Les mois ont passé depuis la fin de la saison deux. Jim a été transféré dans une autre branche et Pam a rompu ses fiançailles avec Roy. Michael apprend que Oscar est gay et l'annonce accidentellement à tout le monde. Se sentant mal, Michael organise une réunion sur l'homosexualité où il tente de se présenter comme un esprit ouvert et progressiste. Pendant ce temps, Jim tente de s'adapter à la succursale de Stamford, avec ses nouveaux collègues Andy et Karen.

Michael et Dwight partent pour un congrès à Philadelphie, où ils rencontrent Josh, le gestionnaire de Dunder-Mifflin Stamford, et Jim. Michael se sent menacé par Josh, et tente de rivaliser avec lui en organisant une fête dans sa chambre d'hôtel. Quand personne ne se présente, Jim a pitié de Michael et le rassure, et lui annonce qu'il n'a pas quitté Scranton à cause de Michael. Pendant ce temps, Kelly arrange un rendez-vous à Pam.

La gestion de Michael conduit Angela et Dwight à conspirer pour prendre l'emploi de Michael. Dwight rencontre Jan, qui, après avoir écouté les propositions Dwight, appelle Michael pour l'informer que ses propres employés ont conspiré contre lui. Michael informe Dwight que Jan l'a promu au poste de directeur régional pour forcer Dwight à se confesser. Toutefois, Dwight prend immédiatement le relais du bureau et commence à faire des changements radicaux. Michael, incapable de contrôler sa colère, révèle à Dwight qu'il sait tout, et force Dwight à faire sa lessive pour lui pendant un an. Pendant ce temps, à Dunder Mifflin Stamford, la stratégie de gestion de Josh inclut le fait de jouer à Call of Duty comme un exercice de cohésion d'équipe. Malheureusement, Jim est mauvais au jeu.

Michael apprend que son ancien patron Ed Truck est décédé. Voyant que ses employés ne sont pas ébranlés par la nouvelle, Michael commence à réfléchir à sa propre mort. Alors qu'il est en deuil, Michael apprend qu'un oiseau a été tué en rentrant dans une fenêtre dans la matinée, et il décide de faire un enterrement plus tard dans la journée pour l'oiseau. Pendant ce temps, à Dunder-Mifflin Stamford, Jim et Karen se lancent dans une quête pour des chips.

Dwight emmène Ryan à la ferme de betterave pour une séance d'initiation avant ses premières ventes. L'initiation, impliquant des styles bizarres de bizutage, rend furieux Ryan, qui ne fait pas de vente. De retour au bureau, Jan demande à Pam de noter les activités de Michael pendant la journée. Michael passe la plupart de la journée à faire la queue pour obtenir un bretzel gratuit dans le hall.

Kelly invite l'équipe à célébrer Diwali, le festival des lumières. Lors de cette fête, Michael est inspiré par une conversation avec les parents de Kelly à propos des coutumes de mariage hindoues, et demande Carole en mariage. Elle refuse et s'en va. Pendant ce temps, à Stamford, Jim, Andy, et Karen doivent rester le soir pour s'occuper des chiffres des ventes. Andy et Jim boivent des shots pour passer le temps, ce qui amène Karen à raccompagner Jim, qui est ivre, chez lui.

Jan informe Michael que la filiale de Scranton va être fermée, et que les employés seront reclassés par la branche de Stamford. Michael annonce la nouvelle à ses employés, qui réfléchissent à leur avenir. Dans un dernier effort pour sauver Dunder-Mifflin Scranton, Michael et Dwight partent plaider leur cause auprès du Directeur Général, David Wallace, en se rendant chez lui. Ils attendent devant chez lui toute la journée, mais David Wallace n'arrive pas. Ils se résignent donc à la fermeture de la branche de Scranton. Cependant, Josh, le directeur régional de la filiale de Stamford, annonce qu'il quitte la société pour un autre poste, ce qui remet en cause la décision prise initialement. Il est donc décidé que la branche de Scranton ne sera pas fermée et absorbera celle de Stamford.

Michael se réjouit d'accueillir six collègues de l'ancienne branche de Stamford. Jim revient donc avec Karen, Andy, Martin, Tony et Hannah, mais les cinq nouveaux rencontrant pour la première fois Michael Scott sont vite exaspérés par leur nouveau patron ; Tony finit même par démissionner et Michael, vexé, préfère le renvoyer de lui-même. Andy tente toutefois de s'attirer les faveurs du responsable et entre aussitôt en compétition avec Dwight. Pam tente de renouer avec Jim et découvre qu'il commence à fréquenter Karen.

