Pacey e Joey sono di ritorno dal loro viaggio in barca per l'inizio della scuola mentre Dawson, Jack, Jen e Andie hanno passato l'estate insieme. In città Dawson rivede dopo tanti anni Gretchen, la sorella di Pacey, della quale si era innamorato quando era piccolo. Andie conosce due ragazzi francesi, Jean e Jean Jean. Jen invita Joey a passare la serata assieme a loro ma, quando questa porta con sé Pacey, si creano vari momenti di imbarazzo in quanto Dawson si rifiuta di parlare con entrambi. Pacey viene consolato da Gretchen, mentre Joey finalmente riprende i contatti con il suo vecchio migliore amico; Andie invece scopre che Jean Jean è in realtà John John, un americano con il quale a fine serata si bacia. Pacey intanto, geloso per il chiarimento tra Joey e Dawson, fa una scenata, ma Joey gli fa capire che il suo bisogno di riavere Dawson come amico non ha niente a che fare con la sua convinzione di volere lui come ragazzo.

Inizia l'ultimo anno di scuola: mentre Joey è in cerca di un lavoro per pagarsi il college e viene assunta allo Yacht Club, Jen è in paranoia a causa del silenzio di Henry. Pacey si rende conto di essere a rischio bocciatura. Gretchen gli consiglia di confidarsi con la fidanzata, ma lui è troppo orgoglioso per farlo; Joey conosce sul luogo di lavoro un ragazzo molto sarcastico e misterioso, che scoprirà poi essere Drew, il figlio della padrona dello stesso Club. Mitch, essendo il nuovo responsabile dell'orientamento scolastico, comunica a Dawson la situazione critica dell'ex migliore amico, ma il ragazzo non è intenzionato a prestargli aiuto. Jack scopre che Henry vuole lasciare Jen e si offre di parlare con lei ma, al momento di farlo, si accorge che è molto più difficile di quello che pensa; Dawson invece, conoscendo l'orgoglio di Pacey, rivela a Joey la situazione scolastica del suo ragazzo. Quando Pacey lo scopre, va su tutte le furie. Alla fine però Pacey si rende conto di aver bisogno di aiuto e Joey gli promette di aiutarlo a superare l'anno.

Dawson, Joey e Drew vengono coinvolti in un compito di letteratura, mentre Pacey e Jen escono in barca a vela per svagarsi un po'. Allo Yacht Club Joey viene a sapere da un cliente che è in arrivo a Capeside una tempesta e si preoccupa molto per il fidanzato; nel frattempo Andie tiene un colloquio con la madre di Drew, la signora Valentine, vecchia allieva del college che vorrebbe frequentare, che non fa altro che schernirla per la sua malattia. Le condizioni atmosferiche peggiorano e Pacey non riesce a lanciare un S.O.S.; decide così di dirigersi verso un'insenatura di cui soltanto Dawson è a conoscenza, sperando nel suo aiuto. L'amico capisce subito le sue intenzioni e parte assieme a Joey, sulla barca del signor Brooks, per andarli a salvare; intanto Andie al Club prende in mano la situazione e la signora Valentine capisce le sue potenzialità. I due amici vengono portati in salvo anche se Pacey, con grande dispiacere, deve abbandonare la sua barca mentre quella del signor Brooks ha subito ingenti danni. Al Club Jen incontra Drew, conosciuto anni prima a New York e per il quale non nutre molta simpatia, mentre Pacey e Dawson si chiariscono in parte.

Tutti sono in pensiero per le richieste di ammissione al college e, se Joey è convinta a partire, Pacey è altrettanto determinato a non lasciare Capeside; Gretchen invece fa richiesta per lavorare come barista nel ristorante dei Leery, dichiarando di non aver interesse a continuare l'università. Dawson dal canto suo ha intenzione di andare più lontano possibile da Pacey mentre Jack, tutto preso dal football, ancora non ha inviato alcuna richiesta. Il ragazzo deve rivedere le sue scelte nel momento in cui si sloga una spalla. Drew organizza una festa facendo credere che sia il compleanno di Jen e invita tutta la scuola: Joey si ubriaca e si ritrova assieme a Andie e a Jen a parlare del suo futuro. Le tre si danno appuntamento di lì a cinque anni per verificare la validità delle loro ipotesi. Successivamente Pacey porta Joey a casa per evitare che faccia scenate davanti ai compagni di scuola e le dice di non preoccuparsi perché lui la seguirà in qualsiasi città si voglia trasferire. Jen, ritrovatasi da sola con Drew, riceve in regalo due pasticche di ecstasy; Dawson invece, tornato al ristorante afflitto dopo aver constatato l'amore di Joey per Pacey, viene consolato da Gretchen.

