Diez días después del cierre de la Unidad, la situación para el Equipo Alfa ha empeorado. Jonás intenta descubrir el motivo por el que su equipo se ha convertido en un blanco, mientras es perseguido por un asesino y por Bob, cuyos motivos aún no están claros. Mack y Williams se enfrentan a un futuro en una prisión militar y Molly y Tiffy viajan a DC para intentar salvar a sus maridos.

Finalmente, los miembros de la Unidad descubren que están siendo perseguidos y desacreditaos porque conocen un secreto de estado catastrófico. Bob ayuda a Jonás a descubrir exactamente quién está detrás de la conspiración. Mientras tanto, la CIA le pide a Kim que espíe a Tiffy y Molly que están en contacto con los miembros de la Unidad desaparecidos.

Bob, Williams y Grey reciben el encargo de rescatar a un grupo de personal de la Embajada y a sus familias que están siendo atacados en Abidján, mientras tanto, Jonás pone a prueba la fuerza y convicción de su hija cuando ella decide alistarse.

Jonás, Mack y Williams deben recuperar un chip que identifica a tres hombres que están trabajando infiltrados en una red terrorista. Deben conseguir el chip antes de que caiga en manos de las personas equivocadas y no sólo estas personas estén en peligro, sino miles de americanos. Kim debe guardar reposo total durante 48 horas pero Bob parece incapaz de hacerse cargo de los niños sin su ayuda.

Jonás, Mack y Charles cuidan de un cantante en Irak. Bob se encarga de entregar a un prisionero extranjero a su país para ser ejecutado.

Durante una misión de rescate, Charles Grey es herido grave. Siendo imposible salir del lugar, el equipo se ve atrapado en un edificio de apartamentos, mientras Jonás y Williams intentan operarle para mantenerlo con vida.

Jonás intenta vengarse de la muerte de un compañero pero tiene que seguir trabajando en otra misión. A Bob le asignan a un periodista rescatado, mientras que tiene que estar pendiente de que no vaya a revelar datos secretos de la Unidad.

Grey se infiltra en una Banda de traficantes de armas que roban las armas de una base en California. Una de las armas robadas es un detonante explosivo binario. Jonás y Bob tienen que trabajar duro para evitar que este explosivo pueda terminar en las manos equivocadas.

La crisis de conciencia que sufre Bob pone la misión en riesgo y lo que empieza siendo un regalo para Molly termina exponiendo un secreto guardado desde hace tiempo.

A Jonás le piden que busque a una antigua amiga y las cosas se complican cuando reaparece Charlotte Canning.