La Miaka estudia a l'institut amb en Tamahome al seu costat, i tot li va d'allò més bé. Però ara, un individu misteriós ha robat el llibre dels quatre Déus. Tots dos viatgen a Morioka a visitar la tomba de la primera sacerdotessa del llibre, i el món del llibre xucla en Tamahome, que s'hi torna a trobar a dins, a dues generacions de distància de la batalla que va salvar el país. Una noia misteriosa, la Kaen, li diu que, en realitat, ell és en Nakago.

En Tamahome no es vol creure que ell en realitat sigui en Nakago, però diverses experiències sembla que l'hi confirmen. Darrere el rostre de la Kaen, però, hi apareix el d'un individu que és al servei de Tenkou, un bruixot i dimoni que vol dominar els dos móns. En Tasuki i en Chichiri responen a la crida per salvar en Tamahome i el món del llibre. La Yui ara és la nova sacerdotessa de Genbu i per derrotar Tenkou caldrà molta ajuda.

En Tenkou ha aparegut davant dels guardians i vol forçar la Yui a fer servir els seus poders de sacerdotessa de Genbu per convertir-lo en un Déu. En Tenkou també espera que aparegui la Miaka perquè necessita el seu shinzaho per conjurar la presència de Genbu. Uns herois inesperats ajuden en el combat per derrotar Tenkou i salvar la Yui. Un cop conjurada la presència de Genbu, el preu per restaurar la continuïtat temporal dels dos móns, però, pot ser la felicitat de la Miaka i en Tamahome...

Life in high school has become a normal routine for Miaka. Tamahome, now known as Taka, attends a local college and the couple is happy. However the new transfer student in Miaka's class is familiar with the Universe of the Four Gods, and plots for their demise. Having Miaka thrown from the roof of the school seemed the perfect plan, but Taka leaps to her rescue and the pair lands back in Konan! Now Miaka must teach Taka to survive in the world of the book as they search for an unknown enemy.

En Tasuki salva la Miaka de morir ofegada practicant-li el boca a boca i així se li desperten uns sentiments que no s'esperava. En Tasuki, en Chichiri, en Taka i la Miaka van cap al palau de Konan a buscar-hi la primera pedra de la memòria. Allà hi troben la Houki, la dona d'en Hotohori, malalta, i descobreixen que el seu fill, en Boushin, encara no ha dit mai ni una paraula. Sembla que l'única manera de trobar la pedra de la memòria serà fer parlar en Boushin, però ni el mateix Hotohori pot tocar el seu fill!

La Miaka i en Taka tornen a ser al món real però volen tornar al món del llibre per aconseguir les altres pedres. La Miaka i en Taka aconsegueixen escapar-se un cop més al món del llibre on lluiten per aconseguir la pedra de la memòria de la Nuriko. Se'ls farà difícil perquè el seu germà Rokou es nega a desfer-se de l'únic record que té de la Nuriko. Però finalment les circumstàncies l'obligaran a decidir-se per evitar mals majors.

Amb la pedra de la Nuriko, en Taka ha recuperat més de la meitat dels seus records. Però la misteriosa Miiru, que el controla, li ordena que mati la sacerdotessa de Suzaku. A més, Tenkou vol destruir les pedres que en Tamahome ja ha aconseguit. La Miaka plora per les pedres perdudes, però un estrany poder màgic comença a donar més volada als sentiments d'en Tasuki per la Miaka. En Tasuki intentarà que la Miaka oblidi en Taka passant la nit amb ella...

L'Hikou és un dimoni de les aigües i el cervell darrere de la recent rebel·lió d'en Tasuki. Ara ha capturat la Miaka per intentar iniciar un duel amb en Chichiri, un amic seu de la infantesa. En Chichiri dubta a l'hora d'enfrontar-s'hi, però ara hi ha en joc la vida de la sacerdotessa de Suzaku i en Chichiri, juntament amb en Tasuki i en Taka han d'estar disposats a sacrificar-ho tot per aturar l'horrible ambició de Tenkou.

El dimoni rei de Tenkou, Yousui, ha aparegut però també ha aparegut una cara coneguda per derrotar-lo: és en Tamahome que s'ha despertat del seu llarg son per estar al costat de la Miaka. La Miaka, però, veu com en Taka, que ha perdut confiança perquè es veu incapaç de competir amb la persona que la Miaka estimava, torna tot sol al món real on Tenkou maniobra perquè hi vol regnar com a Déu. En Taka haurà de fer el cor fort per anul·lar Tenkou d'una vegada per totes.

La Miaka, que ha fet 18 anys, i en Taka, s'han casat i esperen el seu primer fill. Però el Llibre de l'Univers dels Quatre Déus ha caigut a les mans de la Mayo Sakaki, una noia de l'institut enamorada d'en Taka. La Mayo entra al món del llibre com la nova sacerdotessa de Suzaku i rebutja el món real. Però la Miaka entra en coma i en Taka s'ha de tornar a ficar al món del llibre per fer-ne tornar la Mayo.

En Taka es veu obligat a buscar les constel·lacions de Suzaku i es reuneix amb en Chichiri i en Tasuki. La Mayo s'enfonsa cada cop més en sentiments d'odi i gelosia cap a la Miaka. En Tasuki, en Chichiri i en Taka continuen buscant la resta dels guerrers renascuts. Però el que troben tot seguint el rastre dels dos primers guerrers no és gens ni mica el que s'esperaven.

Un rere l'altre, van trobant les contel·lacions de Suzaku. Però amb ells potser no n'hi haurà prou per enfrontar-se a la força que amenaça amb la destrucció del món del llibre. Cada cop queda més clar que hi ha un poder misteriós que arrossega l'imperi de Konan cap a la catàstrofe, i sembla que la Mayo és la clau que posa en marxa l'enorme força d'aquest poder destructor. En Keisuke, la Yui i en Saori intentaran tornar-la al món real abans que el seu dolor i la seva ràbia ho destrueixin tot.