Mitch e Dawson scoprono che Gail è incinta, e quest'ultimo ne resta abbastanza sconvolto; lei stessa è decisa ad abortire per paura di non essere una brava madre. Joey invece non sa se si sente pronta per fare l'amore con Pacey, e Jen le consiglia di informarsi bene riguardo alla cosa in un consultorio, cosa che non l'aiuta affatto. Jack e Andie intanto si stanno dedicando ad allenare la squadra di pulcini di Capeside e durante un allenamento, importunato da una ragazza, lui decide di fare coming out; quando la cosa si viene a sapere, però, i genitori iniziano a ritirare i bambini dalla squadra, ferendolo molto. Dawson, parlando della situazione familiare con Gretchen, scopre che anche lei è rimasta incinta sei mesi prima e ha avuto un aborto spontaneo; capendo meglio la situazione, comunica ai genitori il suo appoggio per qualsiasi loro scelta.

Andie scopre di essere stata ammessa ad Harvard, la stessa università che frequentò suo padre, suscitando in lui e in tutti i suoi amici molto orgoglio; Dawson viene a sapere che i genitori hanno deciso di tenere il bambino. Per festeggiare, tutti si recano a un rave dove Andie, interessata all'argomento, chiede informazioni a Jen riguardo l'ecstasy che ha ricevuto da Drew; l'ammissione all'università non suscita in lei l'eccitazione sperata e così prende di nascosto una delle due pastiglie. I risultati sono una dichiarazione d'amore a Pacey e un collasso che fa preoccupare tutti quanti; quando Jack scopre la provenienza della pasticca, dà tutta la colpa dell'accaduto a Jen.

Tutti danno la colpa a Jen dell'incidente avvenuto a Andie, soprattutto Jack, che non le rivolge la parola e fa di tutto per ignorarla. Intanto Andie riceve da suo padre la proposta di andare a vivere per un po' a Firenze da sua zia per prendersi una vacanza. Lei accetterà e la sera riunirà tutto il gruppo per dare loro la notizia; alla fine tutti metteranno fine ai litigi e faranno una dolce foto insieme.

Nella migliore tradizione anche quest'anno l'ultima classe deve cimentarsi nello scherzo scolastico, e pensano bene di portare la barca del preside nella piscina scolastica con il cane sopra. Gli autori del gesto sono Dawson, Pacey e Jack, ma il trio crea un alibi perfetto e rende colpevole l'ignaro Drew Valentine.

Gretchen organizza a meraviglia la festa per Mitch e Gail, alla quale parteciperà persino il Signor Brooks, oramai in "buoni" rapporti con Dawson. Joey e Pacey intanto passano la serata allo Yacht Club, insieme alla commissione del college dove andrà Joey, la quale non si trova a suo agio nel nuovo ambiente considerato troppo snob per lei; più tardi andranno alla festa dei Leery e assisteranno al romantico bacio sotto il vischio tra Gretchen e Dawson.

Joey rivela in pieno la sua infantile immaturità quando vede Dawson e Gretchen baciarsi. Per fortuna arriverà in seguito a capire che deve accettarlo come Dawson ha fatto con lei e Pacey. Intanto, mentre Dawson riscopre l'amore cinematografico,grazie al signor Brooks, Jen spinge Jack a incontrare un ragazzo gay conosciuto in una chat su Internet.

Mentre il signor Brooks e la nonna di Jen intraprendono una tenera storia d'amore, purtroppo senza futuro,visto che il signor Brooks è gravemente malato, Gretchen scopre di essere ormai molto diversa dalla ragazza ingenuamente spregiudicata che restò incinta dell'ex fidanzato Nik, così torna nelle braccia di Dawson pronta a ricambiare il suo amore. Joey deve fronteggiare Drew Valentine, quando rimangono entrambi chiusi nel magazzino dello yacht club.

Joey decide di organizzare una festa a sorpresa per i diciotto anni di Pacey a casa Witter, totalmente all'oscuro delle pesanti umiliazioni a cui ogni anno la famiglia Witter lo sottopone; se a ciò si aggiunge una serie di tragici eventi legati al suo compleanno si capisce ben presto il motivo del non festeggiamento. Ma quest'anno avverrà un risveglio delle coscienze e un compleanno decisamente da ricordare.

