L'incertitude plane alors que Pacey et Joey reviennent à Capeside après leur long voyage d'été.

Pacey risque de se faire recaler pour la nouvelle année scolaire, et Joey trouve du travail au Yacht Club.

Dawson et Joey doivent tenter de sauver la vie de Pacey et de Jen lorsque ceux-ci sont menacés par un ouragan.

Alors que le processus de candidature à l'université s'intensifie, Gretchen décroche un emploi de barmaid au restaurant de Gail.

Dawson découvre que sa mère est enceinte et Joey a du mal à décider quand franchir une étape dans son intimité avec Pacey.

Andie célèbre son admission à Harvard en allant dans une fête techno endiablée, qui finit par mettre sa vie en danger.

Une chance de prendre une pause avant de commencer l'université pousse Andie à tenter de réunir tout le monde avant son départ.

Dawson, Pacey et Jack deviennent les suspects d'une farce à l'école.

Dawson demande conseil à M. Brooks pour savoir comment devenir un réalisateur, et Joey emmène Pacey souper dans un collège exclusif.

Alors que les révélations de M. Brooks sur son passé inspirent Dawson, Pacey est encouragé à faire avancer sa relation avec Joey.

Pacey tente de saboter les efforts de Dawson pour courtiser Gretchen, et Drue finit enfermé avec Joey dans un placard.

La fête d'anniversaire surprise que Joey a préparée pour Pacey intensifie les tensions émotionnelles dans la famille Witter.

Dawson est mal à l'aise à l'idée de rencontrer les amis de Gretchen, et Joey et Pacey doivent aider Drue lors d'un rendez-vous important.

Ses amis étant partis en voyage de ski avec l'école, Dawson découvre qu'on lui a donné le droit de décider de la vie ou de la mort de M. Brooks.

Alors que Pacey et Joey analysent leur première relation sexuelle, la mort de M. Brooks permet de clarifier la relation entre Dawson et Gretchen.

L'excitation de Joey concernant son admission à l'université s'estompe lorsqu'elle apprend le montant des frais de scolarité.

Dawson et Gretchen partent en voyage dans le Maine. Pendant ce temps, Jen se rend à New York pour faire face à son père.

Alors que Gail attend la naissance de son bébé, qui se fait désirer, Joey s'inquiète d'être elle-même peut-être enceinte.

Tout en éveillant de nouveaux sentiments romantiques, le bal de fin d'année de Capeside menace l'avenir de deux autres relations naissantes.

Le retour de Gretchen à l'université oblige Dawson à prendre une décision importante, et Jen se refuse à vendre la maison pour payer ses frais de scolarité.

La remise des diplômes de la classe de 2001 permet de réunir des amis et des familles qui seront bientôt séparés.

Alors que Dawson se prépare à partir pour l'université, lui et Joey se retrouvent afin de se dire au revoir.