Jedne noći za vrijeme Drugoga svjetskog rata, boreći se u Francuskoj, pilot Russel Keys (Steve Burton) odjednom se nađe obavijen tajanstvenim plavim svijetlom, koje će njega i njegovu posadu spasiti od sigurne smrti. Međutim, nitko se od njih naknadno ne sjeća ničega što se dogodilo pa im nije jasno kako su preživjeli. Poslije rata, Russell se pokušava vratiti normalnom životu, ali ga muče bizarne noćne more i česte glavobolje, a doznaje i kako su svi članovi njegove posade umrli pod nerazjašnjenim okolnostima. Istovremeno, nemilosrdni i beskrupulozni kapetan Owen Crawford (Joel Gretsch) predvodi vladinu istragu o događajima u Roswellu. U obližnjem Teksasu, usamljenu majku (Catherine Dent) zavodi misteriozni stranac...

Russel Keys se svim snagama bori da njegov trinaestogodišnji sin Jesse (James Kirk) ne doživi njegovu sudbinu nakon što je doznao da su i dječaka oteli izvanzemaljci. U Roswellu poručnik Crawford ni 10 godina poslije ne uspijeva razjasniti tajnu nepoznate svemirske letjelice. Sumnja kako prave odgovore zna mali Jacob Clarke (Anton Yelchin), Sallyn sin koji vjerojatno posjeduje neobične moći.

1962. godine Owen Crawford se očajnički trudi spasiti svoj super tajni NLO projekt od predsjedničkog otkazivanja te kreće u potragu za Jacobom Clarkeom. Na svome putovanju susreće se s Russellom i Jessejem Keysom, koji se dobrovoljno ponude biti objektima ispitivanja i istraživanja, u posljednjem pokušaju da se zaustave izvanzemaljske otmice.

Na samom početku sedamdesetih Owenovi sinovi Eric (Andy Powers) i Sam (Ryan Merriman) trude se biti od pomoći svome ocu, čija je karijera neslavno propala, ali je izgledno kako obojica imaju i skrivene planove. Istraga Sama odvodi na Aljasku, gdje pronalazi nove dokaze o opasnosti od izvanzemaljaca. U međuvremenu, odrasli Jesse Keys (Desmond Harrington) vraća se iz Vijetnama kao ovisnik mučen svojom prošlošću.

Nakon 20 godina Jacob Clarke (Chad Donella) se vraća kući kako bi se oprostio s majkom i tada konačno podijeli svoju tajnu s bratom Tomom. U međuvremenu, Eric Crawford nastavlja očev posao zajedno sa doktorom Chetom Wakemanom. Njih će se dvojica naći na tragu Jacoba i Jesseja Keysa, što će izazvati velik sukob između vojske, žrtava i ponekih neočekivanih posjetitelja..

Poslije smrti Jesseja Jeysa i Jacoba Clarkea, izvanzemaljci se počinju koncentrirati na njihovu djecu, Charlieja (Adam Kaufman) i Lisu (Emily Bergl). Djevojku alieni uspiju zaštititi, ali Charlie ostaje objekt istrage. Crawfordov otkazani projekt ponovno se pokreće 1989. godine, zahvaljujući Wakemanovim spletkama.

Nakon što se napokon pomiri sa spoznajom o mnogobrojnim otmicama koje su se zbile tijekom godina, Charlie doznaje i kako je on otac Lisine kćerkice Allie (Dakota Fanning). Wakeman i njegova nemilosrdna partnerica Mary Crawford (Heather Donahue) sada predvode vladin projekt te planiraju oteti Allie za svoju svrhu. Nalazeći se u opasnoj situaciji, Allie otkriva da ima nesvakidašnje moći.

General Beers (James McDaniel) riješi se Wakemana i Mary te vodi Allie u Sjevernu Dakotu, gdje je planira iskoristiti kao mamac za izvanzemaljce. Mary, Lisa i Charlie daju se u potragu za Allie, iako iz različitih razloga. Na nebu se pojavljuju neobična svjetla.

Dok se opasnost približava obiteljskoj farmi u Teksasu, Allie shvaća koja je njezina prava sudbina. Sve se tajne otkrivaju odjednom, uključujući i one skrivane desetljećima pa Allie i njezini roditelji moraju donijeti jednu od najvažnijih odluka svojih života.