Cuando todas las Academias Ninja del mundo son destruidas por Lothor, solo tres jóvenes estudiantes: Shane, Tori y Dustin, no son capturados.

Cuando Shane decide enfrentar por su cuenta al monstruo Mad Magnet, descubre que se requiere trabajo en equipo y confianza para superar los obstáculos.

Cuando los esbirros de Lothor apelan a la vanidad de Tori, la atraen a una sesión de fotos y luego crean una doble que les ayude a infiltrarse entre los Ninja.

Los Rangers encuentran un nuevo enemigo llamado Terra Mole, el cual provoca perturbaciones sísmicas en la ciudad a través de madrigueras subterráneas. Dustin se encierra en sí mismo y conoce a Blake y a Hunter, dos hermanos increíblemente rápidos en las pistas de motocross, quienes provienen de la Thunder Ninja Academy. Volviendo a casa, es atacado por Kelzaks. Los Ranger Rojo y Azul salvan a Dustin de los Kelzaks en sus nuevas motos Tsunami.

Cam busca con desesperación los planos del disco de Motos Tsunami que Cam le confió para que cuidara, pero ese disco ha caido en manos de los malvados Thunder Rangers, que lo han utilizado para crear sus propias motos. Esto lleva a la primera confrontación entre los Wind y Thunder Rangers y, como si no fuese suficiente, también se enfrentan a Zurgane. Cuando los Thunder Rangers revelan sus propios zords ¿podrán los Zords de nuestros héroes soportar su increíble poder?

Los Thunder Rangers finalmente ganan, venciendo a os Wind Rangers con sus propias Motos Tsunami y sus Zords. Cuando Blake se lesiona al proteger a Tori, ella lo lleva a la sede Ninja. Con su ubicación revelada, los Thunder Rangers se infiltran y secuestran al sensei, culpándolo de la muerte de sus padres, sin darse cuenta de que están equivocados. Mientras nuestros héroes salen de los escombros, sale humo del Storm Megazord destruido. Cam comienza a reparar los Morphers rotos y el Megazord. Poco tiempo después, Zurgane envía a Amphibidor a la Tierra para luchar con los Rangers.

Después de que el Sensei se encierra a sí mismo dentro de una esfera de protección, los Thunder Rangers viajan a la Montaña de Ninjas Perdidos que contiene la Gema de Almas Perdidas que los ayudará a destruir al Sensei. Los Ninja Storm Rangers los ayudan sin saber los planes de éstos. Cuando finalmente llegan a la cueva, se revela todo: Lothor es el único responsable de la muerte de los padres de Hunter y Blake. Los Thunder Rangers finalmente toman el camino correcto, haciendo equipo con los Wind Rangers para luchar contra Lothor.

Los Power Rangers defienden la ciudad de las poderosas garras de Florabundacus, un malvado monstruo que pretende destruir el mundo con plantas carnívoras.

Hunter y Blake son engañados por Choobo, quien borra sus recuerdos y los enfrenta contra los Wind Rangers.

Todos los Rangers son transportados a una isla que se está hundiendo, donde se enfrentan unos con otros.

Blake y los Wind Rangers deben encontrar una forma de romper el hechizo de Choobo sobre Hunter.

Ch oobo decide dar su última batalla contra los Power Rangers.

Marah y Kapri envían a su instructor alienígena de boxeo, Boxing Bopp-a-Roo, a interrumpir la carrera Total Trek que Shane y Hunter están corriendo.

Los Power Rangers luchan contra Trayf, el Monstruo cerdo, que los atrapa en su mundo de pesadilla.

Cam y su padre se pelean porque el Sensei es sobreprotector. Madtropolis absorbe los poderes de los Rangers.

Cam regresa en el tiempo a la Academia Wind Ninja con el fin de obtener los poderes que necesita para convertirse en el Ranger Verde.

Lothor busca vengarse de Cam enviando a cinco monstruos a la vez para destruir la ciudad.

Cam se comporta de manera extraña en el peor momento, justo cuando Fragra aprisiona a dos de los Rangers en frascos de perfume.

En un intento por ganarse los corazones y las mentes de los terrícolas, Lothor y el Sr. Ratwell producen una comedia y administran un filtro de amor.

Hunter apadrina a un joven que obtiene el administrador personal de extraterrestres de Lothor; los adolescentes se emocionan por un concurso de video de deportes de acción.

Al ser reemplazada por su amiga Beevil, Marah convence a Dustin de que quiere volverse una buena persona.

Con el objetivo de que su padre vuelva a ser humano, Cam construye una máquina que accidentalmente convierte al Sensei en Shane y a Shane en un conejillo de Indias.

A Dustin la fama se le sube a la cabeza. Mientras tanto, el monstruo Slob Goblin ataca la ciudad, convirtiendo a las personas en estampillas.

Un mecánico se convierte en una criatura mutante que quiere el poder del Ranger Carmesí para un singular experimento.

Un extraterrestre benévolo llega a la Tierra buscando a un Power Ranger Rojo, mientras Sensei envía a Shane a un viaje de aprendizaje.

Shane recibe un don poderoso de Skyla, mientras los Rangers continúan luchando contra Zurgane Zord.

Cuando los adolescentes se preparan para un show televisado de talentos, Motodrone revive a Shimazu y a los tres Wolfblades.

Cam debe utilizar todos los poderes de los Rangers para obtener una nueva arma lo suficientemente potente como para derrotar a los Wolfblades.

Cuando Lothor intenta usar a Snipster para desintegrar una conferencia internacional de paz, los Power Rangers deben usar sus habilidades ninja.

Tori se encuentra en una extraña dimensión donde todo es contrario a lo que ella sabe.

Blake se entrena en secreto con un arma nueva que está siendo probada cuando ataca el monstruo Inflatron.

Shane se preocupa cuando su juicioso hermano mayor viene de visita. El Monstruo de Eyezak hace que los Rangers vean sus más grandes temores.

Los planes de los chicos de irse de campamento son interrumpidos cuando Zurgane decide derrotar a los Rangers por su cuenta.

Zurgane hace un último intento por derrotar a los Rangers.

Marah y Kapri se unen a Shimazu y atacan a los Zords malvados. Blake y Hunter tienen una discusión.

Lothor comienza su plan definitivo para apoderarse de la Tierra.

Los Rangers deben evitar que Lothor abra el Abismo del Mal.