En fouillant la comptabilité, Michael et Angela découvrent que Martin, un des anciens de Stamford, a fait de la prison. Martin assume son passé de criminel en col blanc et en décrivant ses conditions de détention, ses nouveaux collègues trouvent que leur vie de bureau est bien pire. Michael tente alors de se défendre en décrivant la vie en prison mais aligne une série de clichés et quand les employés veulent le faire cesser, il finit par les enfermer dans la salle de réunion. Une fois que Michael accepte de les libérer, Martin démissionne. Andy s'est mis en tête de coucher une de ses nouvelles collègues féminines et Jim le laisse aller vers Pam en lui donnant les pires conseils pour la séduire.

Enthousiaste à l'idée de fêter Noël, Michael s'est emballé et a réservé une suite en Jamaïque pour lui et Carol mais elle trouve qu'il va trop loin et préfère rompre. Dès lors, il ne désire plus fêter Noël et Andy l'emmène se souler dans un restaurant benihana avec quelques collègues. Des dissensions dans l'organisation des fêtes, notamment à cause d'Angela, débouchent sur la création d'un deuxième comité mené par Pam et Karen. Revenu du restaurant japonais ivre et avec une des serveuses, Michael rebondit après la soirée karaoké organisée par les deux comités réunifiés puis invite une autre personne à la Jamaïque. Pam et Jim font croire à Dwight qu'il a été contacté par la CIA.

Michael revient de son séjour en Jamaïque, ravi de ses vacances. En voulant se vanter auprès de son ami Todd d'avoir voyagé avec Jan Levinson, il envoie une photo compromettante qui fait le tour de tout Dunder-Mifflin. Pam se retrouve à apaiser les tensions entre Karen et Jim et trouve du soutien avec Dwight console Pam. Jan revient à Scranton annoncer à Michaël son désir d'être avec lui.

Dwight arrive en retard à une réunion du matin. Michael y annonce que les membres de l'équipe de vente vont faire des binomes dans une course au contrat. Andy passe la journée à essayer de convaincre Michael que Dwight n'est pas digne de confiance, alors que le duo Dwight-Jim est d'une grande efficacité. Phyllis révèle à Karen que Jim a longtemps eu des sentiments pour Pam, et Stanley piège Ryan en le laissant rencontrer tous leurs clients noir-américains. Durant ce temps, Kevin dit à Angela que leurs rapports de vente n'ont pas été envoyés à New York, mais Angela l'assure que le problème a été réglé. Aux retours des équipes, Andy découvre que le retard de Dwight était dû à un voyage à New-York afin de déposer les rapports d'Angela. Dwight, plutôt que de révéler sa relation avec Angela préfère démissionner.

Les femmes du bureau organisent une fête pour Phyllis et les hommes un enterrement de vie de garçon pour son fiancé Bob. Après avoir été convaincu par Todd Packer d'engager des strip-teaseurs pour les deux fêtes, Michael ordonne à Jim et à Dwight de choisir les danseurs. Pour la fête des hommes, Dwight engage une strip-teaseuse, tandis que pour celle des femmes, Jim recrute un imitateur de Benjamin Franklin.

Phyllis laisse Michael participer à son mariage pour obtenir six semaines de lune de miel. Michael tente de diriger les festivités et se comporte en maître de cérémonie. Pam se rend compte que Phyllis a récupéré ses plans pour le mariage prévu avec Roy. Se sentant seule, elle discute avec Roy et ils quittent le mariage ensemble.

Ryan invite Michael à intervenir devant les étudiants de son école de commerce. Michael essaie de faire un discours motivant « à la Michael », ignorant que Ryan l'a présenté comme le gestionnaire inefficace d'une société bientôt obsolète. Durant ce temps, une chauve-souris est découverte au bureau par Dwight qui monte une opération destinée à l'attraper, alors que Jim lui fait croire que mordu par l'animal, il devient un vampire. Le soir, Pam expose ses œuvres dans une galerie, et remarque avec dépit que peu de ses collègues se sont déplacés et que les quelques avis sont très critiques. Après la conférence où il a défendu les vertus du papier face à l'informatique, Michael arrive à l'exposition, complimente Pam sur son travail et lui achète un dessin représentant l'immeuble du bureau. Désigné comme un mauvais élément pour avoir dénigré Michael et la société en public, Ryan est expédié dans le petit bureau avec Kelly.

Le président du conseil d'administration de Dunder-Mifflin, David Wallace, organise une réception chez lui à laquelle Jan, Michael, Jim, Karen et Dwight sont conviés. La référence constante de Michael à l'officialisation de sa relation avec Jan gêne cette dernière, mais elle essaie ensuite de faire l'amour avec lui dans les toilettes. Gêné, Michael refuse, ce qui la met encore plus en colère. Parallèlement, Dwight vérifie les fondations de la maison. Pendant ce temps, au bar, Pam révèle à Roy que Jim et elle se sont embrassés. Roy est furieux et commence à détruire le bar, aidé par son frère. Pam rompt avec Roy, qui annonce qu'il va tuer Jim.

