Le pilote de la série, initialement diffusé sous forme de téléfilm de deux heures, est réédité sous la forme d'un épisode en deux parties de la série. Dans le premier épisode, un agent intelligent américain, un ami de McGarrett, est retrouvé mort sur une plage d'Honolulu. McGarrett, sachant que l'homme ne nageait pas, décide d'enquêter sur la mort comme un homicide. Five-O n'obtient aucune coopération de la part des fédéraux, ce qui rend McGarrett méfiant. Sa sonde mène finalement à un mystérieux navire, qui est à quai pour des réparations. Sous couverture en tant que membre d'une équipe de réparation, McGarrett découvre une chambre futuriste.

McGarrett se rend chez le gouverneur avec des nouvelles de ce qu'il a découvert dans son enquête. Les deux conviennent que l'affaire est trop importante pour un organisme d'application de la loi d'État ou local. Le Gouverneur contacte Jonathan Kaye, qui supervise les activités de renseignement américaines dans le Pacifique. Kaye recrute McGarrett dans le cadre d'une opération risquée. L'homme de loi sera programmé pour donner de fausses informations lors d'un interrogatoire - et les services de renseignement américains divulgueront que McGarrett connaît l'identité de "Control", l'homme qui supervise directement les agents américains dans la région.

Five-O enquête sur plusieurs cas de femmes touristes disparues. Les victimes étaient toutes veuves depuis peu. Il s'avère qu'ils sont séduits, escroqués puis assassinés. Five-O met en place une opération d'infiltration dans laquelle une femme officier du département de police d'Honolulu servira d'appât. Les coupables sont un couple marié. Il séduit les victimes, elle se fait passer pour sa sœur.

Un fonctionnaire de l'État est tué par une bombe après son retour d'une visite sur le continent. Five-O découvre que l'officiel avait plus d'ennemis qu'il n'y paraît initialement.

Un jeune chanteur est kidnappé peu de temps après une représentation. Le père du chanteur est un magnat de l'hôtellerie continentale. Cependant, le crime a commencé comme un canular et les deux ravisseurs sont des amis du chanteur. Une fois que le magnat de l'hôtel offre une grosse récompense, les amis décident de la récupérer, à n'importe quel prix.

Le principal témoin devant un grand jury enquêtant sur une figure du crime hawaïen meurt subitement à la barre. Dans le même temps, des assassins du Japon tentent de tuer le criminel accusé. Five-O doit découvrir le secret de l'accusé et pourquoi des tueurs japonais le poursuivent.

Dan (Danno) Williams, alors qu'il n'est pas en service, poursuit un suspect armé d'une arme à feu jusqu'à l'appartement de l'homme. En tirant sur la serrure, Danno pense qu'il blesse mortellement le suspect par inadvertance. Tout en s'occupant de l'homme, la petite amie du suspect blessé prend une arme à feu que le suspect avait tirée sur Danny et s'enfuit de l'appartement. Danno est bientôt inculpé et emprisonné. McGarrett se précipite pour retrouver la femme et disculper Danno. On découvre plus tard qu'elle est liée à Big Chicken, un trafiquant de stupéfiants à Honolulu.

Five-O enquête sur un réseau de contrebande d'or. Une jeune femme est déjà morte à cause de la contrebande d'or. Five-O et le département du Trésor américain conçoivent une opération d'infiltration visant à attraper Johnny Fargo, un opérateur impétueux, et le riche avocat qui est le cerveau derrière l'opération.

Au cours d'une poursuite à grande vitesse, une femme saute de la voiture poursuivie par la police. McGarrett arrive alors qu'elle est mourante. Ses derniers mots sont "Les voies de l'amour". Elle portait également une boucle d'oreille en diamant qui faisait partie des joyaux de la couronne d'un autre pays volés à Hawaï. Au domicile de la femme Caro, il y a une lettre adressée à Dave Barca, incarcéré dans une prison californienne. Le Barça était à Hawaï quelques jours plus tôt, au moment du braquage. McGarrett va sous couverture, se faisant passer pour un autre prisonnier de la prison de Californie. Pendant ce temps, Dan Williams et d'autres officiers découvrent...

