마법소녀를 동경하는 히이라기 우테나는 어느 날, 수수께끼의 마스코트 베나리타를 만난다. 베나리타의 힘으로 마법소녀로 변신할 수 있게 되었다고 생각한 우테나는 마음이 설레었다. 하지만, 변신 후의 모습은 마법소녀와는 거리가 먼, 악의 조직의 여간부 그 자체였는데?!

엉뚱한 계기로 악의 조직 ′에놀미타′의 여간부가 돼버린 히이라기 우테나. 그녀는 트레스 마지아와의 싸움 속에서 감춰져 있던 S에 각성했고, 새로 배운 플레이를 아주르 일행에게 시험한다. 그리고 그 플레이에 몸부림치는 마법소녀들의 모습을 보고, 베제는 쾌감을 느꼈는데......!

에놀미타의 활동 거점인 '나하트 베이스'에서 우테나가 오기를 기다리고 있던 아라가 키위이자, 레오팔트. 아무래도 그녀는 마법소녀를 싫어해서 마법소녀에게 지고도 실실 웃었던 베제를 적대시하고 있었다. 하지만, 베제의 한마디에 마음을 빼앗기고 말았는데.

트레스 마지아의 활동은 악의 조직 '에놀미타'를 쓰러뜨리는 것뿐 아니라 미디어 활동을 하는 등 다방면에 걸쳐 있었다. 그러던 어느 날, 잡지 촬영을 하던 장소에 언제나처럼 베제와 레오팔트가 나타났다. 거리의 평화를 지키기 위해 세 사람은 배틀에 나섰는데.

다시 베나리타의 호출을 받은 우테나와 키위. 두 사람이 나하트 베이스에 도착해 보니 '에놀미타'에 새로 가입한 모리노 코리스, 빌런 명 네로 앨리스가 있었다. 베나리타는 네로 앨리스의 힘이 어떤 것인지를 우테나와 키위에게 보여주기 위해 트레스 마지아 3인을 유인했는데.

공원에서 혼자서 놀고 있던 코리스에게 말을 건 하루카. 두 사람은 인형으로 소꿉놀이를 할 정도로 친해졌다. 하지만, 하루카카 먼저 집으로 돌아가서 외로움을 느끼던 코리스는 어떤 방법을 생각해 내고 변신했는데.......

요즘 들어 베제와의 싸움에서 전혀 집중하지 못하고 있다고 느끼던 아주르.이대로는 안 된다고 생각해서 기분 전환을 겸 심기일전의 시간을 가졌다. 다시 한번 각오를 굳히고 베제의 앞을 막아선 아주르. 하지만 또다시 베제에서 농락당해 쾌감에 빠져들고 말았는데.

베제 일행은 마법소녀 사냥에서 귀환한 에놀미타의 초기 구성원인 로드 에노르메, 시스터 기간트, 로코 무지카, 루베르 블루메 4인과 대면한다. 함께 세계를 정복하자는 제안을 받은 마지아 베제의 대답은 로드 에노르메를 격노하게 만들었는데.

아이돌이 되는 것을 꿈꾸는 로코 무지카. 그런 그녀가 야외무대에서 열창하고 있을 때 베제 일행이 방해하며 나타났다. 로코는 옆에 있던 루베르와 함께 베제에게 맞서 싸웠지만 서서히 형세가 불리해진다. 그리고 결국 항복한 로코는 베제의 요구에 따르기로 했는데......

로드단에서 탈퇴하고 베제 일행의 동료가 된 로코와 루베르였지만 과거에 마법소녀 사냥에 참가했던 것을 베제에게 트집 잡혀 벌로써 인형의 집에 갇히게 되고 말았다. 그곳에서 탈출하기 위해서는 좀 더 두 사람의 친밀도를 높여야 했는데.

세계정복의 야망을 꿈꾸던 로드 에노르메는 자신에게 맞서고 악의 조직이면서 시민들을 지키려 하는 베제의 행동에 초조함을 감추지 못했다. 한편, 세계 정복에 전혀 흥미가 없는 베제는 로드를 쓰러뜨릴 수단을 모색하는데.

앞선 싸움에서 로드에게 승리했지만 심신이 모두 지쳐버린 우테나. 그 싸움으로 도시는 막대한 피해를 입었고, 마법소녀들이 도시를 수복하고 있었다. 그러던 중, 눈앞에 나타난 아주르의 당당한 모습을 보고 감격한 우테나는 기운을 되찾았는데--!

휴가를 즐기기 위해 바다에 놀러 온 우테나 일행. 그곳에서 하루카 일행 셋과 우연히 만나 사이좋게 여름의 바다를 만끽하고 있었다. 하지만, 키위의 돌발 행동을 계기로 트레스 마지아와 에놀미타가 모두 모인 바다는 순식간에 전장으로 변하는데?! 이번 싸움도 마지아 베제가 우세한 듯 보였지만......?