1944 - Des lueurs (les Foo Fighters) apparaissent au beau milieu d’un combat aérien dans le ciel de France et sauvent le capitaine Russell Keys (Steve Burton) et son équipage d’une mort certaine. Trois ans plus tard, retourné à la vie civile, dans sa maison de Bement, Russell Keys est victime d’incessants cauchemars et de maux de tête persistants. Découvrant qu’il est le dernier survivant du groupe de rescapés, l’ancien pilote, en proie à la paranoïa, abandonne soudainement femme et enfant sans vraiment donner d’explications. Pendant ce temps, le capitaine Owen Crawford (Joel Gretsch), militaire sans morale ni scrupule, découvre un artefact extraterrestre sur le site du crash de Roswell et s’empare de la direction du département OVNI de l’US Air Force. Non loin de là, au Texas, Sally Clarke (Catherine Dent), une mère seule, succombe au charme d’un étranger (Eric Close) qui n’est pas exactement ce qu’il prétend être.

1958 - Ayant finalement compris qu’il était périodiquement victime d’enlèvements, Russell Keys revient chez lui pour prévenir son fils, Jesse (James Kirk) et l’empêcher de subir le même sort. Mais il est déjà trop tard, Jesse a déjà été " contacté ". Au cœur de la zone 51, les équipes du colonel Owen Crawford buttent encore et toujours sur la technologie du vaisseau alien. Persuadé que Jacob (Anton Yelchin), le fils de Sally Clarke, est une clé de ce puzzle, Owen Crawford se rend à Lubbock, au Texas et découvre un enfant aux pouvoirs terrifiants.

1962 - La crise de Cuba commence, mettant à vif les nerfs des militaires américains. Le projet UFO, qui n’avance pas d’un pouce, est sur le point d’être abandonné. C’est alors que Russell et Jesse Keys contactent le colonel Owen Crawford. Ils affirment être porteurs d’un implant de technologie alien.

1970 - Alors que le colonel Owen Crawford vient d’être envoyé à la retraite, ses deux fils, Eric et Sam empruntent des directions opposées. Tandis qu’Eric (Andy Powers) décide de suivre les traces de son père, Sam (Ryan Merriman) part en Alaska où des vestiges d’origines inconnues viennent d’être mis à jour. Parallèlement, Jesse Keys (Desmond Harrigton), revenu du Vietnam accroc à l’héroïne, est persuadé que des êtres de lumière lui ont sauvé la vie à plusieurs reprises

1980 - Après 20 ans passé loin de sa famille, Jacob (Chad Donella) se rend au chevet de sa mère mourante et partage le secret de ses origines avec son frère, Tom (Ryan Hurst). De son côté, Eric Crawford, devenu, comme son père, responsable du département OVNIS, reprend, avec le Dr. Chet Wakeman (Matt Frewer), les investigations sur Jacob et Jesse.

1992 - Abandonné suite aux évènements de 1980, le projet UFO renaît de ses cendres lorsque l’US Air Force se fait dérober des éléments de sa panoplie Star Wars en orbite terrestre. Jesse Keys et Jacob Clarke morts, Eric Crawford et Chet Wakeman s’intéressent désormais à leur progéniture : Charlie (Adam Kaufman) et Lisa (Emily Bergl).

1993 - Tandis que Lisa met au monde une petite fille d’un père inconnu, Eric Crawford recrute sa fille, Mary (Heather donahue), dans son organisation.

Agée de 9 ans, la petite Allie est toujours sous la surveillance étroite du gouvernement. Eric Crawford est encore à la tête du projet mais c'est sa fille qui dirige activement les opérations avec son amant, le Dr Wakeman. Ils bénéficient aujourd'hui d'une avancée technologique qui leur permet de localiser les fréquences des implants et retrouver, dans le même temps, la personne qui le porte. Wakeman explique à Eric que la fréquence de la spirale neuronale qui est dans le cerveau d'Allie - son héritage extraterrestre - peut être bloqué ; ce qui leur permettrait de kidnapper l'enfant à l'insu des petits hommes gris... Lisa suit une thérapie de groupe de personnes ayant été les victimes des aliens. Elle y fait la connaissance de Charlie venus chercher des preuves, des explications. Tous les deux ont l'étrange impression de se connaître...

Attaquée par l'armée, la soucoupe volante s'est écrasée.  Mary profite de la confusion qui règne pour échapper à la surveillance des soldats et entrer dans le vaisseau. Le pouvoir des extraterrestres la confronte à  Owen, son grand-père qu'elle admire tant ! Bien que décédé, celui-ci lui apparaît à partir d'images provenant de son esprit à elle... Une équipe armée s'apprête à monter à bord du vaisseau. Pour les accueillir, apparaît la maman d'un des soldats qui leur propose des gâteaux...  Charlie et  Lisa approchent de la cabane où Allie est retenue prisonnière. Connectée à sa propre fille, Lisa est au bord du malaise. Elle ne comprend pas ce qui lui arrive. Le Dr Wakeman constate en effet que l'activité cérébrale de la petite fille est très élevée. Elle semble travailler sur quelque chose, mais quoi ?

Charlie,  Lisa et  Allie sont toujours en fuite. John a rétabli le contact avec la famille Clarke pour ramener la petite avec lui. Allie sait que les choses doivent se finir ainsi mais elle refuse de quitter sa famille. Sa mère n'est d'ailleurs pas prête de la laisser partir. John leur explique que les extraterrestres sont venus sur Terre pour étudier l'humanité. Jusqu'alors étrangers aux concepts du Bien et du Mal, aux émotions contradictoires qui assaillent les humains, John a découvert, en rencontrant Sally, qu'il avait en lui ces prédispositions en latence dans son cerveau. Les recherches effectuées depuis des années leur ont été nécessaires, tout comme ils ont besoin d'Allie aujourd'hui pour résoudre la partie manquante de l'équation qui leur permettra de faire un pas dans l'évolution... Mary et  Wakeman pistent Allie grâce au signal qu'elle émet malgré elle... Lisa prend contact avec son oncle Tom pour qu'il les aide à se cacher...