Danny y Sam se pelean, y cuando Sam pronuncia las palabras "A veces desearía no haberte conocido", se encuentra en un mundo en el que ella y Danny son extraños. Y lo que es peor, dado que fue Sam quien animó a Danny a entrar en el Portal Fenton la noche en que obtuvo sus poderes de fantasma, ¡Danny no tiene poderes! Ahora, Sam debe convencer a Danny de que comparten una amistad y una historia, y llevarle de vuelta al Portal Fenton para que sufra un segundo "accidente" y pueda volver a convertirse en Danny Phantom.

Tras ser mordidos por pequeños mosquitos verdes, los chicos del instituto Casper contraen una misteriosa enfermedad que les otorga poderes fantasmales y son puestos en cuarentena en un viejo y espeluznante hospital a las afueras de la ciudad. Cuando Danny se cuela en el hospital para investigar, es capturado por Penélope Spectra y su ayudante, Bertrand.

Cuando todos los adultos de Amity Park son hipnotizados y convertidos en esclavos de barco pirata del niño fantasma Sangre Joven a través de una canción de Ember, Danny Fenton se ve obligado a liderar a todos los adolescentes de Amity Park si quiere conseguir salvar a sus padres.

Cuando Vlad Plasmius despierta accidentalmente al fantasma más poderoso de todos, Pariah Dark, el Rey de todos los Fantasmas, Danny se encuentra rápidamente como peón en una partida de ajedrez llena de acción y suspenso.

Danny y sus amigos se ven envueltos en una aventura de viaje en el tiempo. Son llevados a un futuro oscuro, en el que Amity Park es destruido y el fantasma más poderoso y malvado del mundo es el propio yo futuro de Danny.

El regreso de un nuevo y mejorado Technus no preocupa a un Danny que se ha dividido accidentalmente en dos partes, ya que decide dejar la caza de fantasmas a una de sus mitades y su antigua vida de adolescente normal a la otra. Pero cuando Technus se infiltra en el laboratorio Fenton, los dos Dannys deben trabajar unidos para salvar al mundo del recién creado Technus 2.0.

Danny Fenton está perdiendo la cabeza. Al menos, eso es lo que decide Jazz cuando su hermano pequeño empieza a actuar de forma extraña y a luchar contra fantasmas que no existen. En realidad, Danny está siendo atormentado por Sangre Joven en busca de venganza, que no puede ser visto por los adultos - o por las hermanas mayores que se creen adultas. Cuando Jazz invita a la familia a un viaje de acampada sin fantasmas, Sangre Joven le sigue y desata una serie de ataques que hacen que Danny parezca aún más loco, y ponen a la familia Fenton en peligro.

Danny Fenton odia la Navidad. Cuando accidentalmente destruye la única copia de un cuento de Navidad fantasmal, el autor del libro, el Escritor Fantasma, hace que Danny odie aún más las fiestas al convertirlo en el protagonista de un nuevo cuento navideño. Danny está ahora atrapado en un escenario en el que todo el mundo habla en rima.

Technus ha vuelto, con un nuevo plan para transportarse a sí mismo a un super satélite y apoderarse del mundo, y va a utilizar los laboratorios Axion para hacerlo. Mientras Danny Phantom lucha contra Technus, Danny Fenton empieza a luchar contra sus sentimientos por Valerie, cuyo padre vuelve a estar al mando de Axion. Sam y Tucker se sorprenden cuando Danny confiesa que está pensando en pedirle a Valerie que sea su novia. Desgraciadamente, mientras Technus pone en marcha su plan en los laboratorios Axion, Valerie se da cuenta de que su papel de cazadora de fantasmas está poniendo en peligro a su familia y amigos. ¿Puede funcionar el romance entre dos chicos con identidades secretas, o el chico fantasma y la cazadora de fantasmas acabarán rompiendo el corazón del otro?

Aunque Danny Phantom es capaz de realizar extraordinarias hazañas físicas, Danny Fenton sigue siendo un poco débil. Por esta razón, Dash es asignado como "compañero de ejercicios" de Danny para ayudarle a prepararse para el exámen de aptitud física del presidente en la escuela. Cuando Skulker aparece en los laboratorios Fenton en su cacería habitual, Danny Phantom, Dash y Skulker son golpeados accidentalmente con el nuevo "Compresor Fenton" de Jack, que los encoge a todos a media pulgada de altura. Peor aún, los poderes fantasmales de Danny no funcionan tan bien en su forma diminuta. Ahora, Danny y Dash deben confiar en sus cerebros y en sus habilidades físicas naturales para llegar al Centro de Operaciones de Emergencia de los laboratorios Fenton y revertir el rayo de encogimiento antes de que Skulker y su nuevo ecto-esqueleto de gran potencia los alcancen.

