Las habilidades fantasmagóricas de Danny Fenton se ponen a prueba por primera vez ante la Dama de los Almuerzos, quien enfurece cuando el menú de la secundaria Casper es cambiado a un menú vegetariano por Sam la mejor amiga de Danny. A partir de esto, Sam y Tucker empiezan a discutir sobre qué es mejor; si los vegetales o la carne. Mientras tanto, los padres de Danny (Jack y Maddie Fenton) sospechan que su hija Jazz es un fantasma; pero al ver que no es cierto, Jack deja de creer en los fantasmas, hasta que vé al chico fantasma y se retracta. Aunque Danny no controla bien sus poderes; pudo vencer a la Dama de los Almuerzos encerrándola en el Termo Fenton

Se acerca un baile escolar en Casper High y Danny quiere invitar a Paulina, la chica más popular y linda de toda la escuela. Para ello, le regala un collar de oro que ésta encuentra entre las cosas de su mochila; que resulta ser de un dragón fantasma. Cuando Danny descubre esto debe hacer todo lo posible para que Paulina no se enoje y se convierta en una bestia(dragón), por lo cual debe vigilarla. También debe poseer a su padre para que no cause confusión en la fiesta, debido a que se había posesionado de su cuerpo para salvarse de un castigo duro en una reunión con el Sr Lancer.

Danny Phantom está siendo el blanco de Skulker, un cazador de fantasmas que descubre que él es el único ser mitad humano/mitad fantasma. A su vez, Danny debe subir calificaciones haciendo un reporte sobre el exótico gorila púrpura "Samson"; por lo cual Tucker pone su agenda de compromisos en su PDA. Pero cuando Skulker roba el PDA de Tuck, empieza a cumplir detalladamente los compromisos de Danny, y Danny aprovecha esto para llevarlo hacia el zoológico, obligándolo a pelear con el gorila; saliendo Samson ganador.

Dash invita a Jazz a una fiesta en su casa; haciendo que Danny sea invitado a la fiesta. Al ser invitado, éste se deja llevar por la popularidad olvidando a sus amigos Sam y Tucker. Para poder conseguir la vestimenta de la celebración, realiza una venta de garaje vendiendo todos objetos tecnológicos; sin saber que están poseídos por Technus, el fantasma de la tecnología. Cuando va a la fiesta, descubre que todos se disfrazaron de los "perdedores" de la escuela (él, Sam y Tuck); por lo cual se siente triste al haber ignorado a sus verdaderas amistades. Pero descubre que Technus está en la habitación de Dash y que se ha apoderado de toda la tecnología de la venta de garaje, por lo cual Danny debe detenerlo y a su vez pedirle perdón a sus amigos.

Cuando Danny aprovecha sus poderes para vengarse del buscapleitos escolar que siempre le está torturando (Dash), él mismo es tomado por un buscapletos por el fantasma de Pointdexter, un empollón que murió encerrado por buscapleitos en un casillero de su escuela hace más de 50 años y ahora con el cuerpo de Danny hara lo que el nunca hizo, convivir con los populares y Danny sufrirá de los buscapleitos en la época de Poindexter el doble de dolor para que aprenda la lección y darse cuenta de la persona en la que se estaba convirtiendo.

Cuando la fantasma de los deseos Desiree es liberada de la botella, empieza a conceder deseos a la gente pero con un costo bien alto y cuando escucha a Tucker desear tener poderes fantasmas al igual que Danny, Desiree le concede su deseo a Tucker, mientras Danny se encuentra a sí mismo enfrentándose a los celos de su amigo de la peor manera posible: teniendo que luchar contra él intentando quitarle el fantasma que tiene con el cazafantasmas Fenton, que tiene la capacidad de separar a los fantasmas.

Danny encuentra su némesis en Vlad Masters, un viejo amigo de su padre, Jack. De esto se da cuenta cuando descubre que Vlad adquirió poderes fantasmas en un accidente hace 20 años tratando de construir un portal fantasma convirtiéndose en Vlad Plasmius y que lo alejo de Maddie, esto significa que es más fuerte y tiene más experiencia que Danny, además puede hacer más cosas como duplicarse 4 veces, etc. y está empeñado en quitarle todo a Jack Fenton, desde su esposa hasta su vida.

Para salvar el matrimonio de sus padres de un supuesto divorcio, Danny va a la Zona Fantasma a recuperar el regalo de aniversario de Jack para Maddie que lo aventó a la zona fantasma sin querer. Cae prisionero en la cárcel fantasma de Walker, por lo cual se encuentra a sus enemigos, pero tendrá que aliarse con ellos (quienes también están encarcelados), para escapar y conseguir el regalo y de paso aprender una norma importante, en la zona fantasma los humanos son los fantasmas.

La presión que siente Danny por la escuela y sus poderes fantasma preocupa a su hermana Jazz, quien lo lleva a la consejera de la escuela. Lamentablemente, cada vez se siente más miserable y piensa que su hermana lo trata como un perdedor; sin saber que Jazz descubre que es el chico fantasma y la causa de su cansansio diario. A pesar de eso, Danny descubre que la consejera Penélope Spectra es un fantasma que se alimenta de la miseria de los adolescentes y debe detenerla antes de que desanime a la persona más activa de la secundaria Casper; que resulta ser su propia hermana.