McGarrett enquête sur un chat cambrioleur qui réussit de façon spectaculaire. Son dernier hold-up a totalisé 30 000 $ de bijoux dans une chambre d'un hôtel de grande hauteur. Le coupable est Joey Rand, un chanteur de salon qui est aussi un joueur compulsif qui doit 200 000 $ à un syndicat du continent. Sa petite amie, qui travaille pour une entreprise qui fait des tournées, fournit à Joey les noms et numéros de chambre des gens aisés. Joey est maintenant la cible d'un McGarrett déterminé et du syndicat qui est prêt à le tuer pour les dettes de jeu du chanteur.

Un militaire américain, à Hawaï pour R&R, devient un pion dans une lutte pour le contrôle d'un syndicat de numéros. Le chef de l'équipe, Philip Lo, est tué et le militaire a été accusé pour cela. McGarrett & Co. se précipite pour résoudre le meurtre, fermer le syndicat des numéros et empêcher le militaire de devenir la prochaine victime d'homicide.

McGarrett est abattu lors de sa course matinale sur la plage. Alors que l'homme de loi est dans un état critique, Dan Williams mène l'enquête. Peu de temps après, un autre homme est tué et Five-O cherche à savoir si les deux incidents sont liés. Il s'avère qu'ils le sont - et le procureur général de l'État pourrait devenir la prochaine victime.

Un procureur de district adjoint est tué lorsqu'il trouve un "box man", c'est-à-dire un perceur de coffre-fort fouillant dans le bureau du procureur un dimanche. L'assistant DA se préparait à poursuivre Matsukino, un gangster local. L'élément de preuve clé, une arme de poing, a maintenant disparu. McGarrett fait venir Matsukino et son bras droit, Cardonus. McGarrett fait un peu de jeu psychologique en laissant partir Matsukino et en gardant Cardonus dans le bureau du juge. Le chef du Five-O rappelle à Cardonus que Matsukino n'aime pas laisser de côté. Après la libération de Cardonus, sa voiture explose...

Une jeune étudiante indonésienne est tuée dans un établissement d'enseignement. Des empreintes de pas sur les lieux du crime indiquent qu'un homme de grande taille était présent. Five-O propose deux suspects : son petit ami américain et un homme handicapé mental, Benny Apa. Aucun des deux boîtiers n'est hermétique. Le petit ami s'est disputé avec la femme décédée peu de temps avant sa mort. Benny Apa avoue le meurtre mais McGarrett ne sait pas s'il sait ce qu'il dit.

Un soldat de retour qui a vu le combat au Vietnam revient à Hawaï et a un grave flashback qui le conduit à prendre en charge un hôpital dont Dan-O en otage.

Dan Williams est incapable d'empêcher une jeune femme droguée (appelée speed mais qui a les propriétés du LSD) de sauter d'une falaise jusqu'à sa mort. L'incident met Five-O sur la piste du professeur David Stone, qui a été expulsé "d'une université continentale" pour avoir incité des étudiants à consommer de la drogue. Alors que McGarrett construit son dossier, le père de la femme décédée confronte Stone et l'oblige à prendre une forte dose de drogue. Stone se retrouve sur la même falaise et maintenant McGarrett tente de lui sauver la vie.

Un mourant est découvert sur une plage. Un mystérieux motard prend l'identité de l'homme et accélère. L'homme a la peste bubonique. Courses Five-O pour contenir une éventuelle épidémie de peste et découvrir ce que fait le motard. McGarrett & Co. découvrent un complot ourdi par un agent chinois pour voler un appareil de vision nocturne américain en cours de développement dans une base militaire américaine à Hawaï.

