Dopo mesi di prigionia e tortura a Manticore, Max finge di essere stata piegata, solo per mettere in pratica il suo piano di fuga. Zack non è morto, ma tenuto in vita artificialmente per effettuare degli esperimenti su di lui. Grazie all'aiuto di Joshua, un incrocio tra uomo e cane, Max riesce a fuggire ma in realtà è solo un piano di Madame X per eliminare il nemico numero uno di Manticore: Solo Occhi.

Manticore, o quello che ne resta, mette in atto un segnale satellitare per raggruppare i soldati dispersi per poi massacrarli all'arrivo nella zona prestabilita. Max, aiutato di malavoglia da Alec, si occupa di un gruppo di transgenici che non sanno cosa fare di loro stessi. Purtroppo viene catturata e tocca agli X6 e ad Alec trarla in salvo da Ames White, l'uomo incaricato di sterminare la progenie 'X' e tutti i transgenici che erano tenuti rinchiusi nei sotterranei. Tuttavia White non è quello che sembra essere, ma qualcosa di ancora più pericoloso.

Max e Logan sono alla ricerca di Joshua che sta vagando le strade di Seattle in cerca di 'Padre', l'uomo che lo ha creato. Nel frattempo, Alec usa i suoi poteri per guadagnarsi da vivere con degli incontri di lotta clandestini ma viene catturato da White che lo costringe a uccidere tre transgenici in cambio della sua vita. Per salvarlo, Max è costretta a rinunciare a una probabile cura per il virus.

Max e Logan devono mettere da parte i loro problemi d'amore per indagare su una possibile arma biologica messa a punto per uccidere tutti i transgenici.

Durane la notte di Halloween, Max si ritrova in un mondo surreale dove i 'freaks' scappati da Manticore possono camminare tranquillamente per strada senza destare i sospetti di nessuno. Dopo aver accettato un appuntamento con un collega di lavoro, si ritrova coinvolta in una grottesca caccia al tesoro dove il premio è in realtà il corpo di un transgenico la cui testa, parlante, è rimasta nelle sue mani e in quelle di Joshua.

Max è seccata dalla presenza di Alec alla Jam Pony, dove è diventato il cocco di Normal. Inoltre è preoccupata dal comportamento di Joshua che è decisamente strano. La polizia sta dando la caccia a un uomo-bestia accusato di aver aggredito un poliziotto, il quale ha dato una completa descrizione della 'creatura'. Logan e Alec cercano di trovare Joshua, convinti che sia lui il colpevole, solo per essere intrappolati nelle fogne da qualcos'altro...

Max scopre che Zack è scappato da Manticore e che gli sono stati impiantati una serie di organi cibernetici per sostituire quelli che hanno prelevato. Parte del suo cervello è stato danneggiato e quindi non riesce a riconoscere Max immediatamente. Dopo averlo salvato dai suoi 'padroni', una gang di trafficanti, Max cerca di aiutare suo fratello a rifarsi una vita. Tuttavia, come sottolinea Alec, i sentimenti di Zack per Max sono tutt'altro che fraterni e la sua gelosia nei confronti di Logan attiva un programma per assassinare Solo Occhi che Manticore gli ha installato durante i mesi di prigionia.

Logan si sta occupando di un caso di rapimento che coinvolge un bambino e scopre che il padre della vittima è nientemeno che Ames White, ma la moglie ha agito alle sue spalle contattando Solo Occhi. Max è restia ad aiutare White, ma Logan riesce a farle capire che il bambino non ha niente a che fare col padre. Nel frattempo Joshua scopre un prorompente amore per la pittura che Alec mette subito a buon frutto. Purtroppo le ricerche di Max sul virus finiscono nell'opera n° 2 di Joshua.

Il gruppo militante di cui fa parte Ahsa viene arrestato e Max è convinta che sia opera di un transgenico creato per le operazioni strategiche militari. In realtà Brain sta cercando di aiutare Max ed è convinto che a tradire Asha sia stato in realtà una spia all'interno del gruppo.

Alec è tormentato dai fantasmi del suo passato come operativo di Manticore. A confonderlo ulteriormente arrivano una serie di telefonate anonime dove c'è soltanto della musica suonata al pianoforte. Max scopre che Alec è nei guai e che c'è qualcuno che è in cerca di vendetta.

Max e Logan scoprono una cura per il retrovirus, ma purtroppo dura soltanto 24 ore. I due innamorati organizzano una serata romantica tutta per loro che però è guastata dall'arrivo di Joshua che informa Max di una 'creatura' di Manticore che sta facendo vittime tra la popolazione.

