Max újra a Manticore foglya, ezúttal azonban már az első pillanattól fogva a szökést tervezi, hogy ismét karjaiba zárhassa Logant. Nem is sejti azonban, hogy érintése végzetes lehet a férfi számára, a Manticore ugyanis egy speciális vírus hordozójává tette, amely csak Loganre halálos. Közben tenyészpárt is kap, Alecet, aki úgy tűnik, hogy segíthet neki az angolos távozásban. A szökés során Max megismerkedik a kutyaszerű Joshua-val, aki Sandemannek, a Manticore alapítójának első teremtménye. Eközben Logan még három hónap elteltével sem adja fel a reményt és minden eszközzel igyekszik leleplezni a Manticore-t, amiben az S1W nevű mozgalom oszlopos tagja, Asha segíti. Max és Logan csak az első csók után tudják meg a kettős játékot űző Alectől, hogy ellenszer nélkül a férfi életét veszti. Max így kénytelen visszatérni a Manticore-ba, melyet a leleplezéstől tartó Renfro lángba borított. Max végül nemcsak az antiszérumot szerzi meg, de a Manticore valamennyi lakóját is kiszabadítja.

A kormány egy különleges ügynököt, Ames White-ot küldi a Manticore nyomainak eltüntetésére, és teremtményeinek likvidálására. Max felelősnek érezvén magát "családjáért", a segítségükre siet. Közben kiderül, hogy Max az X-szériások között is egyedülálló: DNS-e egyetlen selejtes génpárt sem tartalmaz, de hogy ez mit jelent, egyelőre még ő sem sejti.

Alec White fogságába esik, életéért cserébe meg kell ölnie három másik Manticore-ost. Egyik célpontja Joshua lesz, a másik Max, végül azonban pont ők ketten segítenek neki megszabadulni White-tól. Ennek ára azonban, hogy a vírust továbbra sem sikerül semlegesíteni: Max és Logan így továbbra sem érinthetik meg egymást. Ezalatt a Manticore múltját kutató Lydecker egy titokzatos szekta nyomaira bukkan, majd nem sokkal később nyomtalanul eltűnik.

Egy rejtélyes vírus szedi áldozatait Seattle kínai negyedében. Mivel ezalatt a Manticore egy szörnyszülötte is feltűnik a helyszín közelében, ezért a pánikra hajlamos lakosság őt teszi felelőssé a halálesetekért. Max és Logan azonban kiderítik, hogy a fertőzés hátterében White áll, aki így akarja megszabadítani a várost a mutánsoktól. Joshua pedig Sandeman elhagyott otthonában talál magának búvóhelyet.

Halloween ünnepén mindenki maszkot visel. Joshua ezt látva úgy hiszi, ez az este ideális a számára, hogy kimozduljon otthonról, anélkül, hogy mindenki megijedne kutyaszerű külsejétől. Max azonban ellenzi az ötletet, ezért Joshua beleegyezik abba, hogy otthon marad. Max viszont végre lazítani akar és bulizni készül.

Egy kutyaszerű teremtmény szedi áldozatait a szektorrendőrök közül. Minden bizonyíték Joshua ellen mutat, és a rendőrség le is tartóztatja. Max azonban kizártnak tartja, hogy jámbor barátja gyilkolni tudna, ezért kiszabadítja őt és együtt indulnak a gyilkos után. Alec ezalatt Jam Pony-s állását kihasználva szteroidokat árul a feketepiacon, ezt azonban a helyi bűnözők nem nézik jó szemmel.

Max úgy tudja, hogy Zack véget vetett életének, hogy megmentse őt, ezért sokkolva nézi a Logantől kapott felvételt, amin bátyja látható, miközben egy ismert bűnbanda tagjaival kifoszt egy üzletet. Kisvártatva kiderül, hogy Zack nem emlékszik múltjára, a Manticore átprogramozta őt, hogy végezzen A szempárral.

