Max resiste los poderosos ataques de reprogramación en Manticore, y planea su escape del laboratorio. Allí conoce a Alec, un clon de su antiguo amigo Ben, que murió en batalla. Ella es ayudada en su fuga por la apacible bestia Joshua, una creación de Manticore de humano y ADN animal, que fue mantenido el secreto de la gente común de la organización. Mientras tanto, la obsesión de Logan con destruir Manticore esta siendo lo único en su mente.

White esta ordenando matar a todos los X que escaparon de Manticore. Max los protege y los mantiene a salvo pero al escapar los X, Max es capturada, y Alec y los muchachos irán a rescatar a Max como agradecimiento por haberlos salvado.

Alec dice a Max acerca de su posición como el campeón de un club subterráneo de peleas. Pero su posición de celebridad amenaza la seguridad de todos los fugitivos de Manticore cuando White, un afiliado del gobierno, comienza buscar el paradero de Alec.

Max, Logan y Asha (amiga y ayudante de Logan) tratan de encontrar el origen del virus que Max tiene, pero después de que Asha sea arrestada, Max decide que Logan estaría mejor sin ella.

En la noche de Halloween, Max debe tratar con un estorbo, cuya cabeza ha separado de su cuerpo, el cual huyo. Mientras, las criaturas de Manticore vagan por las calles de Seattle sin miedo.

Max investiga una serie de brutales ataques en un sector policial, solo para encontrar que todas las evidencias apuntan a Joshua.

Cuando Alec se da cuenta que una criatura transgénica que necesita estar bajo el agua ha sido expuesta, el y Max deben mantenerla lejos de White y devolverla al océano donde ella pertenece.

Logan llega a estar peligrosamente implicado en una búsqueda de mujer para encontrar a su hijo raptado, cuyo peligro dirige a Max a un secreto espantoso acerca de Ames White. Mientras tanto, Joshua descubre su talento para pintar.

Un transgénico llamado Brain hace un gran sacrificio para proteger a Max después de que él la haya usado para descubrir quien se transformo en Asha.

Alec recuerda una misión que fue mal en Manticore y perdió a su verdadero amor, pero su inusual comportamiento conduce a Max a una mala conclusión.

Max descubre una cura de 12 horas para el virus que separa a ella y a Logan, pero Manticore interfiere con ellos cuando Joshua les informa de que una criatura esta matando gente.

Una bala hace que Max tenga que ir al hospital, donde los doctores la ponen en cuarentena después de unos tests médicos que muestran su extraordinaria biología.

Max sigue la pista de una banda de transgénicos que iban causando problemas, solo para descubrir que sus falsos códigos son un tributo de un maestro transgénico con un mesías que parece acoger a sus discípulos humanos.

Max y la pandilla son cogidos por sorpresa cuando un transgénico hipnótico usa un caso de "Solo Ojos" para su propio beneficio.

Max y Logan investigan a Ray (hijo de White) hasta una ilidílica ciudad, donde ellos guardan información sobre sus familiares, la alternativa de Ames White es dar culto a los seres genéticos de Manticore.

Cuando ella toca a Logan, el virus que parecía inactivo vuelve a activarse y infecta a Logan, ella decide que debe sacarlo de su vida por su propia seguridad.

Max entrega Alec un certificado de nacimiento falso que revela que él tuvo un gemelo. Esto hace que Alec no sea acusado y demuestra que su "hermano" habría cometido el asesinato. En la televisión, un ministro predica contra los transgénicos, reclamando que ellos no son humanos porque ellos no fueron creados por Dios. Logan interrumpe su sermón con una transmisión de "Sólo Ojos" y eso defiende a los transgénicos.

Max llega a ser la presa de su clon, y lucha para permanecer un paso adelante de la amenaza mientras trata de hacer desaparecer su relación con Logan.

Max imprudentemente confía en un pariente de White al tratar de dirigir la resistencia transgénica.

Una crisis se produce en Jam Pony, con rehenes incluidos, que fuerza a Max a descubrir su verdadera identidad y a tratar de defender a los de su especie de ser destruidos.