圣功年间，大理寺执掌天下刑狱，暗流涌动，神都流传妖猫杀人一说。初到神都寻找哥哥的陈拾偶遇白猫，意外卷入采生折割案，结识了明镜堂众人，虽意外助力破案，却与白猫一同被关入狱中。

陈拾醒来后，白猫已不见踪影，是一名为李饼的男子救了他。陈拾协助破案有功，李饼谎称是大理寺中人并主动承诺帮陈拾一个忙，陈拾便请他帮孤女找到家人。二人上街时发现，陈拾与白猫已然被列为妖猫案疑凶，神都贴满了大理寺下发的海捕文书。大理寺中，迫于压力的上官檎，竟将妖猫案交给了两年间一个正经案子也没破的明镜堂众人，限期三日，拿人结案。

孤女身世引出了三年前妖猫案，大理寺当年竟以妖猫杀人结案实属荒唐，李饼决定将新旧案件都查个明白，还陈拾清白。二人勘察现场时，与金吾将军邱庆之和长史来仲书不期而遇。双方隔桥对峙，李饼却有意回避，似与邱庆之为旧识。

李饼假挟陈拾为人质，为明镜堂指点迷津。明镜堂众人迅速领会并还原了妖猫案手法，向上官檎证明此案实为人为。不料邱庆之以勾结疑犯为借口强行接手了案子，而李饼此时也发现了嫌犯的踪迹。

妖猫案隐藏真相呼之欲出，背后之人似乎位高权重。李饼与嫌犯僵持之际，邱庆之率金吾卫赶至围剿犯人。李饼与陈拾携线索被迫躲进孔明灯升上高空，而热气球上却还有另一位不速之客。

李饼破获妖猫案得圣人召见，被封少卿，重回大理寺掌管明镜堂。深夜，李饼以白猫形态潜入金吾卫寻找线索，被邱庆之打伤，在回府途中被陈拾撞破了身份。陈拾并不在乎他是人是猫，只是关心李饼伤势，并保证为其保密。

陈拾作为李饼的随身书吏留在了大理寺。李饼上任请明镜堂众人述职，却发现王七急功近利、刻意隐瞒了不少小案，李饼大怒。此时，一个未被彻查案件家属——员外郎妹来到大理寺前击鼓鸣冤。李饼命明镜堂众人重新复核此案，根据办案结果再决定几人去留。

李饼根据在金吾卫得到的线索调查，误入胡肆角斗场，得一神秘面具，上面的字似与自己身份之谜有关。明镜堂众人重查员外郎案却迟迟没有进展：证据、证人、证词俱全，员外郎妹却似乎还有隐情。

李饼根据神秘面具得到关键人物信息。复盘员外郎案复核结果时，李饼发现仍有疑点，便亲自带人前往刑部要卷宗重查此案。弄清作案手法后，几人意识到员外郎妹有危险，遂急忙赶回大理寺。

案件刚有眉目，嫌犯却身死狱中，凶手留下信息，而邱庆之似乎也暗中参与。跟随线索追查，一枝花终于现身，城门前，李饼与一枝花大打出手，手握众多秘密的一枝花，有目的地步步紧逼，二人打得不可开交之时，邱庆之赶到了……

一对自称少卿父母的中年夫妻来到大理寺探亲，明镜堂众人发觉二人实为王七父母，于是赶忙拦下，将两人带到了王七暂居的阿里巴巴私宅。李饼进宫面圣，参加圣寿节宫宴，一个带面具的傩戏戏子引起了大家的注意......

大理寺中，王七将错就错，扮少卿携父母夜游；陈拾寻哥考编两手抓，求卦得坎；圣寿节宫中，出演傩戏的神秘面具男子表面游戏，实则与李饼暗暗交手。此时，码头龙王庙突发的命案引起了大家的关注。

码头旁的龙王像中发现一具死状奇特的尸体，明镜堂众人赶往案发现场勘察。此间，众人问案却屡屡碰壁。关键线索被人涂抹，而李饼敏锐地察觉到了掩盖之人，追捕之时，陈拾被其挟持，李饼只好任其逃走，但李饼并未真的丢掉此人踪迹……

王七、孙豹、崔倍和阿里巴巴乔装易容混入货场，却被贼人抓住。危急之时，接应的船只也被砍断缆绳，李饼等人无法前往营救。另一边，办案受挫、心神不宁的陈拾突然收到了陈九的来信，于是决定离开大理寺……

陈拾寻哥遇险却意外得知案件隐情和重要线索，同时，李饼从胡姬处得知了神药的存在。经历一系列波折后，陈拾决定留在大理寺。而上官檎却与父亲起了争执，不欢而散。

李饼带陈拾几经探查，发现死者所服丹药与长生神药的干系，和胡姬的查案动机。明镜堂其余众人根据线索分头调查，发现死者在家中处境说法不一。调查过程中又生新凶案，死者的身份也有所关联……

命案结案后却又出新疑团。琴底的五十散成了让真凶现身的诱饵，案件背后的真相引得众人唏嘘。李饼察觉到，他回归大理寺后一路经手的案子，都隐约有着某种联系。清明，陈拾听闻了煞鬼传说，李饼处处倒霉被大家怀疑和崔倍有关，一向正经的崔倍却也突然变得行踪鬼祟、难以捉摸……

清明当日，明镜堂一行人发现崔倍不见了。原来他怕时运不佳会影响他人进山躲煞。众人愧疚之时，得知崔倍所在的山中进了一名逃犯。而此时，崔倍被困于“灾星”的心结中，未察觉自己身陷限险境……

