위기의 이슬라 누블라를 탈출했던 다리우스와 친구들. 그로부터 몇 년 후, 다시 공룡들과 함께 지내면서 상실의 슬픔을 치유해 나간다.

무서운 추격전이 벌어지면서 누군가 누블라 식스를 쫓고 있다는 벤의 가설에 무게가 실린다. 하지만 대체 누가 쫓고 있는 걸까? 한편, 다리우스는 텍사스에 가기로 한다.

새미의 목장에서 다시 만나게 된 친구들. 하지만 반가움도 잠시, 뜻밖의 손님들이 훼방을 놓는다. 정체불명의 지도에 브루클린이 암호처럼 적어 놓은 단서는 무엇을 의미하는 걸까?

켄지에게 미리 경고를 해주기 위해 콜로라도로 향한 친구들. 하지만 켄지는 과거의 일 때문에 다리우스에게 냉담하기만 하다. 새미와 벤은 야즈를 찾기 위해 다른 길로 향한다.

먹을 것을 챙기기 위해 '킹 다이노의 선사시대 플레이랜드'에 들른 벤과 새미. 켄지는 아버지와 정면으로 부딪히고, 그런 켄지에게 아버지는 마지막 제안을 한다.

새미와 벤을 반갑게 맞이하는 야즈. 야즈는 보호 구역인 섬을 두 사람에게 구경시켜 주겠다고 나선다. 그런데 여긴 정말 '공룡 청정 구역'인 걸까? 아니면 다른 비밀이 숨어있는 걸까?

DPW에서 해답을 찾으려다 옛 친구를 발견한 벤과 야즈, 새미. 다리우스와 켄지는 브루클린의 전화기에서 충격적인 진실을 발견한다.

안개를 뚫고 트럭을 따라가던 친구들은 공룡이 가득한 창고에 도착한다. 이 거대한 작전을 벌이는 주동자는 누구일까?

혼란과 혼돈 끝에 위태로운 전면전이 벌어진다. 미스터리의 해답에 가까워진 친구들. 하지만 마지막 해답을 풀기 전, 먼저 각자의 목숨을 위해 싸워야 한다.