Вместе с Джамбой и Пликли Лило и Стич идут в музей — готовиться к участию в чемпионате семейных викторин. Там они натыкаются на существо с иглами, терроризирующее город. Оказывается, это эксперимент № 319. Эффект его игл отключает разум на 99 %. Вследствие этого Стич становится дураком. Пликли практикует метод групповой терапии «ВыНеГ».

Пликли балует Лило вкусностями. Нани же за полезную еду. Лило объявляет голодовку. В поисках решения Стич вытаскивает свою заначку — экспериментальный образец № 062, повара. Еда настолько вкусная, что уже к вечеру Лило, Стич и Пликли становятся настолько толстые, что не могут ходить. Но проблема далеко не в этом…

Лило познакомилась с Викторией. Ганту опрофанился и упустил генетический эксперимент № 355. Он поменял Ганту и Хомяксвиля телами. Лило решает устроить вечеринку. Стич и Лило ловят эксперимент, тот в отместку меняет лило и Стича телами. А затем и Джамбу и Пликли. Как не испортить вечеринку?

Лило, Джамба и Пликли открывают свой отель. Однако в отеле появляется эксперимент № 113. Лило и Стич пытаются исправить его. Шу в услышал разговор Пликли и Лило и уходит от них. Джамба находит способ помочь Шу. Нужно вернуть его.

Мистер Мозес принимает предложение Мёртл — продажа шоколада — по сбору средств на благотворительность. Лило хочет продать шоколада больше Мёртл. Но никто не хочет покупать у неё шоколад. К счастью, Лило и Стич встречают эксперимент № 020. Он помогает распродать шоколад. А потом… и все вещи из дома Пелекай. Нужно прекратить это.

Лило возмущается, что все считают её слишком маленькой. В приюте для собак Лило находит эксперимент № 089 – путешественника во времени. Вместе со Стичем и самим Скипом Лило отправляется на 10 лет вперед, а потом ещё на 10 лет. Ей предстоит пройти через многое.

Лило и Стич устроили беспорядок в доме, за что Нани наказывает её. Мозес отвергает её проект для карнавала. Стич спасает от Ганту образец № 029. Он наделяет неограниченной властью носителя над всеми живыми. Лило решает использовать его в личных целях, но заходит слишком далеко.

Мозеса пригласили выступить в Гонолулу. Подменять его будет мистер Капони. Мёртл, Юкки, Елена и Тереза издеваются над ним и подставляют Лило. Стич и Лило встречают образец, который разыгрывает и прикалывается. Это эксперимент № 133. Лило, в отместку Капони и для укрепления отношений с Мёртл, приносит Пиджея, чтобы тот разыграл Капони.

Лило и Стич отправляются убирать от мусора грот Паджа. Убирая дно грота, Лило заметила генетический экспериментальный образец. Он убирает мусор, грязь, выхлопы. Лило и Стич, решив, что это его призвание, они отпускают его чистить город. Как же они ошибались…; Стич наелся мусора и отравился, и стал недееспособным.

Лило в гостях у Виктории. В окно к ним залетает летучая мышь — «вампир». С появлением Ганту становится ясно, что это очередной генетический эксперимент. Виктория настаивает на его уничтожении. Снути нападает на Стича. В отчаянии Виктория объединяется с Ганту.

Нани встречает одноклассниц. Её с семьёй приглашают на ужин. По городу бродит генетический эксперимент и превращает все вещи и животных в доисторических. Стич ловит образец и приносит его на яхту, тот вырывается на свободу и превращает всех, кроме Нани и Стича, в доисторических существ. Стич должен навести порядок.

Лило и Мёртл спорят о существовании ночных факельщиков. Чтобы доказать Мёртл их существование, Лило предлагает ей прогуляться ночью по каменной тропе Алийа. Лило, Стич, Джамба, Пликли и Мёртл отправляются в путь. В пути они рассказывают страшилки, ловят образец и борются с Ганту.

Лило решает выиграть для Кеони «Velociraptor 3000» на чемпионате мира по скейтбордингу. Но для участия ей мало лет. Лило решает воспользоваться пойманным экспериментом № 316. Лило превращается в Кеони, а затем в участника Джейка Лонга. Лило принимают за Джейка, на руку играет его похищение. Однако всё же образец достаётся Ганту…

В отель «Ночлег без завтрака у Джамба и Пликли» наконец-то приезжают туристы, среди них критик мистер Купер. Лило знакомится с Пенни Прау — приезжим журналистом школьной газеты. В отеле появляется эксперимент № 397, он ссорит всех в отеле и убегает в город. Стичу приходится ловить его одному. Пенни случайно обнаружила антидот.