L'enorme differenza d'età tra Dawson e Gretchen manda il ragazzo in un corto circuito paranoico. Intanto Jack è sorpreso di avere un appuntamento con Tobey, il ragazzo gay che da tempo sta frequentando; in realtà è stato tutto organizzato di nascosto da Jen.

È tempo della gita di fine anno, ma Dawson resta a Capeside per via del funerale del signor Brooks. Joey, dopo vari tentennamenti e chiarimenti, si convince e fa l'amore con Pacey.

Dawson e Joey trascorrono insieme una particolare serata come ai vecchi tempi, dove Joey decide di negare apertamente la questione della sua prima volta con Pacey.

Mentre Joey e Pacey si chiudono in camera per fare l'amore in continuazione, allo stesso modo Dawson e Gretchen cercano di arrivare al momento della verità. Intanto, Jack è guardingo riguardo agli strani comportamenti di Jen.

Il college ormai è una certezza per tutti. Dawson ottiene l'ammissione all'USC di Los Angeles, Jack e Jen (dopo qualche traversia) scelgono il college di Boston e Joey, incredula per l'ammissione alla Worthington, scopre che non può accedere all'aiuto finanziario previsto, per via del suo nuovo bed & breakfast; di chiedere un finanziamento non se ne parla neanche, ma per fortuna c'è Dawson che generosamente le regala dall'eredità di Brooks (120.000 dollari circa in contanti), i 15.000 dollari necessari per frequentare il college.

Jen deve chiudere i conti con il suo passato. Accompagnata dall'euforica Joey, raggiunge la Grande Mela nel tentativo di fare chiarezza con suo padre. Si scoprirà che l'infanzia tormentata di Jen è data dall'esser rimasta traumatizzata (ha scoperto suo padre che faceva l'amore con una sua amica). Joey si rivela per Jen una vera amica. Grazie a questo confronto con il padre Jen è pronta a chiudere definitivamente la terapia psicologica che da qualche tempo aveva intrapreso.

A Capeside Pacey, tentato da Drew, salta la scuola per andare a divertirsi in un locale; viene arrestato per rissa e stato di ebbrezza. Tutto ciò rivela le sue paure rispetto agli amici ormai collegiali e soprattutto verso la sua ragazza Joey, ormai pronta ad abbandonare Capeside.

Dawson insieme a Gretchen si mette in macchina per un'avventura, ma dopo sei ore di viaggio si buca una ruota e rimangono così dispersi nel nulla, senza soldi e senza modo di tornare a casa. Passano una notte insieme sulla spiaggia dove, presi dalla passione, sono sul punto di fare l'amore ma Gretchen non è ancora convinta. Per quanto lo desideri, infatti, ancora pensa che il motivo che spinge Dawson a fare l'amore con lei è solo il desiderio di dimostrare a loro stessi che sono pronti a farlo.

Joey è in preda al panico in quanto ha un ritardo mestruale e si ostina a non voler acquistare un test di gravidanza. Per fortuna la sorella glielo acquista, ma si tratta di un falso allarme. Gail, Mitch e Dawson sono emozionati dall'arrivo della nuova bimba, che viene chiamata Lily in memoria della defunta madre di Joey.

Jen non vuole separarsi dai suoi affetti e così la nonna decide di vendere casa e trasferirsi a Boston con lei e Jack. Dawson e Joey a loro volta soffrono a causa delle rispettive storie d'amore finite e quest'ultima si entusiasma inutilmente quando intravede una possibilità che possa farla rimettere con Pacey.

Nonostante una risposta sgarbata a un professore, Pacey ha una seconda possibilità di fare il compito che gli darebbe la tanto sospirata maturità, dimostrando che è capace di farcela come tutti gli altri. Andie torna dalla vacanza italiana e Pacey accetta un lavoro su uno yacht nei Caraibi che lo porterà lontano da Capeside.

L'estate sta per finire e Dawson, Joey, Jen e Jack si godono gli ultimi giorni di vacanza prima di dirsi addio e allontanarsi per andare al college. Joey, Jen e Jack andranno a Boston; Dawson a Los Angeles. Dopo aver visto un ultimo film insieme i quattro amici parlano delle loro vite, e soprattutto Dawson e Joey sono emotivamente colpiti da questa imminente separazione. Dopo aver trascorso insieme l'infanzia e l'adolescenza il destino decide di separarli ancora. Ma un ultimo romantico e commovente bacio fa presagire il loro inevitabile riavvicinamento.