彼女の意思は固く入部を断られてしまった。さらに、入部を無理強いすることを虎侍から止められて落胆する二人。その様子を見ていた都は、東の教室に向かい…。一方、虎侍は石橋からの勧めでインターハイ予選に向けての強化合宿を企画するのだが…。

珠姫たちは町戸高校の面々と合宿を行うことになるが、最初に一同が向かったのは何故かプール。その後、練習は双方打ち解けながら和やかに進み、稽古の後、両校の生徒たちは汗を流すべく銭湯へ向かう。やがて夕食を経て修学旅行さながらな騒がしさのまま、夜は更けていくのだが…。

突然、学校を二日連続で休んだ紀梨乃。連絡も取れないことに不安を感じた鞘子は部活を抜け出し紀梨乃の家に急ぐが、そこで何故か実家の店を手伝っている紀梨乃の姿を目撃する。そして始まるインターハイ県北予選。勝ち進む室江高女子チームだが、次の対戦相手の東城高校には良からぬウワサがあり…。

東城高校の部員たちによる妨害を受け負傷した珠姫は、みんなに心配をさせまいと、何事もなかったように振舞い試合に出場した。そして始まった東城高との対戦。珠姫だけでなく、東や紀梨乃も不調や悩みを抱えながら試合に臨み、やがて珠姫と東城高の大将である小西との対戦を迎えるのだが…。

室江高と東城高の対戦は、予想外の決着を迎えた。そしてそれぞれの思いを胸に会場を後にするそれぞれの部員たち。その夜、紀梨乃は剣道部の新たなスタートに際して、剣道部のマスコットキャラクターとテーマソングを作ろうと鞘子にメールで相談をするが、それが思わぬ悲劇を生むことになってしまう…。

次の関東大会に向けて意気が上がる室江高剣道部一同はメンバーの総当り戦を行った。一本も取れずに落ち込む都を気遣ったダンは、痛んだ竹刀を新しい物に換えるように彼女を買い物へ誘う。その最中、偶然出会った、外国人の女子高生キャリー西川とのささいな争いはやがて、剣道部をも巻き込んだトラブルになり…。

虎侍の出張のために部活が休みになった週末。珠姫は勇次がもらった遊園地のアトラクションショーのチケットで、ブレードブレイバーがゲスト出演することを知り、二人で見に行くことになった。生のブレイバーと新作劇場版の制作発表を聞き喜ぶ珠姫だったが、ヒーローグッズをめぐり会場にいた少女、鈴木凛と争うことに…。

珠姫の家の道場に、父の友人である小沢剣友会の面々が劇場版ブレードブレイバー撮影のためにやって来た。そしてそのメンバーについて来たのは、凛だった。アクションシーンの練習に目を輝かせ、凛とブレイバー談義に花を咲かせる珠姫。翌日、珠姫は凛と映画の撮影現場へ見学に出かけるが、撮影中にトラブルが発生し…。

関東大会に向け、都も特訓の成果を発揮しつつあり、練習に熱が入る剣道部一同。紀梨乃は勝利を祈り、お手製のマスコットを一人一人部員に配る。やがて始まる関東大会。会場では石橋率いる町戸の部員たちとも出会い、再戦を誓う一方、珠姫は凛と再会する。そして、第一回戦の対戦校にキャリー西川の姿があった…。

関東大会の結果に意気消沈し、いつもと同じようでどこか違う剣道部の空気。そのわずかな違和感はそれぞれの部員に影を落とし、次第に大きな溝になっていく。さらに外山と岩佐が起こした事件がきっかけで、剣道部の今後について虎侍、そして紀梨乃は大きな選択を迫られることになり…。

気持ちがバラバラになっていく剣道部。剣道を続ける意味を見失い、部活に出なくなってしまった都にダンは自分では力になれないのかと気落ちする。そんな都に街で偶然出会った東は…。一方、休部の危機に選択を迫られた紀梨乃も学校を休み、心配した鞘子は…。

決意も新たな室江高剣道部は、昇龍旗大会に出場することになった。虎侍と石橋が十年程前に大会で対戦したことを思い返す中、個人戦にエントリーする部員一同。そして会場で、都はキャリーを、珠姫は凛を見つけそれぞれの想いで闘志を燃やす。一方、男子の部に参加した勇次とダンは、それぞれ勝ち進み…。

そして時は流れ、別れと出会いの季節、珠姫は凛と再会し一緒に街に出かけた。数日後の放課後、一見、いつもと同じようだが、何かが変わり、何かが足りない剣道部の風景。そんな剣道場に見知らぬ二人の訪問者が現れるのだが…。