청나라와의 전쟁에서 패배한 조선. 진한대군 이인은 임금인 형 이선과 조선의 백성을 위해 청의 인질이 되어 떠난다. 오랜 시간이 지나 돌아온 조선은 이인에게 냉담하다. 이인이 청의 세작이라는 소문 때문에 형 이선은 이인의 충심을 의심하게 된 것인데... 괴로워하는 이인 앞에 자신을 믿고 편을 들어주는 이름 모를 내기 바둑꾼이 나타난다.

"사랑할 땐 살기를 바라고, 미워할 땐 죽기를 바라는, 그 변덕스러운 모순!" 높은 자리에 있지만 마음은 비천한 임금 이인과 그를 무너뜨리기 위해 세작(첩자)이 된 여인의 잔혹한 운명을 그린 이야기.

김명하에게 내기 바둑꾼임을 들켜버린 강희수. 속환금 때문에 두던 내기 바둑을 그만두기로 결정한 강희수는 이인을 만나지 못하는 것이 아쉽기만 하다. 그 마음은 이인도 마찬가지. 한편, 명에 세작으로 간 추달하가 잡히고, 이 모든 책임을 지고 강항순이 청으로 떠난다. 김종배와 유현보는 이 일의 배후에 이인을 비롯해 홍장과 내기 바둑꾼 강몽우가 얽혀있다며 자신들의 눈엣가시를 이 기회에 모두 쳐내려 하는데...

이인은 강희수와 홍장을 구하기 위해 형 이선을 찾아가는데, 이선은 이인의 역심을 의심하며 죽이려 한다. 이선의 칼이 이인의 목을 겨눈 일촉즉발의 순간, 이선이 피를 토하며 이인에게 자기 아들을 용상에 올리라는 고명(유교)을 남긴 채 죽는다.

이인은 그 고명을 지키는 대신 왕위에 오르기로 결심한다. 이인의 즉위 소식을 들은 강희수는 희망을 갖고 안도하는데...

영취정에서 마주친 이인과 강희수! 이인은 강희수가 자신을 죽이러 왔다고 의심하고, “자신 외의 뒷배를 만들고, 거짓을 말하면 죽일 것”이라고 경고한다. 왕대비는 자신의 사람을 기대령으로 만들려다가 실패하자, 기대령이 된 강몽우의 뒷배가 되고자 하고! 이인의 눈을 피해 강희수에게 접근하는데...

강희수를 만나러 가던 이인은 김명하가 강희수를 안고 있는 광경을 본다. 강희수의 기지로 상황은 수습됐지만 이인은 두 사람의 관계가 계속 신경 쓰인다. 한편, 선왕의 기신제(제사)가 다가오자, 문성대군은 자신도 아버지 이선의 기신제에 동행하고 싶다고 이인에게 청한다. 이인은 조정신료와 왕대비의 반대를 무릅쓰고 문성대군과 강희수까지 데리고 능행을 떠난다. 그곳에서 강희수는 여자임이 들통 날 위기에 처하는데...

능행 후, 임금님 이인이 기대령 강몽우와 남색(남자와 연애하는 것)을 한다는 흉한 소문이 도성 안에 퍼진다. 이인을 연모하던 동상궁은 남색소문을 빌미로 왕대비에게 이인과의 합방을 청하고. 이인은 강몽우를 곁에 두기 위해 동상궁과 합방하라는 왕대비와 박종환의 요구를 수락한다. 강희수는 이인의 합방 소식에 괴로워하는데...

강희수가 여인인 것을 알게 된 이인. 두 사람은 애틋하고, 고통스러운 밤을 보낸다. 이인은 강희수에게 근신의 명을 내린 후 궁으로 돌아가고, 강희수는 아버지와 홍장을 떠올리며 흔들리는 마음을 다잡는다. 청나라 사신 접대로 어수선한 조정. 박종환은 이인에게서 기대령 강몽우를 떼어놓기 위한 새로운 계책을 생각해 내는데...

청나라 사신의 연회가 이인의 기지로 잘 마무리되었지만 조선과 조정에 큰 시련이 닥친다. 예친왕이 이인의 조카 장령공주와의 혼인을 청한 것! 이인은 괴롭지만 장령공주를 청으로 보내기로 결단하고, 강희수는 이인의 명을 어기고 위험한 계책을 실행에 옮긴다.

박종환과 유현보는 강희수와 김명하가 이인의 명을 어기고 장령공주를 바꿔치기했다는 사실을 확인하려 한다. 강희수가 장령공주 대신 분영이를 예친왕에게 보냈다는 것을 알게 된 이인은 분노하고! 강희수는 이인의 분노 앞에 두려움으로 서는데...

이선이 이인을 위해 심었던 복사나무는 벼락에 맞아 활활 타오르고! 이인은 형의 유교를 떠올리며, 이제는 더 이상 미룰 수 없다는 것을 깨닫는다. 백성들은 천벌을 받은 것이라고 수군거리고, 조정도 난리가 나는데... 한편 자신의 죽음을 직감한 중전 오씨는 아버지 오욱환에게 마지막 부탁을 한다.

이인이 모든 것을 알고도 자신의 부름에 응했다는 사실을 알고 놀라는 강희수! 강희수는 이인을 죽이기로 결심했으나, 연모로 인해 차마 이인의 죽음을 지켜볼 수 없고... 한편, 추달하가 3년 전 명에 잡힌 세작이자 기대령 강몽우의 사람임을 유현보에게 들은 박종환은 이를 이인에게 고하는데...

3년 전 청나라의 세작 노릇을 한 자를 찾아내 벌하겠다는 이인의 선언으로 조정은 혼란에 빠진다. 이인이 자신을 노리고 있음을 알아챈 박종환은 조정 신료들을 내세워 친국을 막으려 하지만 이인의 뜻을 꺾지 못한다. 박종환이 세작임을 눈치챈 강희수는 이인을 찾아가고, 이인은 오랫동안 감춰왔던 비밀을 자백하는데..

이인은 박종환의 모든 죄를 드러내기 위해 친국을 명령하지만... 박종환은 자신은 죄인이 아니라며, 당당하게 친국장에 나타난다. 증좌와 증인이 모두 없는 상황에서, 과연 이인은 박종환의 죄를 밝힐 수 있을까?

강희수가 여자인 것을 안 왕대비는 이인에게 강희수를 후궁으로 삼으라고 한다. 한편, 청나라 황제가 이인의 기대령 강몽우와 바둑을 두고 싶다는 소식을 접한 이인은 이를 강희수에게 감추는데... 이인과 강희수는 함께 할 수 있을까?