Tobie vit une enfance insouciante et heureuse dans les Cimes, quand lui et sa famille sont condamnés à l’exil, parce que son père, Sim Lolness, refuse de livrer le secret de son invention géniale : Balaïna. Brutalement, Tobie perd tout : sa vie, sa maison, et surtout son meilleur ami, Léo Blue.

Arrivé dans les Basses Branches, région de l’Arbre réputée sauvage et hostile, Tobie découvre une nature magnifique, où il se sent chez lui. Il rencontre une jeune fille de son âge, Elisha, qui devient sa très grande amie.

En remontant dans les Cimes, Tobie et ses parents tombent dans un piège de Jo Mitch. Sim Lolness sauve le secret de Balaïna en le confiant à son fils, et en aidant celui-ci à s’échapper.

Tobie se retrouve seul, sans ami, sans famille, traqué par tout son peuple. Mais le destin de l’Arbre est entre ses mains, et Tobie doit le mettre en sécurité, dans les Basses Branches.

Tobie est fait prisonnier et enfermé au Cratère, à la merci d’un chefaillon aussi cruel que stupide : WC Rolok. Il trouve le moyen de s’évader, mais il reste au Cratère pour sauver le bouc émissaire des hommes de Jo Mitch, qui n’est autre que Mano Asseldor.

Tobie et Mano fuient vers les Basses Branches. En aidant Mano à surmonter sa peur, Tobie parvient à surmonter sa propre terreur de tous les malheurs qui lui sont tombés dessus. Il ramène Mano chez les siens, et retrouve Elisha.

Les hommes de Jo Mitch fouillent les Basses Branches et Tobie doit vivre caché, partageant ce secret seulement avec Elisha. Mais les hommes se rapprochent. Ils sont sur le point de le trouver quand la neige tombe, emmurant Tobie dans sa cachette.

Tobie et Elisha préparent le casse du siècle pour pénétrer dans la prison de Tomble et sauver les parents de Tobie, qui vont être exécutés dans quelques jours.

Tobie parvient à pénétrer dans Tomble, mais il tombe dans un piège. Tobie croit que ses parents sont morts, il voit Elisha, qui tentait de l’aider, précipitée dans le vide. Anéanti, il échappe de justesse à Tigre, le bourreau de Tomble, en se faisant manger par une fauvette à béret.

Tobie atterrit dans la Prairie et rencontre les habitants des Herbes, les « Pelés », qui lui faisaient tellement peur et qui sont, au contraire, si rassurants. Persécuté, anéanti, il les convainc de le laisser vivre avec eux.

Tobie devient peu à peu Petit Arbre et se construit une nouvelle vie. Mais l’Arbre descend dans la Prairie et vient le chercher, en la personne de Lou Tann, qui lui révèle que ses parents sont toujours vivants, prisonniers au Cratère.

De retour dans l’Arbre, Tobie apprend qu’Elisha a survécu à sa chute ! Mais il découvre aussi le trafic des Pelés. Jo Mitch a pris le pouvoir et, seul, Tobie n’est pas de taille à lutter. Il a besoin d’un allié.

Tobie va trouver le bûcheron Nils Amen, qui l’a aidé pendant sa fuite… mais celui-ci est en train de collaborer avec Jo Mitch ! En vérité Nils Amen joue double jeu, pour protéger des persécutés. Tobie et Nils se reconnaissent et s’allient.

Tobie se construit une couverture : il apprend le métier de bûcheron, ce qui lui permet de circuler librement dans l’Arbre.

Il s’en sert pour approcher incognito le Cratère, afin de préparer l’évasion de ses parents et de ses amis des Herbes.

Tobie retrouve ses amis des Herbes, et le plan d’évasion est prêt. Mais désormais, le Cratère est séparé en deux par une infranchissable barrière, et ses parents sont dans l'autre camp.

Tobie est démasqué et doit accélérer son plan. Il parvient à s’évader du Cratère avec les Pelés, mais ses parents échouent de leur côté.

Tobie conduit les gens des Herbes en sécurité, dans une maison cachée de Nils Amen. Il apprend qu’Elisha va se fiancer avec Léo Blue…

Tobie fonce dans les Basses Branches, pour rejoindre Elisha. Il affronte Léo dans un duel terrifiant. Elisha a des choses à leur révéler.

Tobie remonte dans l’Arbre pour innocenter Nils Amen, que son peuple de bûcherons accuse de trahison.

Tobie rallie les bûcherons à sa cause et ensemble, ils marchent vers le Cratère.

Jo Mitch et Tigre se sont échappés avec Sim et Maïa, les parents de Tobie. Tout le monde dans l’Arbre les recherche. Tobie et Elisha retrouvent leur piste, qui les mène dans les cimes de l’Arbre.

Tobie rallie le peuple des Cimes à sa cause, Jo Mitch et Tigre se retranchent dans un œuf, avec Sim et Maïa en otage. Léo sauve Sim, et Jo Mitch est précipité dans le vide.

Tobie affronte Tigre puis, avec Elisha et Léo, il descend dans la Prairie. Jo Mitch a survécu et il a allumé un feu qui devient vite incontrôlable.

Tobie conduit un groupe de volontaires à travers l’incendie, pour une ultime tentative.