高遠夜霧是個喜歡打遊戲和睡午覺的高中生。在教育旅行時，搭乘遊覽車移動途中的夜霧和同學們，被突然出現的賢者紫苑召喚到異世界。學生們被紫苑賦予了特殊能力「恩賜(GIFT)」，必須挑戰試煉以成為這世界的高等存在「賢者」。可是，夜霧與壇之浦知千佳等一部分沒得到「恩賜(GIFT)」的學生，被留在正有龍逼近的遊覽車上……。

夜霧與知千佳追著同學們的腳步來到某座城鎮。在鎮上，兩人被看似親切的獸人欺騙，遭到犯罪集團襲擊。夜霧等人利用「秒殺外掛」殺死對方脫困，卻被旁觀的衛兵逮捕。兩人好不容易被釋放後，又有神似知千佳的姊姊的守護靈——壇之浦彭彭突然出現……！？

夜霧等人來到了與日本很相像的城鎮——花房城，並與同班同學橘裕樹重逢。一打完招呼，橘就提議知千佳要不要當他的情人。知千佳在困惑之中拒絕，重逢的場面就此結束。之後某天，知千佳在住宿的飯店裡閒著沒事做。另一方面，彭彭感覺到有人對知千佳懷有敵意……？

正行在花房城放出喪屍。受賢者玲音命令來抹殺夜霧與知千佳的正行，利用停下喪屍作為交換條件，強迫市民為他捕捉夜霧等人。在這情況下，夜霧等人卻自己出現在正行面前？另一方面，在城外觀察情況的玲音，為了確認夜霧的「秒殺能力」擁有多少力量，擬定了新的策略……。

解決了花房城發生的一系列騷動以後，夜霧等人出發前往王都。才剛出發，夜霧就在知千佳駕駛的車中睡著了。睡夢中，他夢見自己幼年時期被稱為AΩ(Alpha Omega)，並被隔離在「獨立行政法人高次生命科學研究所」時所發生的事。之後，一行人乘坐的車闖進龍的棲息地，大量的龍阻擋了去路……？

夜霧與知千佳被捲入了與魔神戰鬥的存在——聖王騎士的選拔試煉。兩人希望盡快前往王都，以高達100層的試煉之塔最下層為目標開始行動。途中，以獵殺參加者為樂的前聖王騎士泰瑞莎阻擋了去路……。之後，夜霧等人抵達安全地帶，稍作休息。可是，這時彭彭身上發生了異狀!?

為了尋找下落不明的妹妹而來到試煉之塔的少女——迪奧多西亞。夜霧與知千佳同意了她尋求協助的請求，一行人前往據說囚禁了迪奧多西亞同胞的地下室。另一方面，在地面上，魔王的眷屬們襲擊了試煉之塔。壓倒性的戰力將剛通過試煉的聖王騎士們逼入絕境。走頭無路的雷尼爾豁出去使用了道歉石……。

事情發生在夜霧的幼年時期……。高遠朝霞就職於「獨立行政法人高次生命科學研究所」，負責照顧與觀察夜霧，與他一起生活。有一天，朝霞請了假，久違地外出。就在這時，以夜霧為目標的「機關」綁架她作為人質。夜霧獨自等待朝霞，但遲遲沒有歸來的跡象，讓他等得不耐煩……。

夜霧與知千佳抵達馬尼王國，跟班上同學們會合。眾人奉國王的命令，前往討伐被封印在魔界的魔神。這時候，出現了幾名早已知道夜霧真實身分的同學……。另一方面，因試煉之塔的事件，賢者葵得知夜霧的恐怖之處，完全喪失了戰意。看到葵這般模樣，紫苑正式開始調查夜霧。

篠崎綾香對拋棄自己的同學們燃起復仇之心。身為人造人的她吸收了龍的能力，獲得壓倒性的力量，將同學一一抹殺，甚至還殺害了妨礙她目的的馬尼國王。同一時間，夜霧感受到不同於篠崎的視線與殺意。為了誘出兇手，夜霧與知千佳一起上街……。

紫苑再次出現在眾賢者候選人面前。她認為再這樣下去，不會產生新的賢者，於是命令賢者候選人們自相殘殺直到剩下最後一人。一部分候選人試圖抵抗這個不講理的命令，可是……。另一方面，夜霧和大衛一同墜落到魔界的第七層，與花川大門重逢。兩人一邊避開從封印中解放的魔神瑪納所發出的攻擊，一邊努力想要返回第六層。

篠崎在與同班同學的壯烈戰鬥中勝出，卻失去了6成肉體。她絞盡最後一絲力量，將身體轉化為龍，再次開始向同學們展開攻擊。另一方面，夜霧等人故意離開「賢者候選人選拔戰」的範圍，引誘出紫苑。他試圖利用「秒殺外掛」，向紫苑探聽回到原本世界的方法。可是紫苑卻遲遲不肯開口……？