Danny y Sam se pelean, y cuando Sam pronuncia las palabras: "" A veces me gustaría no haberte conocido "," se encuentra en un mundo en el que ella y Danny son extraños. Peor que eso, ya que fue Sam quien alentó a Danny a revisar el Portal de Fenton la noche en que obtuvo sus poderes fantasma, ¡Danny no tiene ningún poder! Ahora, Sam debe convencer a Danny de que comparten una amistad y una historia, y llevarlo de vuelta al Portal de Fenton para un segundo "accidente" para que pueda convertirse nuevamente en Danny Phantom.

Después de ser mordidos por pequeños escarabajos fantasmas verdes, los niños de Casper High padecen una misteriosa enfermedad que les otorga poderes fantasma y se ponen en cuarentena en un hospital viejo y fantasmagórico fuera de la ciudad. Cuando Danny se cuela en el hospital para investigar, es capturado por Penélope Spectra y su asistente, Bertrand. Ellos son los que comenzaron esta enfermedad como parte de su plan para construir Penélope, un cuerpo nuevo, joven y hermoso. Todo lo que necesita es el ADN mitad humano / mitad fantasma de Danny para completar su plan fantasmal. Con Danny capturado y Sam enfermo, depende de Tucker vencer su miedo a los hospitales y liberar a Danny antes de que Penélope obtenga lo que está buscando.

Un grupo de esqueletos fantasmales bajo el mando de un pirata de 10 años llamado Youngblood ataca FentonWorks y roba el escudo fantasma. Poco después, todos los adultos en Amity Park están preparando un crucero sin sus hijos. ¡Danny, Sam y Tucker descubren que el crucero es un engaño y que los adultos están bajo el hechizo de una canción misteriosa (y cursi) creada por Ember para convertirlos en esclavos de galeras para el barco pirata de Youngblood! El escudo fantasma robado evita que Danny Phantom suba a bordo de la nave, por lo que Danny Fenton tiene que guiar a los adolescentes de Amity Park en un atrevido intento de salvar a sus padres.

Cuando Vlad Plasmius despierta accidentalmente al fantasma más poderoso de todos, Pariah Dark, el Rey de todos los Fantasmas, Danny se convierte rápidamente en el peón en un juego de ajedrez lleno de acción y suspenso. La única forma de derrotar al Rey Fantasma parece ser un nuevo traje de batalla Ecto-Skeleton que Jack y Maddie hayan construido, pero hay un gran problema: usar el traje puede ser fatal y solo Danny puede usarlo para derrotar al Rey Fantasma. Con el paso del tiempo y toda la ciudad de Amity Park succionada en la Zona de fantasmas, Danny Phantom debe luchar contra el todopoderoso Rey Fantasma para salvar a su familia, a sus amigos e incluso a sus enemigos.

10 años en el futuro toda la tierra será un caos y destrucción provocado por Danny Phantom que ahora es malvado y siniestro, ahora es conocido como Danny Oscuro, Cuando unos seres conocidos como los Observadores ven el futuro de Danny, envían a un fantasma que tiene el poder de controlar el tiempo llamado Reloj a destruir a Danny Phantom para impedir que el futuro no se vuelva un caos, pero Reloj intentara cambiar el futuro de Danny como sea, que Danny vaya por el camino que le lleve a convertirse en el malvado Danny Oscuro.

El regreso de un nuevo y mejorado Technus no preocupa a un Danny que se ha dividido accidentalmente en dos partes, ya que decide dejar la caza de fantasmas a una de sus mitades y su antigua vida de adolescente normal a la otra. Pero cuando Technus se infiltra en la fábrica Fenton, los dos Dannys deben trabajar unidos para salvar al mundo del recién creado Technus 2.0.

Jazz empieza a pensar que su hermano Danny está perdiendo la cabeza cuando este empieza a actuar de manera extraña y a combatir fantasmas que no están ahí. Poco sabe Jazz que Danny está siendo atormentado por un Youngblood en busca de venganza que no puede ser visto por adultos. Y cuando Jazz envía a la familia entera a un viaje al campo sin tecnología, Youngblood libera una serie de ataques que hacen que Danny parezca aún más loco y que ponen a toda la familia Fenton en peligro.La Tormenta del Reino

La Navidad llega y Danny no tiene el gran espíritu navideño, debido a que desde que nació cada Navidad es arruinada por sus padres; quienes pelean por una sola pregunta: "¿Santa Claus existe?". Enojado, va a destruir todas sus compras del día en la Zona Fantasma; pero cuando accidentalmente destruye "El Susto antes de Navidad", la única copia de una historia hecha por Ghostwriter (el fantasma escritor), este lo encierra en su nuevo cuento navideño, en el cual Danny es la estrella principal y todos hablan en rima. A su vez, Ghostwriter crea situaciones anti-navideñas al alrededor de Danny Phantom, que lo hacen culpable y hacen que la gente lo desprecie.