Sam apenas puede contener su desprecio por el concurso de belleza "Miss Adolescente" y su organizadora, Dora Mattingly, cuando llegan al instituto Casper. Decide presentarse al concurso para hacer una declaración sobre la individualidad, pero en lugar de eso hace un descubrimiento: Dora Mattingly es la Fantasma Dragón.

Tucker se postula para presidente del cuerpo estudiantil, pero nadie le presta atención a su campaña, y eso incluye a sus directores de campaña: Danny y Sam. En una excursión a un museo para ver antiguos artefactos egipcios, todos se sorprenden de que el faraón en cuestión se parezca a Tucker. Y cuando Tucker se mira en un espejo fantasmal, su imagen da vida al esbirro del faraón, Hotep Ra. Hotep Ra se inclina ante Tucker y se convierte en su sirviente, instándole a no quedarse de brazos cruzados y ser ignorado.

Vlad ha vuelto, sólo que ahora está afectado por un grave caso de ecto-acné, resultado directo del accidente del laboratorio de la universidad con Jack y Maddie. Para asegurarse de que Danny le ayude a encontrar una cura, Vlad infecta a Sam y a Tucker con su enfermedad, y Danny acude a Reloj en busca de ayuda. Danny convence a Reloj para que le deje retroceder en el tiempo y se asegure de que el accidente que hiere a Vlad nunca se produzca. Por desgracia, cuando cambia el pasado, cambia el presente. Cuando llega al presente, Maddie está casada con Vlad y vive en Wisconsin, y Jack es un fantasma llamado Jack Plasmius. Ahora, Danny debe retroceder en el tiempo por segunda vez para asegurarse de que sus padres se reúnan, pero cuando lo haga, ¿significará eso la perdición del ectoacné para Tucker y Sam?

Vlad está tramando algo y tiene que ver con Danny. Después de enviar a tres fantasmas a Amity Park para luchar contra Danny Phantom, se revela que está trabajando en su proyecto más espeluznante: un clon de Danny Phantom. Hasta ahora, los clones que crea no pueden mantener sus formas durante mucho tiempo, pero Vlad está decidido a tener éxito. Sin embargo, Danny no tiene mucho tiempo para preocuparse por los visitantes fantasmales de Vlad, porque se distrae con la aparición de Danielle, una prima que no sabía que tenía.

Sam tiene un nuevo enamoramiento: Gregor, un estudiante gótico transferido de Europa. Y Danny está celoso, aunque no lo admite. En cambio, se convence de que Gregor es un agente encubierto de los Chicos de Blanco, que quiere atrapar a Danny Phantom. Cuando Sam descubre que Danny la ha estado espiando, se pone furiosa, pero las sospechas de Danny aumentan cuando los Tipos de Blanco aparecen en Amity Park. El misterio se profundiza cuando Tucker intenta ayudar a Danny a descubrir las intenciones de Gregor. ¿Tiene Danny razón? ¿Está Sam realmente en peligro por culpa de Gregor y los Chicos de Blanco, o es que Danny está celoso del creciente romance de Sam y Gregor?

La escuela ha terminado y Danny no tiene nada en mente, excepto unas vacaciones de verano relajantes, divertidas y libres de fantasmas. Su sueño se destruye rápidamente cuando Freakshow, el villano maestro de ceremonias con secuaces fantasmales, se escapa de la cárcel. Danny, sorprendido, se ve obligado a renunciar a sus planes de verano cuando Freakshow consigue revelar al mundo entero la identidad secreta de Danny. Para empeorar las cosas, Freakshow secuestra a las familias de Danny, Sam y Tucker y los utiliza como peones en este malvado juego de venganza. Ahora, huyendo y escondiéndose de todo el mundo, Danny debe confiar en sus poderes para mantenerse libre, cumplir las exigencias de rescate de Freakshow y salvar a sus padres. Con Tucker y Sam a su lado, Danny viaja por todo el país para encontrar tres "Gemas de la Realidad" que, combinadas, darán a Freakshow el poder de convertir el mundo de Danny en su propio circo de pesadilla.