El encuentro de Danny el fantasma con un perro fantasmagórico perdido hace que sin querer gane el odio y la rivalidad de una enemiga poderosa, Valerie Gray, quien se convierte en cazadora de fantasmas gracias a un traje y armas que le envió Vlad Plasmius, más allá de que en el grupo social bajo considerablemente su reputación, gracias a que despidieron a su padre y tiene que cumplir su trabajo de guardia nocturno mientras arreglan los laboratorios y ahora tiene que vivir en un departamento de muy bajo perfil. Pero su nueva rival es la nueva enamorada de Tuck ya que él es un experto en fantasmas en una delas escenas Danny y Sam se besan para escapar de Valerie aunque fue un beso fingido a Danny pareció gustarle ya que le pregunto a Sam si fue un beso real o no

Danny, al perder siempre en un videojuego, libera por accidente a Technus y lo peor de todo es que reprueba su examen por estar despierto toda la noche jugando, pero el Sr. Lancer le da una oportunidad de hacerlo mejor y le repetirá el examen la semana que entra, pero Danny esta más concentrado en atrapar a Technus que cada vez que avanza le va entendiendo cada vez más y a Danny no le importa el examen lo que hace que este castigado hasta que pase el examen, entonces Danny debe que ponerse a estudiar para poder pasar el examen antes de que Technus termine el juego y logre apoderarse de Internet.

Es Halloween y es el turno del Sr. Lancer de preparar la Casa embrujada para esa noche, para ello hace que Danny y Dash compitan para ver quien tiene la mejor habitación, o sea, la que más asuste, y Danny apuesta con Dash para ver quien es el mejor, pero al ver que la habitación de Dash da mucho miedo, Danny no tiene más opción que robar la espada del caballero del terror y así poder ganarle a Dash, pero sin pensar en las terribles consecuencias que provocaría la espada, como la liberación del mismísimo caballero del terror.

Danny debe vigilar atentamente a una Jazz enamorada de Johnny 13 (el fantasma de la mala suerte), quien está tratando de que su novia Kitty la posea poniéndose sus cosas, pero al pasar los días se vuelve más como su padre (sobreprotector) lo cual no le gusta. Mientras tanto, Tucker trata de cambiar su imagen para acabar con su apodo de genio electrónico pasando por varias facetas como mala suerte Tuck hasta que Sam le abre los ojos y le dice quien es realmente y así pueda ayudar a Danny a derrotar a Johnny 13.

Amity Park sufre la primera invasión masiva de fantasmas debido a que Walker quiere capturar a Danny Phantom. Para ello, hace que sus fantasmas causen caos y tomen control de personas que logren mostrar a Danny Phantom como el Enemigo Público Nº1 Desde Dash hasta el alcalde de Amity Park. Además libera a Lobo, un fantasma capaz de hablar un lenguaje diferente y de crear un portal al mundo real para que atrape a Danny y lo lleve con Walker, y a medida que pasa el tiempo se hace su amigo y pelean juntos para regresar a Walker a la Zona Fantasma.

Danny sabe que tiene que mejorar sus poderes para poder vencer a Vlad, pero Maddie lo lleva a un grupo de madres e hijos en florida intentando mantenerse junto a su hijo, pero termina siendo un plan de Vlad para que vayan a él y terminan en su cabaña en Colorado, pero todo se complica cuando Vlad le quita sus poderes a Danny por 3 horas con un cortoPlasmius y ahora debe estar bajo el cuidado de su mamá, huir de los experimentos de Vlad y aprender una valiosa lección sobre convivencia madre e hijo.

Danny se descuida y Paulina ve como se transforma y le dice que no revelara su secreto, pero unos días después Danny descubre que Paulina estaba siendo poseída por Kitty, la novia de Johnny 13, quien quería darle celos por fijarse en otras chicas en una visita a Amity Park, pero Danny se siente muy mal y quiere revertir todo y le pide ayuda desesperadamente a Johnny para que lleve a su novia de vuelta, por la fuerza si es necesario, al final, Danny se queda con el vergonsoso nombre público de Bill el Invisible.

Danny Fenton y Valerie Gray llegan tarde a una clase y por casualidad se convierten en compañeros en un proyecto que vincula responsabilidad compartida que es cuidar un saco de azúcar como si fuera su hijo, pero Skulker lo roba para que ellos pelen y sepa quien es el oponente indicado, pero al final se termina su paciencia y los captura a ambos y los lleva a la Zona Fantasma y ahora Danny Phantom y Valerie deben unir fuerzas para poder salir de ahí y llevar su saco en buen estado para la clase. Mientras todo esto pasa, Tucker se encarga de cuidar a los demás sacos con su negocio de guardería sin pensar en que todos los sacos excepto el suyo terminarían siendo una galleta.

Vlad, en su intento de robar la llave maestra destruye su portal fantasma al no cambiar el ectofiltrador, dejándolo sin opciones, pero idea un plan para poder robar el portal de los Fenton y así conseguir la llave, para eso contrata a todos los cazadores de fantasmas conocidos para que cazen al chico fantasma que vale 1,000,000 de dólares y así distraer a los Fenton mientras que sus buitres desmantelan el portal, cuando Jack lo captura, se da cuenta de que todo fue una trampa de Plasmius y debe impedir que el portal fantasma explote ya que Danny olvido cambiar el ectofiltrador.

Sam se rebela cuando sus sobreprotectores padres cuando le prohíben asistir a un extraño circo gótico que ha llegado a la ciudad. Al tiempo Sam se da cuenta que los miembros del circo son fantasmas, bajo el control místico de un maestro llamado Freakshow con un báculo, lo cual los hace robar todo el dinero del banco y de joyas valiosas. Cuando Danny cae bajo el hechizo de Freakshow y se une al circo, Sam debe destruir el báculo de Freakshow para poder liberar a Danny, pero sin pensar en que pudiera ser castigada con el peor castigo que se pueda imaginar.