崔倍头顶乌云散去，终与自己和解。李饼发现胡姬失踪，而现场有邱庆之的痕迹。李饼寻到邱庆之，巧合之下与他合捉了一名逃犯，二人默契十足，不由得想起共同成长的往日时光。大理寺演武考核后，突发新命案，作案手法与斥候相似……

明镜堂众人四处寻访，终于找到了被虐杀的窃贼，所偷之物的失主。审问时，孙豹却和失主大打出手，牵扯出往日恩怨。孙豹对阿里巴巴称要去找人，便独自离开。调查中，金吾卫与刑部纷纷介入，孙豹被刑部带走入狱......众多线索表明，三年前的国战另有隐情。

孙豹越狱却遭到神秘人袭击。李饼暗找邱庆之联手捉凶，二人共同分析此案，国战黄沙峪之谜再被提及。几日后，一首奇怪的童谣在孩童间传开。去集市买盐的陈拾再遇凶案，盐堆中发现一具年轻女尸。

两名妇人相继遭遇杀害，死状相似，而两年前也发生过类似悬案。随着调查的深入，众人发现人口交易的背后藏着更大阴谋，似乎还和神药有关。为找出真相，王七乔装成女子，同李饼一起进入青楼查找线索。

李饼率领明镜堂顺着线索衣物追踪，寻得疑犯。李饼与其对峙中，不慎沾上鲜血化身猫面人身。不料对方反应异常诡异，而屋内帘后，竟有一尊猫头人身的神像。街上那首流传得童谣内容不断被应验，雨夜中，李饼再次潜入金吾卫。

摆脱杀手后，李饼陈拾沿线索来到一艘废船，寻得一系列死囚名牌。李饼沿线索回到自家老宅，发现一纸留书，上有关键信息，分析之时，邱庆之闯来阻拦，同一时间，明镜堂众人也被来仲书带人围住。年少旧情与今日立场交织，大理寺金吾卫两相对峙……

关键人物信息不断出现，三年前李府遇刺的真相眼看着浮出水面，此时，当年的凶手黑罗刹突然现身李宅，欲射杀李饼，邱庆之及时赶到替李饼挡箭。凶手刻意留下线索，曾经被救之人再度被卷入此案。

一案未破，一案又起，黑罗刹刻意留下线索，连环杀人，曾经被救之人连连遇险，明镜堂众人屡遭打击。最新信息指向员外郎妹，孙豹陈拾负责看护，王七则假扮员外郎妹，诱黑罗刹上钩。诱敌还未成，不想孙豹带来消息，陈拾失踪了。同时，另一边被上官琏带走的上官檎，也发现了父亲不可告人的秘密……

阿里巴巴潜入上官府帮上官檎脱身，胡四暗中协助，前往护送，不料半路遇袭…...李饼根据血迹找到陈拾所在之处，与黑罗刹正面交锋，背后神秘势力被牵扯出来，李饼也得知了父死真相。此次查案兴师动众，圣上不满，李饼被停职，来仲书担任大理寺少卿。

李饼被剥夺处事之权，来仲书入主大理寺成为新少卿。陈拾因黑罗刹之事意志消沉。明镜堂众人不平，报复来仲书泄愤。来仲书以此刁难，李饼被迫将明镜堂众人连陈拾全部逐出大理寺。陈拾等人离开神都，神秘图案线索再度出现……

皇宫出现“妖猫”，圣人震怒，责令来仲书查明，并有意召李饼重回大理寺，来仲书感受到危机，下令暗杀明镜堂众人，并偷走邱庆之的信物，私闯秘地寻求神秘靠山。明镜堂等人分头配合行动，找寻陈拾哥留下的信，期间一枝花意外现身。来仲书携密令将李饼囚禁，逼迫李饼现出猫身……

李饼死里逃生，以猫身被明镜堂几人救下。众人躲藏在破庙中，看到李饼的猫身，此前诸多疑惑解开。李饼因中邱庆之的箭倒下，昏迷中，他不断回想着与邱庆之共度的年少时光。

金吾卫探子来袭，明镜堂众人发现全员被通缉，只得立即转移，寻得喜轿铺藏身。为查明同党，李饼救下险些被灭口的上官琏，得知了国战真相和父亲的死因。为找一枝花，解开国战谜团，明镜堂全员出动，共寻真相。

王七等四人永安阁寻遗宝被发现，除了孙豹全员被抓；李饼引蛇出洞，一枝花落入陈拾设好的陷阱，两人身份秘密解开时，邱庆之带永安阁赶来。明镜堂全员和一枝花均被永安阁控制，而三年前国战中，邱庆之与一枝花的故事也浮出水面。

明镜堂众人临刑被救，出逃时，他们发现此处就是当初囚禁一枝花与杜子虚的死牢。众人在死牢中寻找出路，发现李饼也被囚在此。由于被一枝花刺激，李饼猫化撇下众人逃出，却在山野村中，被村民指为妖怪。神都，邱庆之面圣，逼迫圣上举行祥瑞大典，令永安阁诸老出山……

众人乘孔明灯飞回神都，藏身废弃戏场。李饼找邱庆之夺回匕首，其余人则扮做永安阁元老入宫保护圣上。众人依计行事，孰料李饼当街拦下邱庆之时异变陡生，两人遭遇埋伏，邱庆之反救下李饼，要他入宫护驾。永安阁老率兵逼圣起驾，李饼临危受命，彻查永安阁三年前国战一案。模糊的身世、家仇、悬案，在李饼、邱庆之与一枝花的对峙中渐渐清晰……

李饼与虎豹二人暂时降服了一枝花，来仲书突然现身，明镜堂众人与一枝花均被永安阁所擒，只余陈拾一人面对天罗地网。危机之下，陈拾携众百姓前往牢城营营救……