Det er mye som er usikkert når Pacey og Joey kommer tilbake til Capeside etter reisen som varte hele sommeren.

Pacey holder på å stryke i det nye skoleåret. Joey begynner å jobbe på yachtklubben.

Dawson og Joey må prøve å redde Pacey og Jen når en orkan truer.

Søknadsprosessen til universitetet hardner til. Gretchen får jobb som bartender på restauranten til Gail.

Dawson får vite at moren hans er gravid. Joey synes at det er vanskelig å bestemme seg for når hun skal bli intim med Pacey.

Andie går på et rave for å feire at hun kom inn på Harvard, noe som setter livet hennes i fare.

Andie får en mulighet til å ta litt fri før hun skal på universitetet og inviterer alle så de kan treffes en siste gang.

Dawson, Pacey og Jack blir mistenkt for å ha gjort en rampestrek.

Dawson spør Mr. Brooks til råds om hvordan man blir regissør. Joey og Pacey spiser middag på et eksklusivt universitet.

Dawson lar seg inspirere av fortiden til Mr. Brooks. Pacey oppfordres til å ta forholdet med Joey et skritt videre.

Pacey prøver å sabotere Dawsons forsøk på å forføre Gretchen. Skøyerstrekene til Drue ender med at han og Joey blir låst inne i et skap.

Joeys bursdagsfest for Pacey forsterker den følelsesmessige anspentheten i Witter-familien.

Dawson synes det er ubehagelig å treffe vennene til Gretchen. Joey og Pacey blir med for å hjelpe Drue med en viktig date.

Dawson oppdager at han har fått makt over livet til Mr. Brooks mens vennene hans er på skitur.

Pacey og Joey analyserer sin første seksuelle opplevelse. Mr. Brooks' død setter fokus på forholdet til Dawson og Gretchen.

Pacey og Joeys forsøk på å tilbringe en natt sammen skaper en mulighet for Dawson og Gretchen. Jen får hjelp av Jack til å spionere på terapeuten sin.

Gleden over at Joey har kommet inn på universitetet dempes når hun får vite hva semesteravgiften koster.

Dawson og Gretchen tar en biltur til Maine. Jen drar til New York for å ta et oppgjør med faren sin.

Gail går over termin, og Joey er redd for at hun er gravid

Gretchen er tilbake på universitetet, noe som tvinger Dawson til å treffe en viktig beslutning. Jen nøler når Grams vil selge huset sitt for å betale semesteravgiften.

Uteksamineringen til 2001-klassen fører venner og familier sammen igjen, men det tar ikke lang tid før de glir fra hverandre.

Dawson gjør seg klar til å forlate universitetet, og han og Joey treffes for å ta farvel.