Las actividades cazafantasmas de Danny se complican debido a la llegada de un nuevo integrante del Equipo Phantom, Jazz, especialmente cuando Skulker empieza a robar objetos de laboratorios de Amity Park. A partir de esto, Danny discute con Jazz, quien se escapa de su casa y se muda a la mansión de Vlad, tratando de descubrir secretamente qué es lo que está tramando.

Technus planea apoderarse de un satélite muy poderoso y utiliza los laboratorios Axion para ello. Pero mientras Danny lucha contra él, también se da cuenta de su atracción por Valerie Gray; a pesar que sea la cazadora de fantasmas que quiere destruir a Danny Phantom. Sabiendo esto, Technus crea situaciones para distraer a Danny y a Valerie juntos a pesar de los celos irremediables de Sam. Danny planea declarársele a Valerie dándole un anillo que lleva el nombre de Sam, pero Technus ataca y deberá combatir con su amada; quien obtuvo un nuevo traje de batalla. ¿Podrá existir un romance entre adolescentes con identidades secretas?

Sam no puede contener su indiferencia por el concurso de belleza "Miss Princesa Adolescente" y su organizadora, Dora Mattingly, cuando llegan al Instituto Casper. Sam decide entrar en el concurso para realizar una declaración sobre la individualidad, pero hace un descubrimiento en su lugar - Dora Mattingly es el Dragón Fantasma! Antes de que pueda llegar al fondo del misterio, es inadvertidamente coronada Miss Princesa Adolescente por su ingenuo juez, Danny Fenton - y cuando la tiara es colocada en la cabeza de Sam, la traslada mágicamente a un castillo en la Zona Fantasma, donde descubre ser la futura esposa del hermano de Dora, el fantasmagórico Príncipe Aragon. Mientras Danny y Tucker entran en la Zona Fantasma para rescatar a Sam, esta hace lo posible por animar las cosas en el mundo medieval fantasma en el que está encerrada.

Después de que nadie le haga caso a la campaña para presidente del consejo de estudiantes de Tucker, un viaje escolar a un museo hace que este descubra su parecido con un faraón del antiguo Egipto. Y cuando un espejo fantasma devuelve a la vida a Hotep Ra, el sirviente del Faraón, que confunde a este con Tucker y empieza a dedicar su vida a servirle. Pero mientras Tucker disfruta de su estatus de rey después de que todos los alumnos sean trasladados al antiguo Egipto, su sirviente tiene el ojo puesto en el trono del rey y siniestros planes para sus amigos.

Cuando Vlad sufre un severo caso de ectoacné, se asegura de recibir la ayuda de Danny infectando a Sam y a Tucker. Para ayudar a sus mejores amigos y a su peor enemigo, le pide a Reloj regresar al pasado para evitar que Vlad obtuviera el ectoacné y a su vez sus poderes fantasmas. Pero al regresar al presente, descubre que su madre se ha casado con Vlad y que su padre se ha convertido en un fantasma llamado Jack Plasmius. ¿Podrá Danny regresar todo a la normalidad? ¿Podrá salvar a sus amigos y encontrar una forma de derrotar a Vlad?

Vlad's up to something and it involves Danny. After he sends three ghosts to Amity Park to battle Danny Phantom, it is revealed that he's working on his creepiest project yet: a clone of Danny Phantom. So far, the clones he creates can't sustain their forms for very long, but Vlad is determined to succeed. Danny doesn't have long to worry about Vlad's ghostly visitors, however, because he's distracted by the appearance of Danielle, a cousin he didn't know he had. And then, Danielle reveals that she too has ghost powers -- she's Dani Phantom! Unfortunately, she's also a product of Vlad's experiments, and therefore an imperfect ghost with an unstable form. Danny must convince his new "relative" to turn on her creator and help him destroy Vlad's evil experiment, before it's too late for both ghost kids.

Sam's got a new crush: Gregor, a goth transfer student from Europe. And Danny's jealous, although he won't admit it. Instead, he convinces himself that Gregor is an undercover operative for the Guys in White, out to get Danny Phantom. When Sam finds out Danny has been spying on her, she's furious, but Danny's suspicious grows when the Guys in White show up in Amity Park. The mystery deepens as Tucker tries to help Danny uncover Gregor's intentions. Is Danny right? Is Sam truly in danger from Gregor and the Guys in White, or is Danny just jealous of Sam and Gregor's growing romance?

School's out and Danny has nothing on his mind except a relaxing, fun and a ghost-free summer vacation. His dream is quickly destroyed when Freakshow, the villainous ringmaster with ghostly minions, escapes from jail. Danny, caught off guard, is forced to forfeit his summer plans when Freakshow manages to reveal Danny's secret identity to the entire world! To make matters worse, Freakshow kidnaps Danny, Sam and Tucker's families and uses them as pawns in this evil game of revenge. Now, on the run and hiding from everyone, Danny must rely on his powers to stay free, fulfill Freakshow's ransom demands and save his parents. With Tucker and Sam by his side, Danny travels cross-country to track down three "Reality Gems," which, when combined, will give Freakshow the power to turn Danny's world into his very own nightmare circus! As the sun sets in the west, Danny's enemies close in on him and Freakshow forces the hands of time closer to the fate of DOOM!