Carter为一场巨大的世界外爆炸的受害者展开了一次营救行动； 但是救援队必须与迈克尔和他的军队作战，他们也希望能够挽救幸存者。

Carson Beckett的克隆人从淤滞中移出，可能得到治愈，而这又是唯一可以为严重的医学问题找到治愈方法的人，但对他的最亲密的朋友来说为时已晚。 Keller博士被用来种植一艘占领了亚特兰蒂斯部分地区的幽灵船。

Ronon与Tyre团聚，而Tyre是前Satedan战士，后来变成了“幽灵崇拜者”（来自第4季的“ Reunion”）。提尔希望重建与罗农和亚特兰蒂斯之间被破坏的关系。但当Ronon被被幽灵折磨的幽灵绑架时，情况变得很糟。

一艘宇宙飞船在亚特兰蒂斯上空出现。Sheppard和他的团队发现这艘船是Daedalus号，这很奇怪，因为星际之门司令部证实Daedalus号实际上离地球两天了。Sheppard的团队登上了新的Daedalus，发现它显然已被遗弃，并带有战伤迹象。Teyla查看了Daedalus指挥官Sobel上校的日志条目，该团队从未听说过。突然之间，出现了功率峰值的Daedalus从亚特兰蒂斯上方消失，而从Sheppard团队的角度来看，亚特兰蒂斯消失了。麦凯发现，通过他所说的“替代现实驱动”，它们已经被推进到平行宇宙中，因此Daedalus实际上是来自多重现实。

Weir博士以“数字提升”的身份回到亚特兰蒂斯，她希望利用亚特兰蒂斯来为自己的意识以及其他八位同样希望提升的复制者构建人体。 Weir说服团队允许其他复制者在重建自己的FRAN后召唤他们的身体，这是复制者McKay先前创建的，目的是让他们自己居住的人体。但是，其中一个复制者 ，Koracen不喜欢它，因此逃离了实验室，以保留复制器并寻求提升。 当他试图杀死Sheppard时，Weir摧毁了他，并意识到她和其他复制者构成了太大的威胁，牺牲了自己，以诱使其他复制者通过一个太空门，在那儿，它们因空间的寒冷而永远被冻结并被停用。

McKay的姐姐Jeannie得知亚特兰蒂斯的弟弟已感染了一种被称为“第二孩童时期”的神秘疾病，这种疾病相当于快速发作的阿尔茨海默氏病。Rodney已经退回到孩子般的状态，所有医疗干预尝试均以失败告终。

Sheppard、Beckett和Teldy少校来到了一个星球，该星球的迈克尔研究设施之一是隐藏在洞穴系统中的早期人类-人类杂交种。 团队与混合动力战斗并杀死了它们。

SGA小队援助了一个受到幽灵威胁的村庄，但是当Keller博士被另一名奔跑者绑架时，Ronon和McKay必须解救他们中的一个。

Daniel Jackson返回亚特兰蒂斯，对兰坦科学家Janus进行研究。 但是，在找到了Janus的秘密实验室之一之后，McKay和Jackson在亚特兰蒂斯出现一艘外星人飞船后失踪，第一次接触的进展不佳。

Sheppard和Zelenka在星际之门爆炸中幸存下来，但这座城市遭到严重破坏。 Todd迫使Sheppard放弃了阿特罗装置（Atero Device）的位置，前往Daedalus。

Sheppard和他的团队遇到了一男一女名叫Sefaris和Novo，巴拉拉行星的两个幸存者，他们在霍芬瘟疫中幸存下来，与Beckett博士一起帮助其他人。 但是，当幽灵来找猎杀他们时，巴拉兰人面临着村子的背叛。

一群组成“联盟”的人类文明对亚特兰蒂斯号探险队针对飞马星系的犯罪进行审判，其中一个Latiran人可能为Genii工作。Richard Woolsey最终加入联盟并为亚特兰蒂斯队辩护，尽管Latiran贵族指责他们为Asurans人破坏了自己的家园。 Woolsey最终设法说服一名公正的法官，使他们相信自己是无辜的，同时说服一名为Genii工作的法官，亚特兰蒂斯作为联盟的军事力量会更好，这使他们被判无罪。

Michael Kenmore has infiltrated Atlantis with an army of his Hybrids, and closes off Stargate Operations and the surrounded levels to prevent anyone from taking it back. His plan; take Teyla Emmagan and her child to perfect his Hybrids, and to destroy the base when they're done. Meanwhile, Lt. Colonel John Sheppard, Dr. Rodney McKay and a team try to take back the city before Michael leaves with what he wants.

Sheppard被Acastus Kolya绑架。。在亚特兰蒂斯，Woolsey、McKay和其他团队成员发现一个名为Sakari的古老种族，这是一个基于硅的生命形式，它使用强烈的幻觉来操纵人们。

McKay带着Keller被邀请参加一个老对手关于解决全球变暖问题的科学演讲， 随后一切都出现了问题。 该计划使用物质桥将热量传递到替代现实，该计划基于McKay和Jeannie在《McKay和Miller夫人》一集中的研究而产生的效果。 最终，这个计划被关闭了，McKay挽救了Keller的性命后，她承认自己爱他，于是他们开始了恋爱关系。

SGA小队调查了幽灵蜂巢上的神秘事件，Todd和他的船员正患病，因为幽灵船本身是有机的，所以连整艘船也患有这种疾病。 据透露，他们在尝试Keller的基因疗法后就得了这种病，这种疗法确实有效，副作用是免疫系统被削弱。

Keller医生被诊断出患有心理疾病。 但是，亚特兰蒂斯号探险队几乎没有意识到她已经接触过身体转换技术，这与SG-1在SG-1情节“ Avalon”中发现的那种要求受试者不靠近身体的技术相似。 同时，Keller的意识面临着一个通缉的逃亡妇女Neeva的拼命挣扎。 最终，SGA小队找到了该装置，而Ronon则将其销毁。

在另一个现实中，侦探Sheppard和联邦调查局特工Woolsey陷入一起类似CSI的谋杀案，其中涉及几起明显来自内华达州拉斯维加斯的幽灵的谋杀案。 最终表明，这只幽灵是攻击地球并被摧毁的蜂巢船的唯一幸存者。 幽灵计划向另一只幽灵发送一个传送带，将他们引到地球，但Sheppard找到了他，一场战斗之后Sheppard受到致命伤。 当幽灵要杀死他时，Woolsey派出的两架A-10雷电II就到达了。

Wraith计划通过将Hive船与来自Asurans的失窃的零点模块集成在一起来升级Hive船，并从替代现实（“ Vegas”）中拾取来自地球的微弱信号，确定该船地球的位置。