Egy sellő akad a halászok hálójába, akik egy night clubnak adják el a lányt. A szokatlan teremtmény természetesen a Manticore szülötte, ezért White is feni rá a fogát. Max és Alec a lány segítségére sietnek. Hamarosan kiderül azonban, hogy nem csak ők akarják a sellőt megmenteni és ez nem kis bonyodalmakhoz vezet.

Egy kétségbeesett nő A szempár segítségét kéri, hat éves kisfiát ugyanis elrabolták. Logan és Max a nyomozás során azzal szembesülnek, hogy a gyermek White fia. A szövetségi ügynök azonban nem tűnik túl motiváltnak a gyermek megtalálásában. Kiderül, hogy a férfi annak a titkos szektának a tagja, aminek Lydecker akadt a nyomára, gyermekét pedig a szekta nevelésére bízta.

A rendőrség bennfentes információk alapján hajtóvadászatot indít az S1W tagjai ellen. Max és Logan azt gyanítják, hogy a kékruhásokat a Manticore egy furcsa teremtménye, Brain segíti, aki egy egyszemélyes logisztikai egység.

Max és Alec csomagot kézbesítenek Seattle egyik előkelő családjához, Alec azonban a szokottnál is furcsábban viselkedik. Hamarosan kiderül, hogy Alec korábban a Manticore megbízásából beépült a családba, megbízatása azonban tragédiába torkollott.

Max sikeres ellenszert talál a vírusra, azonban genetikus ismerőse felvilágosítja: a szer csak rövid ideig teszi lehetővé, hogy veszélytelenül érintkezhessen Logannel. Mindeközben a Manticore egy teremtménye emberekre vadászik Seattle utcáin, így a szerelmesek lehet, hogy ezt a rövid időt sem tölthetik el felhőtlenül.

Max lőtt sebet szerez, miközben egy kisgyereket próbál kimenteni a rendőrök és a bűnözők kereszttüzéből. Kórházba kerül, ahol ellátják, de vírusa leleplezi őt White előtt, és a járványügyi hivatal is felfigyel rá.

Agresszív fiatalok egy csoportja garázdálkodik a Seattle-i éjszakában, nyakukon a Manticore jellegzetes vonalkódjával. Max igyekszik őket jó útra téríteni, hamarosan kiderül azonban, hogy a randalírozók nem Max "testvérei", valamilyen módon mégis kapcsolódnak a Manticore-hoz.

Max és Logan egy kisvárosba utaznak, hogy kiszabadítsák White kisfiát a magukat "Ismerősöknek" nevező szekta karmaiból. Az "Ismerősök" azonban épp a gyermek beavatására készülnek, hogy apja nyomdokába léphessen.

Egy majdnem végzetessé váló érintés után Max úgy dönt, hogy megszakít minden kapcsolatot Logannel, Joshua ezzel szemben épp ekkor kezd rátalálni a szerelemre egy vak lány, Annie személyében. Alecet pedig letartóztatják egy még Ben által elkövetett gyilkosság miatt.

Max kénytelen megszegni fogadalmát, hogy elkerüli Logant, amikor Joshuát a génmanipulált-gyűlölők - a rendőrség és a sajtó támogatásával - üldözőbe veszik.

Max úgy dönt, hogy elhagyja Seattle-t, White viszont megtalálja a lány klónját, s megzsarolja: vagy segít neki Max elfogásában, vagy elveszíti családját. Logan menekülni kényszerül, amikor ellenségeinek végre sikerül megtalálni lakását.

Logan Joshua lakásában rendezi be új főhadiszállását. A génmanipuláltak pedig kezdenek berendezkedni Seattle biológiai csapás sújtotta városrészében, mely csak az ő szervezetükre veszélytelen.Max testén pedig rejtélyes módon ősi írásjegyek kezdenek feltűnni.

Max és Alec kénytelenek felfedni igazi mivoltukat a Jam Pony emberei előtt, amikor Joshua és három másik génmanipulált ott keresnek rejtekhelyet a rendőrség és a felhergelt civilek elől. Ostromhelyzet alakul ki, az Ismerősök fő szerve, a Konklávé pedig elit harcosokat küld Max elfogására.