El auge de la construcción en Amity Park altera a Maleza, el fantasma de todo lo vegetal. El fantasma de los pensamientos verdes se apodera de la ciudad, convirtiendo a todos en plantas. Todos menos Sam, a quien convierte en su reina amante de la Tierra. Por desgracia, Maleza le lava el cerebro a Sam y la utiliza para atacar a Danny. Danny, mientras tanto, ha estado luchando contra un desagradable caso de escalofríos que lo deja demasiado débil para luchar. Escapando de Maleza en la Zona Fantasma, Danny acude a su amigo amante del frío, Congelación, quien le explica que Danny está desarrollando un nuevo poder. Ahora, Danny debe aprender a dominar su nueva habilidad de congelación para poder volver a Amity Park y sacar al pueblo de las frondosas garras de Maleza.

Tras perderse en la zona fantasma, Danny y sus amigos encuentran en una zona congelada el Infimapa, un mapa que permite al poseedor viajar a cualquier lugar de la zona fantasma. Después de que Vlad Masters robe el mapa, Danny, Sam y Tucker deberán perseguirlo a través de diferentes épocas y lugares, desde Salem hasta la antigua Roma, para conseguir este tesoro antes de que consiga conquistar la Tierra.

Tras una discusión con sus respectivos novios, Spectra, Kitty y Ember unen sus fuerzas y utilizan sus poderes para hacer desaparecer a todos los hombres. Danny y Jack están pescando en el lago Eerie, el único lugar de la Tierra inmune al hechizo. Sam, Jazz y Maddie deben detener a las villanas mientras Danny está fuera de la ciudad. Desgraciadamente para Danny, Skulker se toma más tiempo para cazar a Danny y demostrar a su novia lo gran cazador que es. ¿Podrá salvarse Amity Park sin su héroe?

Amity Park está en medio de una sequía, y el alcalde Vlad, deseoso de ganar puntos, libera a Vortex, el fantasma del tiempo, para que haga llover. Pero cuando Vlad se enfrenta a Vortex, el fantasma conjura una tormenta que amenaza con ahogar la ciudad. Mientras Danny Phantom vuela al rescate, es alcanzado por un rayo. Cuando vuelve en sí, descubre que sus emociones están ahora directamente relacionadas con el clima.

Amorpho, un fantasma con habilidades de metamorfosis, se hace pasar por personas y las mete en problemas con ello. Luego se hace pasar por Danny y ambos deben aprender el precio de la fama cuando un dispositivo fenton interrumpe algunos de sus poderes, impidiendo que Danny vuelva a su ser humano y encerrando al malvado metamorfo en una forma que llama demasiado la atención: La del Sr. Lancer.

El juego de venganza entre Danny y Vlad comienza con bromas infantiles y, por desgracia para Danny, termina cuando Vlad decide postularse como alcalde de Amity Park. Al eclipsar a los votantes, Vlad gana por mayoría. El nuevo alcalde está ansioso por utilizar su nuevo poder para hacer la vida lo más miserable posible a Danny y sus amigos. Cierra la Hamburguesa Apestosa, prohíbe la tecnología, crea nuevos uniformes escolares y aprueba tantas leyes nuevas en nombre de la "protección de los niños" que a Danny le resulta imposible ser fantasma.

Como uno de los fantasmas más débiles de la Zona Fantasma, el Fantasma de las Cajas ataca con todas las "cajas mortales" que tiene en el mundo humano, pero es derrotado fácilmente por Danny. Entonces elabora un plan: utilizará la "Caja de Pandora", la caja más poderosa jamás creada, y usará los poderes malignos y mortales que hay en su interior para atacar Amity Park. Ahora Danny debe encontrar a la única capaz de salvar el día: ¡La propia Pandora!

Danny se despierta con unos extraños auriculares en la Zona Fantasma. Regresa a Amity Park y descubre que todos están dormidos gracias al fantasma del sueño, Nocturno, que está absorbiendo sus sueños para aumentar su energía. Danny debe despertar a sus amigos y a su hermana para detener esta amenaza.

La clase de Danny se va de campamento con el Sr. Lancer y la Sra. Teslaff a un lugar abandonado que parece estar embrujado. Pronto los informes sobre avistamientos de monstruos y estudiantes desaparecidos tienen a todo el campamento conmocionado. Los monstruos empiezan a aparecer y a perturbar la excursión. Para sorpresa de Danny, estos monstruos son fantasmas que trabajan para Walker, a la caza de Lobo. Ahora Danny debe salvar a su viejo amigo y a su clase de Walker.

Dani Phantom ha vuelto por fin a Amity Park. Teniendo el problema de disolverse en la nada peor que nunca, busca a la única persona que puede ayudarla, su primo y mejor amigo, ¡Danny Phantom! Sin embargo, Vlad le ha estado siguiendo la pista desde su última aparición y planea recuperar a su "niña", engañando a Valerie Gray para que lo haga por él. ¡Después de encontrar a Danielle, la utiliza para atraer a Danny a una trampa y ahora tiene a dos Danny Phantom atrapados! Ahora, atrapado en las garras de Valereie Gray, Danny debe encontrar una forma de escapar y salvar a su prima de ser fundida en ectoplasma por Vlad.

Danny, tras ser avergonzado públicamente por el nuevo equipo de cazafantasmas de Vlad, quiere volver a ser normal. Así que se deshace de sus poderes reactivando el Portal Fenton después de que Jack lo desmantele para actualizar el software. Sin embargo, un asteroide hecho de Ectoranium amenaza la Tierra, y Vlad -tras revelar a todos que es Plasmius- no consigue detenerlo. El mundo depende ahora de un impotente Danny para obtener ayuda de los fantasmas de la Zona Fantasma.