Dans la prison d'État d'Oahu, les escrocs dirigés par Big Chicken veulent mettre Swanson au pas parce qu'il ne montre pas assez de respect pour «le système». Mais Swanson parvient à tirer sur l'un de ses agresseurs avec des armes que les escrocs avaient introduites en contrebande dans la prison. Swanson rassemble des gardiens de prison comme otages pour tenter de sortir de la prison. Swanson dit que s'il n'est pas libéré, il commencera à tuer les otages. McGarrett s'offre comme otage pour tenter d'éviter l'effusion de sang.

Joey Kalama, fils du détective de police Phil Kalama, tombe presque dans un match de boxe puis revient pour gagner le combat. Plus tard, il est battu par deux voyous et meurt. McGarrett & Co. enquêtent sur la mort tout en essayant de maîtriser Phil, qui enquête également sur l'affaire. La chaleur monte sur Five-O après que le manager de Joey est mort accidentellement alors que Phil essayait de l'interroger.

La sœur de McGarrett, dont le fils en bas âge est en train de mourir d'un cancer, est tombée sous l'emprise d'un charlatan médical. Son mari a peur de la confronter. Au lieu de cela, il convoque McGarrett chez eux à Los Angeles. McGarrett demande l'aide de responsables de la Food and Drug Administration des États-Unis pour poursuivre le charlatan. Cependant, la sœur de McGarrett refuse de croire son grand frère. Lorsque l'enfant meurt, la sœur se retourne contre McGarrett. Alors que le procès commence, il est perturbé par les adeptes du charlatan.

McGarrett, désespérée de condamner le charlatan médical CL Fremont, cherche des preuves où elle peut être poursuivie pour une accusation plus grave. Face à des obstacles extrêmement longs, il convainc la famille d'un ancien patient de Fremont de faire exhumer le corps. Cependant, le cercueil n'était pas hermétique. McGarrett et Zipser, un avocat de la Food and Drug Administration des États-Unis, parviennent à la place à faire trébucher Fremont devant le tribunal. La manœuvre amène la sœur de McGarrett à réaliser que son frère avait raison depuis le début.

Le chef d'un groupe de manifestants est tué alors qu'il affronte le général d'une nation étrangère. Les autorités pensent initialement qu'il s'agissait d'une tentative d'assassinat sur la vie du général. Five-O, cependant, révèle des pistes selon lesquelles le principal manifestant était la victime visée par le tueur. McGarrett & Co. enquête sur les antécédents des autres manifestants. Alors que les jeunes protestaient pour la paix, il s'avère que certains d'entre eux avaient un mobile.

Five-O intercepte un "box man", un pirate expert en sécurité, à l'aéroport d'Honolulu. Le criminel est tué par un tir de Dan Williams, qui a tiré juste avant que le criminel n'ait tiré sur Chin Ho. L'homme avait 20 000 $ et des instructions pour s'enregistrer dans un hôtel à Hilo. McGarrett va sous couverture, se faisant passer pour l'homme de la boîte. L'homme de loi se retrouve impliqué dans un complot impliquant deux autres criminels, Swanson et André, ainsi qu'une femme. Tous prétendent ne rien savoir de "l'Homme" qui leur envoie des instructions. Finalement, McGarrett découvre la cible du complot - un yacht...

À la demande du gouverneur, McGarrett enquête sur le comportement étrange récent de Sam Kalakua. Sam, un ami du gouverneur et un parent éloigné de Kono, est également parmi les derniers descendants de rois hawaïens. Sam dit qu'il a vu la déesse hawaïenne du feu, Pelé, venir le chercher et a tiré avec une arme à feu pour se défendre. McGarrett ("Je suis un homme de ce siècle") ne croit pas aux dieux hawaïens mais pense aussi que Sam n'est pas sénile ou n'imagine pas des choses. Le parent le plus proche de Sam est son neveu George, qui est marié à Eleanor, qui aspire à une vie de jet set. Le couple s'aligne sur un...