Alors qu'ils sont chargés de récupérer un satellite perdu en Afrique, un terroriste international devient la proie de l'unité. Jonas et son équipe doivent s'adapter à cette nouvelle situation... De son côté, Kim Brown commence à réaliser ce qui l'attend lorsqu'elle doit consoler une femme dont le mari est mort en mission.

Jonas tente de sauver un groupe de missionnaires américains réfugiés aux Philippines, mais il va rencontrer un problème de taille : deux missionnaires refusent de le suivre. Pendant ce temps, Bob tire sur Mack par inadvertance lors d'une séance d'entraînement.

Alberto Salazar, le nouveau ministre mexicain en charge de la lutte anti-drogue, arrive à Los Angeles pour des discussions de la plus haute importance avec la DEA. L'unité suspecte alors un cartel mexicain de vouloir l'assassiner sur le sol américain. Leur mission de protection devient beaucoup pus complexe lorsque la famille du ministre se fait kidnapper.

L'unité est désavouée par le gouvernement espagnol et ses membres sont considérés comme personae non grata après avoir mené à bien un assassinat lors de leur dernière mission en Espagne. Jonas réussit facilement à s'échapper tandis que Bob se fait arrêter. Pendant ce temps, Jonas et Molly essaient de convaincre leur fille de ne pas arrêter ses études pour s'engager dans l'armée.

L'unité est envoyée en mission à l'ambassade de Russie en Israël avec pour objectif de trouver des preuves qui permettront d'établir que les russes sont sur le point de revendre aux iraniens les éléments nécessaires à la construction d'une bombe nucléaire.

Une mission jointe devant intercepter le convoi d'un leader taliban en Afghanistan échoue lorsque l'hélicoptère de l'équipe de Bravo se pose à cause d'un problème de moteur. Jonas doit alors faire face à un terrible dilemme : quitter l'hélicoptère et continuer la mission ou sauver les hommes de Bravo.

L'équipe met en place S.E.R.E. (Survie, Evasion, Résistance, Echappe), un service d'entraînement éreintant recourant à la torture et à l'humiliation qui se base sur les entraînements que les militaires utilisent pour se préparer à la capture des forces ennemies. L'épreuve s'avère particulièrement difficile pour Bob dont l'état s'aggrave...

Une tentative d'achat de missiles sol-air à un baron de la drogue échoue et les armes disparaissent. Jonas et son équipe doivent les retrouver avant qu'elles ne quittent le pays...

Quand Paul perd sa couverture lors d'un entraînement de soldats en Afrique, il conseille à Jonas d'annuler la visite d'un haut dignitaire en raison d'un danger imminent. Cependant, tout devient plus compliqué quand il apprennent que la visite est elle-même une couverture. En dépit des avertissements, l'officier de haut rang refuse d'annuler ses plans...

Quand Keith Soto, le fils d'un ancien membre de l'unité, revient à la base pour une réunion, Jonas et le colonel Tom Ryan découvrent qu'il est journaliste et qu'il travaille sur un sujet qui menace le caractère strictement confidentiel de l'Unité.

Une bombe a été placée dans une banque d'Atlanta et les membres de l'Unité sont appelés en renfort. Ils se rendent vite compte que celle-ci est peut-être nucléaire. Pendant ce temps, Kim et Bob prévoient de prendre des vacances...

L'Unité est parvenue à capturer un ancien général yougoslave poursuivi pour crimes de guerre. Mais ce dernier parvient à s'échapper et cherche à se venger de Jonas qui est responsable de sa capture. Pendant ce temps à la base, Tiffy pense à se séparer de Mack, et Kim reçoit des nouvelles quelque peu perturbantes.