Max viene ferita da un colpo di arma da fuoco e ricoverata in ospedale. Le cose sembrano andare per il meglio, grazie all'intervento del dottore amico di Logan, sfortunatamente un campione del sangue di Max sfugge al suo controllo e il CDC (centro per il controllo delle malattie) interviene in massa per studiare il suo 'caso'. L'ospedale viene posto sotto quarantena e Logan cerca di guidare Max durante la sua fuga aiutandola con indicazioni dall'esterno, prima che White arrivi sul posto.

Alec è impegnato con i suoi soliti traffici e chiede a Joshua di consegnare i pacchi al posto suo. Nel frattempo Max se la deve vedere con un X5 intenzionato a costruirsi un suo esercito privato, procurandosi adepti facendogli bere il suo sangue.

Una transgenica potenziata con poteri ipnotici prende di mira Logan, Max e Alec per attuare il suo piano che prevede una grossa vincita di denaro e la fuga con il suo uomo, che tra le altre cose è un contabile della mafia.

Max e Logan riescono a rintracciare Ray, il figlio di White, in una piccola città dove la Setta di Ames ha una scuola privata. In realtà all'interno del collegio, il bambino sta per prendere parte a una cerimonia di iniziazione che potrebbe costargli la vita. Mentre cerca di salvarlo, Max viene sottoposta alla stessa prova per sbaglio, ma su di lei non ha alcun effetto. Nel frattempo Alec e Original Cindy cercano di sabotare il lavoro di Sketchy che è stato assunto come reporter per una rivista scandalistica che si occupa dei 'freaks' di Manticore.

Un incidente tra Max e Logan rischia di uccidere quest'ultimo. Max chiede ad Alec di donare il suo sangue per l'uomo che ama, ma purtroppo Alec viene arrestato mentre si trova sulla strada per l'ospedale. Accusato di un omicidio irrisolto, viene riconosciuto in un confronto visivo da un testimone, ma in realtà il vero assassino è Ben, il clone ucciso da Max l'anno precedente. Joshua fa la conoscenza di una vicina di casa non vedente e la invita a cena a casa sua. Max decide che la sua relazione con Logan è troppo pericolosa per lui e gli dice addio per sempre.

Max è costretta a rivolgersi a Logan per aiuto quando Joshua e la sua amica non vedente rimangono intrappolati nelle fogne a causa di un gruppo di vandali. La polizia accorre sul posto, convinta che Joshua abbia rapito la donna e si prepara a una vera e propria caccia. Nel frattempo White continua a informare la stampa, scatenando il panico tra la popolazione. Max e Alec riescono a portare Joshua in salvo, ma la sua amica viene uccisa da Ames per fomentare l'odio del pubblico.

Max cerca di mantenere la calma mentre il suo mondo le trema sotto i piedi: Normal e Sketchy sono impegnati in una propaganda anti-trasgenici, la nostalgia di Logan si fa sempre più pesante, inoltre lui è convinto che abbia una storia con Alec, Joshua, ancora amareggiato per la sua amica, decide di lasciare la casa e andare a vivere a Terminal City, la zona della città dove si stanno radunando tutti i transgenici. Nel frattempo White, in cerca di Max, trova Sam, il suo clone e rapisce la sua famiglia per costringerla a catturare Max. Solo Occhi viene scoperto e Logan è costretto ad abbandonare il suo appartamento.

Max comincia a mostrare degli strani segni sul corpo che potrebbero essere un linguaggio antico. Logan si è trasferito nella casa abbandonata da Joshua e cerca di rimettere insieme il bollettino di Solo Occhi. Max e Alec si sono uniti agli altri transgenici a Terminal City e organizzano raid di salvataggio quando la polizia da la caccia a qualche 'freak'. Alec viene a sapere della bugia che Max ha raccontato a Logan su di loro, ma capisce le motivazioni della sua amica e decide di coprirla.

Una situazione imprevista costringe Alec, Joshua e altri transgenici a rifugiarsi alla Jam Pony e prendere in ostaggio le persone che si trovano all'interno. Max riesce a entrare e cerca di organizzare una difesa. White tenta di scatenare un bagno di sangue per istigare ulteriormente l'odio del popolo. Alla fine, Max e gli altri, compreso Logan, si rifugiano a Terminal City dove issano la bandiera dipinta da Joshua, dichiarando che non intendono più fuggire e nascondersi nell'ombra.