Max gelingt die Flucht aus Manticore, sie ist mit einem Retrovirus infiziert, das für Logan gefährlich werden könnte, wenn sie ihn berührt. Per Videoübertragung verrät sie der Öffentlichkeit den geheimen Standort des Labors. Renfro befiehlt daraufhin die Zerstörung Manticores.

Die Bundesbehörden wollen alle Flüchtlinge, die bei der Vernichtung Manticores entkommen konnten, töten. Max will sie retten und gerät in die Hände des Agenten White...

Max führt Joshua zu Sandemans früherer Residenz. Inzwischen entdeckt Lydecker, eine geheime Begräbnisstätte der Kiloma-Indianer, die auf geheimnisvolle Weise mit Manticore verbunden ist. Alec gerät in Lebensgefahr, als er von White gefasst wird.

Eine mysteriöse Infektion tötet zahlreiche Menschen. Entflohene Mutanten aus Manticore sollen die Epidemie ausgelöst haben. Doch Max entdeckt, dass Cyril einen Wirkstoff entwickelt hat, der gezielt bestimmte Gruppen vernichten kann. Das würde das Ende aller Manticore-Flüchtlinge bedeuten.

Max verbringt ein seltsames Hallween-Fest, mit anderen Mutanten. Sie jagen einen kopflosen Körper, der einen Mordanschlag plant. Albtraum oder Wirklichkeit?

Eine Kreatur die Joshua ähnlich sieht, attackiert, und tötet Polizisten. Max glaubt jedoch, dass hinter den Angriffen Joshuas traumatisierter Bruder steckt. Alec wird bei "Jam Pony" angestellt und gerät in Schwierigkeiten beim Handeln mit illegalen synthetischen Hormonen.

Max totgeglaubter Bruder Zack taucht plötzlich auf. Er lebt bei einer Steelhead-Bande, aus der Max ihn herausholen möchte. Doch Zack ist völlig verändert und nicht mehr der gleiche wie früher.

Fischer finden in ihrem Netz ein Mädchen mit Kiemen. Sie glauben eine Meerjungfrau gefangen zu haben. Doch Max und Alec vermuten, dass sie ein Manticore-Flüchtling ist und wollen sie retten, denn auch Agent White ist hinter ihr her.

Eyes Only will einer Frau helfen, deren Kind entführt wurde. Logan und Max sind entsetzt als sie erfahren, dass es sich um Whites Frau und Kind handelt. Währenddessen entdeckt Alec Joshuas Talent als Maler. Mit ungeahnten Folgen...

Mitglieder der Widerstandsorganisation S-One-W werden festgenommen. Auf der Suche  nach dem Verräter gerät Max an den Jungen Brainiac, der die Zukunft vorhersagen kann. Für Max wird sie tödlich enden.

Alec erinnert sich plötzlich  an einen Auftrag aus seiner Vergangenheit als Manticore-Agent. Er wird verfolgt von Erinnerungen an ein Mädchen, das er liebte und tötete.

Max erhält ein Gegenmittel gegen das Virus in ihr, das Logan bedroht. Es wirkt nur 12 Stunden, die sie mit Logan verbringen will. Doch Joshua bittet sie, ihn bei der Jagd nach einem Monster zu helfen. Die Zeit verrinnt...

Max wird bei einer Schießerei schwer verletzt. Im Krankenhaus findet man in ihrem Blut einige Anomalien. Dadurch kommt Agent White wieder auf ihre Spur. Er setzt eine als Krankenschwester getarnte Killerin auf Max an.

Max stolpert über eine ausgeflippte Bande Jugendlicher, die sie für Manticore-Kids hält. Sie entdeckt, dass sie abhängig sind von ihrem Anführer, der sie mit seinem Blut versorgt.

Nachforschungen führen Logan und Alex zu einer mysteriösen Schule, in der sich Ames Whites Sohn befinden soll. Sie geraten in das Zentrum einer gefährlichen Sekte...

After a near-fatal incident with Logan, Max decides to end their relationship for good. A murder committed by Alec's Manticore twin, Ben, puts him under suspicion and places all of the transgenics in jeopardy...thanks to White and his leakage to the media. Meanwhile, Joshua finds the perfect woman, but can't find the courage to confess his secret.

Max must break her vow to avoid Logan after Joshua's friendship with the blind woman makes him a target of a transgenic manhunt in the sewers. Meanwhile, White leaks news of the human-looking X-5s to the media, leading to a wide-scale attack against the so-called ""monsters"" running amok and to the death of a someone dear to one of the transgenics.

Max's life is placed in more danger than ever before when she is hunted by the one person who knows her better than anyone -- her clone. Though even the existence of this exact replica is news to Max, she quickly realizes the imminent danger from an individual who can get inside her head and infiltrate her life like no one else. Dealing not only with this new threat but also the disintegration of her relationship with Logan and Joshua's disillusionment over not being able to go out in public, Max must race against time to figure out how to stop this deadly enemy before it's too late.

Max begins to develop strange markings on her body while leading a transgenic resistance against White, when he attempts to capture one of her ""brothers"". However, the transgenics are stunned by revealed secrets about their ""father"" that threaten all that they believe and stir up many more questions. Meanwhile, the Terminal City dwellers mount a campaign to battle the humans hunting them down, and Alec learns why Logan has been keeping his distance from his former friends.

Max is forced to expose her true identity to the world, when she must defend her own kind during a potentially deadly hostage situation at Jam Pony, involving Joshua and Alec.