Roy pénètre dans l'enceinte du bureau et tente d'agresser Jim, mais l'opportune intervention de Dwight muni d'une bombe lacrymogène redresse la situation. Jim essaie de remercier Dwight de l'avoir sauvé, mais il est déçu de le voir refuser ses remerciements, estimant n'avoir fait que son devoir. Poussé par la direction à refuser une augmentation à Darryl, qui a récupéré la charge de travail de Roy après son renvoi, Michael se rend compte de la faiblesse de son propre salaire. Conseillé alors par Darryl, il se rend à New York pour demander une augmentation pour lui-même à sa chef Jan. Après s'être fait raconter, par tous les témoins, les exploits de Dwight, Angela embrasse son héros. Jim les surprend en secret et annonce à la caméra qu'il gardera le silence, considérant ainsi sa dette réglée.

Après une blague de Michael qui a mal tourné et blessé Dwight, les employés de l'entrepôt doivent faire une nouvelle formation de sécurité. Michael se sent honteux quand les magasiniers de l'entrepôt se moquent de lui en affirmant que son environnement de travail est plus sûr que le leur. Déterminé à prouver que le travail de bureau peut être dangereux lui aussi, il décide de simuler une tentative de suicide. Son plan de sauter du toit de l'immeuble sur un château gonflable se grippe quand les autres employés découvrent ce qu'il est en train de faire et lui parlent depuis le parking, alors que Michael prend conscience de son sentiment dépressif. Pendant ce temps, Andy essaie de se faire apprécier de ses collègues après son retour du stage de gestion de la colère.

Des ramettes de Papier de Dunder-Mifflin avec un dessin obscène sont accidentellement mises en circulation. Tout le monde tente de calmer les clients en colère et Kelly apprend aux autres à répondre au téléphone, mais se heurte au cas désespéré d'Angela. Michael contacte les médias dans une tentative malheureuse pour éviter le scandale avec une de leurs clientes mais elle refuse les excuses et un journaliste a vu toute la scène. Jim et Andy se rendent au lycée local pour s'excuser personnellement auprès du proviseur, et ils rencontrent par hasard le dernier flirt d'Andy qui se trouve être étudiante dans cette institution. N'ayant pas repéré le problème du papier, Creed se débrouille pour trouver une responsable, fait la quête quand elle est licenciée et empoche la somme recueillie.

Après que Phyllis a été la victime d'un exhibitionniste sur le parking, Michael essaie d'organiser une réunion sur la condition féminine. N'ayant pas atteint le résultat escompté, il embarque les femmes du bureau dans une escapade au centre commercial, tandis que Dwight et Andy sont à la recherche du pervers et distribuent des avis de recherche dessinés par Pam sur la description de Phyllis. Au centre commercial, Michael parle de sa relation avec Jan, et ses employéess lui font prendre conscience que sa relation avec Jan est toxique et exprimer son désir de rupture. Revenu au bureau, Michael rompt avec Jan par répondeur. Celle-ci surgit juste après désireuse d'arranger les choses entre eux puis écoute son répondeur avant de repartir. Inspiré par Jim, Dwight se rend compte de sa ressemblance avec le pervers dessiné par Pam...

David Wallace avertit Michael qu'il est retenu pour un poste libre au siège à New York, à charge pour lui de passer un entretien et de choisir un éventuel successeur à Scranton. Il organise une virée à la plage et amène ses subordonnés à s'affronter dans des compétitions farfelues supposées lui permettre de déterminer lequel d'entre eux est digne d'occuper son poste entre Jim, Dwight, Stanley et Andy, et charge Pam de prendre des notes sur les candidats tout en lui interdisant de participer aux épreuves. Quand Michael avoue finalement le véritable objectif de ces épreuves de sélection, Jim et Karen décident de poser leurs candidatures également, tandis que Dwight et Angela se débrouillent pour se débarrasser d'Andy. Ayant réussi (mieux que Dwight), et malgré l'interdiction de Michael l'épreuve de "marche dans les cendres", Pam confesse qu'elle en assez d'être ignorée par ses collègues et dit à Jim qu'il est la principale raison de l'annulation de son mariage.

Michael décide de rejeter les avances de Jan, mais change d'avis et lui donne une seconde chance quand il voit qu'elle s'est faite refaire la poitrine. Michael, Jim et Karen font tous trois le voyage pour New York pour défendre leurs candidatures au poste qui s'est libéré au siège de la compagnie. Avant son départ, supposé définitif, Michael désigne Dwight comme son remplaçant à Scranton. L'entretien de Michael s'achève quand il apprend que ce nouveau poste est en fait celui de Jan en instance de licenciement. Jan, désormais sans emploi, décide de partir avec un Michael assez hésitant mais qui refuse finalement le poste et récupère sa place de directeur de Scranton. L'entretien de Jim se déroule bien jusqu'à ce qu'il trouve dans ses notes un petit mot de Pam lui souhaitant bonne chance. Comprenant qu'il ne peut pas de nouveau l'abandonner, il retourne seul au bureau, où il lui propose un rendez-vous. Le poste à New York est donné à Ryan.