Нани устраивает благотворительный вечер. Пликли напрашивается на вечер сатириком. Лило и Стич спасают от Ганту эксперимент, он всех оскорбляет. Нани сильно раздражает Хеклер. В порыве гнева Лило отдаёт его Ганту. Однако тот достаёт Хомяксвиля и Ганту отпускает его. Начался благотворительный вечер…

Скоро будут развешены семейные фото выпускников школы танца хула. Лило хочет обручить Дэвида с Нани. Стич и Лило находят эксперимент № 267: он исполняет желания. Благодаря этому Дэвид стал умнейшим человеком мира, но это вовсе не радует его. К несчастью, Ганту похищает образец. Он хочет использовать его в личных целях…

Лило хочет попасть в новую школу хулы для богатых Фьюжн. Ганту преследует эксперимент № 540. Она врёт, что её семья владеет крупнейшей ананасовой компанией на острове. Джамба изобрёл плазматический инглобулятор, для поимки экспериментов. Пликли против его применения: есть шанс уничтожения планеты.

Лило собирает жуков для своего «Жукополиса». Нани сильно раздражает это. Стич хочет есть жуков, но не может. Среди жуков оказывается образец № 128. Он превращает живых существ в жуков. Лило, Стич, Джамба и Пликли оказываются в «Жукополисе». Они должны попасть в старую лабораторию. Нани вызвала дезинфектора.

Стича похищают. Пликли предлагает обратиться за помощью к Ким Пять-с-Плюсом, хотя Лило против, но Пликли все же высылает сообщение. Она уверена в себе. Оказывается, Стича похитил нанятый Хомяксвилем доктор Дракен. Джамба узнаёт в небезызвестном Руфусе образец № 607, способный вызвать временной коллапс Вселенной.

По городу бродит образец № 285. Он заставляет прекратить работу. Так под его влияние попадают Стич, Джамба и Пликли. Лило знакомится с Спинелли, Тиджеем, Винсентом, Гретхен, Гасом и Микки. Они помогают ей ловить образец. Лило и Гретхен обнаружили спутник Хомяксвиля на земной орбите. Нужно его сбить.

Сегодня для Лило печальный день — годовщина гибели её родителей. Сон иногда помогает ей справиться с грустью. Джамба увидел в окне образец № 276. Он проникает в подсознание и превращает сны в кошмары. О нет, он проник в подсознание Лило! Если она проснётся, образец останется там навсегда. Стич, Джамба и Пликли отправляются ловить его.

«Кошки миссис Касагавы»: Лило и Стич помогают миссис Касагаве. Решив помочь в саду, они обнаруживают, что её дом полон генетических экспериментов Джамбы, которых она считает кошками.

«Эйс»: К Джамбе приезжает Мортоголекс Зловредный. Он хочет убедиться в злобности Джамбы. Но на беду Джамбы активировался эксперимент 262...

Experiment #262: Ace | When Jumba is in danger of losing his membership to E.G.O. (Evil Genius Organization) he has to show the leader that his experiments are still evil. But when Experiment 262 is activated and according to the experiment computer it has no evil function, things get worse.

«Глич»: По просьбе Лило Джамба изобрёл автоматизированного заклейщика писем. Однако он втянулся и автоматизировал весь дом. С подачи Слаггера в их дом попал и активировался эксперимент № 223. Он… настраивает технику против его владельца. Лило и Стичу будет нелегко поймать его…

«Упс»: Ганту отдаёт Лило образец № 600. Эксперимент невероятно неуклюжий. Пликли планирует поставить мировой рекорд по раскладке домино.

Experiment #600: Woops | Gantu sends Hamsterveil an unactivated pod whilst Pleakley enters a domino competition. Will Woops get in the way?

Стич так и не смог забыть Ангела и надеется спасти её. Но и Рубен испытывает к ней чувства. Лило решает спасти экспериментальные образцы и собирает помощников, а Носатый шпионит за врагом. Ганту разрабатывает новый план поимки образцов. Из-за неосторожности Пликли активируется образец № 120, который запутывает планы. Казалось бы, он всё испортит, но…

Лило, Стич и Мёртл ищут клад по карте, который им дал случайно встретившийся пират. Во время поисков активируется образец № 251. Он связывает воедино две, абсолютно противоположные личности. Так, Джамба соединяется с Пликли, Нани со Стичем, Лило, Мёртл и Ганту.