Один из спасшихся после взрыва комплекса Майкла принес дурные вести в Атлантис. Картер немедленно собрала спасательную команду, включив в нее доктора Келлер и недавно прибывшую в город капитана Алисию Вега. Однако, когда они прибыли на планету, Рейфы открыли входящую червоточину, чтобы предотвратить бегство.

Работа врача опасна - и Дженнифер Келлер испытала это на себе. Чтобы спасти ее от неминуемой гибели, приходится вывести из стазиса доктора Беккета. Тем временем Вулси начинает осваиваться на новом месте.

На связь с атлантийцами выходит Тир, земляк Ронона, чтобы сообщить, что ему удалось избавиться от внушенного раболепия перед Рейфами, и теперь он хочет наладить испорченные отношения. В результате Декс оказывается в плену, и команда Шеппарда должна успеть спасти его до того, как Рейфам удастся промыть ему мозги.

На орбите Новой Лантии внезапно появляется Дедал, тогда как он должен находиться на Земле. Сканирование показывает, что на борту нет никого живого. Команда Шеппарда поднимается на борт и обнаруживает в журнале последнюю запись о бедствии, сделанную капитаном Соболем. Пока они пытаются понять, кто это такой, происходит неожиданный всплеск энергии, и Атлантис исчезает с поверхности планеты.

Попытки группы репликаторов, стремящейся к вознесению, увенчались успехом - они нашли способ перевести свои сознания в энергетическую форму и избавиться от физических тел. Сразу же после этого они, во главе с копией доктора Вейер, явились в город Предков. Атлантийцы узнали об этом, когда перед ними неожиданно появилась Френ.

Маккей неожиданно заболевает. Доктор Келлер обнаруживает в его мозгу паразитирующий организм, который нельзя удалить хирургическим способом. Родни очень быстро теряет все свои знания, навыки и память, как будто снова становясь ребенком. Джинни Миллер спешит в Атлантис, чтобы навестить брата, но к моменту ее прибытия Маккей уже никого не узнает. Тогда Ронон рассказывает Джинни о святыне на планете Талус, в котором Родни перед смертью на один день сможет снова стать самим собой.

Беккет попросил отложить свое возвращение на Землю: женская команда Атлантиса как раз обнаружила подземный комплекс Майкла с 12ю подопытными в стазисе. Пока Карсон и доктор Элисон Портер изучали лабораторию, Шеппард и майор Энн Телди отправились осматривать окрестности. Ближайшая деревня оказалась заброшенной, но только когда ночной туман нарушил работу всей электроники, а гибриды начали пробуждаться, атлантийцы поняли, что не все из них переживут эту ночь.

Основываясь на исследованиях Майкла, атлантийцы разработали новую генную терапию, которая дала Рейфам возможность питаться обычной пищей. Для тестов они обратились за содействием к Тодду, но он потребовал ответную услугу: ему как раз нужна была помощь Тейлы, чтобы она выдала себя за Королеву его улья, и Тодд смог вступить в переговоры с союзниками. Однако взаимные подозрения между Рейфами слишком сильны, и операция сразу же начинает идти не по плану.

Маккей и Декс вместе вызываются помочь Келлер с медосмотром на другой планете. Неожиданно Дженнифер исчезает, и Ронон обнаруживает следы похищения. Тем временем на планету прибывают Рейфы, и Дексу удается понять, что преследуют Беглеца. Появляются подозрения о связи этого события с исчезновением Келлер.

Несмотря на недовольство Маккея, доктор Джексон прибывает в Атлантис, чтобы изучать труды Януса - Древнего, который изобрел машину времени. Изыскания приводят его к первому контакту с новой расой галактики Пегас, и эта раса настроена вовсе не дружелюбно по отношению к атлантийцам.

Джексон и Маккей в комплексе Януса пытаются отговорить Асгарда от запуска устройства, которое раз и навсегда уничтожит Рейфов. Декс и Келлер на Аполлоне противостоят Тодду, который захватил корабль, чтобы помешать активации устройства Аттеро. Шеппард и Зеленка на корабле Кочевников пытаются добраться до комплекса Януса раньше Тодда.

Баларцам пришлось покинуть свой родной мир, потому что они не только имели иммунитет к чуме Хоффанов, но и стали ядовитыми для Рейфов. Они переселились на новую планету, местные жители которой согласились их принять. Но их настроение резко изменилось, когда они узнали, что Рейфы охотятся на Баларцев. Атлантийцы предложили переселить всех на другую планету, но некоторые предпочли пойти на сделку с врагом. В результате предательства Маккей и Беккет оказываются в плену у Рейфов.

Народы Пегаса создали новую коалицию для борьбы с Рейфами. Связавшись с Атлантисом, они попросили Шеппарда прибыть на встречу. Однако, вместо переговоров об общей борьбе, команда Шеппарда оказывается на суде, где их обвиняют в преступлениях против народов галактики - создание Майкла, чумы Хоффанов и т.п. Вулси прибывает на суд, чтобы защищать подчиненных. Ему придется выяснить, кто руководит процессом.

Прибывший через врата джампер совершенно неожиданно для Атлантийцев испустил энергетический импульс, который отправил в отключку всех обитателей города. Майкл и его слуги прибыли в Атлантис за Тейлой и ее ребенком. Энергетическое поле накрыло всю главную башню и лишило команду Шеппарда возможности приблизиться к захватчикам. Когда же Джону и Родни удался обходной маневр, а Тейла смогла сбежать и хорошо спрятаться, Майкл решил активировать самоуничтожение города.

Вулси начинает флиртовать с привлекательной ученой, недавно прибывшей в город, однако, когда он пытается навести о ней справки, оказывается, что ее не существует. Ситуация осложняется тем, что МНС как раз прислал агента для оценки работы Вулси. Тем временем Шеппард оказывается пленен на материке Новой Лантии старым знакомым Акастусом Колей.

Маккей вместе с Келлер возвращаются на Землю и приезжают в секретную лабораторию его бывшего соперника по исследованиям. Там происходит демонстрация чудесного нового изобретения, которое должно бороться с глобальным потеплением, но ситуация принимает неприятный оборот.

Команды Шеппарда и Лорна отправляются на корабль-улей, который внезапно появился около Новой Лантии. Он кажется заброшенным, но свет в его коридорах моргает, а стены движутся. Один из пехотинцев Лорна обнаруживает коридор, в котором замечает Рейфа-воина без маски. Он успевает вызвать командира, но пока Эван и Джон прибежали, то уже не обнаружили ни пехотинца, ни коридора...

Воровка Нива с помощью устройства Древних обменивается телами с Дженнифер. Пока атлантийцы обнаруживают подмену, Нива начинает представлять угрозу для них. Тем временем Келлер пытается разобраться с подельниками Нивы, не выдав себя.

Детектив Шеппард прибывает на место преступления в Неваде. Найден труп предположительно белого человека - точнее определить трудно, потому что от тела остались только кости с иссушенной кожей. После встречи с агентом ФБР Вулси Джона приглашают в Зону 51, где он знакомится с доктором Маккеем, который специально прибыл из галактики Пегас, полагая, что разыскиваемый серийный маньяк - представитель инопланетной расы, проникший на Землю.

Тодд передал на Атлантис сообщение, что Рейфам удалось найти несколько МНТ, и они строят новый огромный улей. Атлантийцы решают уничтожить корабль, пока он не достроен. Но они прибывают слишком поздно. Улей наносит серьезные повреждения Дедалу, но неожиданно скрывается в гиперпространстве. Маккею удается запеленговать сигнал из другой реальности. После его расшифровки становится ясно, что Рейфам кто-то передал координаты Земли.