Huit semaines après la confusion provoquée par le départ de Macy et le séjour à l'hôpital de Woody, l'équipe tente de se conformer aux nouvelles règles strictes du médecin légiste en chef, Jack Slokum. Woody est résolu à se venger de l'homme qui l'a laissé pour mort. La relation entre Macy et un jeune psychopathe permet de faire progresser l'enquête et oblige Slokum à collaborer avec son pire ennemi...

Une danseuse de Las Vegas met le feu à un cadavre dans la morgue avant de se défenestrer. Elle laisse derrière elle un précieux indice : une carte du casino Montecito de Las Vegas. Jordan appelle Danny McCoy, le chef de la sécurité du casino, pour résoudre cette énigme. Macy aide un motard à accomplir ses dernières volontés.

Une tempête fait rage à Boston. Depuis des heures, les sauveteurs recherchent trois enfants disparus dans une réserve naturelle qui est, en fait, le site d'une mine abandonnée. Le personnel de la morgue est appelé pour examiner un cadavre découvert dans l'un des puits. Bien que Macy ait ordonné à Jordan, grippée, de rentrer chez elle, elle lui désobéit et se retrouve piégée sous terre.

L'enquête de Jordan sur la mort d'un détenu la mène à remettre en question le système de santé carcéral. En voulant dévoiler au public les atrocités commises dans l'enceinte de la prison, Jordan et Nigel vont devoir affronter une société de santé privée. Lily, en lutte avec les récentes révélations concernant sa mère, canalise sa frustration en aidant la soeur d'un meurtrier à éviter un procès.

Jordan est convaincue par le journaliste J.D. Pollack d'enquêter sur une secte dirigée par un gourou soupçonné d'avoir assassiné son ex-femme et son jeune fils. Woody consulte la nouvelle psychologue de la police en raison de son comportement "agressif". Lily et Bug frôlent la faute professionnelle. Ils prélèvent, en effet, la semence d'une personne décédée à la demande de sa prétendue femme.

Woody et Macy se penchent à nouveau sur une affaire de personne disparue après la découverte d'un corps dans une réserve naturelle. Un ancien étudiant de la victime avoue avoir commis le crime. Convaincu que le suspect ment, Woody entre en conflit avec la psychologue de la police Tallulah Simmons.

Un tueur copiant les crimes d'un autre, terrorise Boston. Woody et Jordan doivent résoudre l'affaire. Pour obtenir des réponses, ils doivent interroger le tueur original. Mais Jordan est mal à l'aise face au comportement familier de cet homme.

Un tueur de policiers est en liberté. Woody se retrouve soudain submergé par ses souvenirs. Il doit à tout prix retrouver le meurtrier. Pendant ce temps, une sombre histoire d'extraterrestres éveille la curiosité de Nigel.

Woody et Macy ne disposent que de très peu de preuves pour faire arrêter un tueur de la mafia. Jordan est appelée sur le lieu d'un accident, mais le corps de la victime a disparu. Cette nouvelle enquête fait ressurgir une affaire déjà jugée.

La carrière du docteur Macy est menacée. En effet, celui-ci s'est fait arrêter en état d'ivresse la veille de sa déposition lors d'un procès très important. Jordan et Woody s'interrogent sur leur relation.

Jordan et Woody enquêtent sur la mort de deux soldats. L'un des deux a été tué en Irak tandis que l'autre a été assassiné à Boston. Le docteur Macy n'approuve pas les fréquentations de sa fille et redoute que celle-ci se drogue.

Le docteur Macy est profondément marqué par la nouvelle affaire sur laquelle il enquête. En effet, en découvrant l'identité du corps retrouvé sur les lieux d'un crime, il comprend vite que sa fille a été impliquée dans une fusillade. Celle-ci a malheureusement disparu. Jordan et Woody la retrouveront-ils avant qu'il ne soit trop tard ?

Une bombe a explosé au passage d'un train à Boston faisant de nombreux morts et blessés. La plupart des victimes sont des écoliers profondément choqués. Le pire est malheureusement à venir car un nouvel engin explosif menace les habitants.

Un violent incendie fait rage et de nombreux pompiers perdent la vie en voulant éteindre le brasier. Après plusieurs heures d'investigation, l'équipe de la morgue découvre l'existence de preuves démontrant une négligence dans la chaîne de commandement. Par ailleurs, Maggie et Macy tentent de convaincre leur fille, Abby, de poursuivre sa cure de désintoxication.

Un père de famille est assassiné et sa fille devient, à son tour, la cible du tueur, réveillant de douloureux souvenirs à Jordan. Par ailleurs, le fils d'une grande et célèbre famille de Boston trouve la mort dans un tragique accident de voiture. Ses proches vont alors mener la vie dure à Macy.

Woody et Lu font équipe afin de retrouver l'assassin d'une jeune fille. Tout laisse à penser que le meurtrier est un schizophrène. Jordan a décidé de recueillir Kayla, la fille d'un malfrat qui s'est fait tuer au cours d'un règlement de compte, le temps que les services sociaux lui trouvent une famille d'accueil.

Un joueur de base-ball professionnel est accusé de viol. Nigel et Bug partent sur la piste de la famille d'un pilote d'avion dont le corps a été retrouvé congelé, cinquante-cinq ans après le crash de son avion. Jordan est jalouse des relations qu'entretiennent Lu et Woody.

Une femme, supposée faire des miracles, est retrouvée morte, cachée sous un tas de pierres. Jordan et Woody enquêtent immédiatement sur cette nouvelle affaire. Par ailleurs, un ancien repris de justice meurt en voulant commettre un cambriolage.

Le docteur Macy fait par hasard une macabre découverte. Jordan et Lu entrent en conflit au sujet du concierge de la morgue, soupçonné d'être lié à une affaire de recel. Lily prépare son mariage.

En se réveillant, Jordan découvre avec effroi le cadavre de J.D. étendu à côté d'elle. Malheureusement, elle ne se souvient absolument pas de ce qui s'est passé la veille. Accusée de meurtre, la jeune femme se tourne vers ses amis afin qu'ils trouvent les preuves nécessaires pour la disculper...