Il Colonnello Carter è alla guida di una missione per salvare alcuni membri della squadra rimasti intrappolati sotto le macerie del laboratorio di Michael. Nel frattempo Michael si sta avvicinando sempre di più a bordo di un'astronave da combattimento.

La Dottoressa Keller viene aggredita da un'entità aliena e la squadra si rivolge al clone di Carson che è stato da poco rimosso dallo stato di ibernazione.

Ronon viene catturato dal uno dei suoi vecchi amici adoratori dei Wraith. Tyre intende offrirlo ai Wraith per ritornare nelle loro grazie.

La squadra di Sheppard trova l'astronave terrestre Daedalus abbandonata in orbita del pianeta, ma una volta a bordo il team si ritrova a saltare da una realtà parallela all'altra.

I membri della spedizione vengono in contatto con un Replicante scienziato di nome Koracen il quale afferma che i Replicanti hanno scoperto il modo di 'ascendere' digitalmente. Il team è ovviamente scettico e Koracen offre una dimostrazione pratica, tuttavia durante l'esperimento, la squadra rimane bloccata all'esterno di una delle stanze della città.

McKay contrae la versione Pegaso del morbo di Alzheimer, chiamata 'Seconda Infanzia'. La malattia agisce sui suoi sistemi neurali e Rodney comincia a perdere la memoria.

Durante una missione su un pianeta dove si trova uno dei laboratori di ricerca di Michael, Sheppard e Beckett s'imbattono in una creatura terrificante.

La Dottoressa Keller viene rapita durante una missione di assistenza su un altro pianeta. Ronon e McKay si mettono sulle sue tracce e scoprono che l'uomo che l'ha rapita ha qualcosa in comune con Dex.

Daniel Jackson arriva ad Atlantide per effettuare delle ricerche su uno scienziato degli Antichi di nome Janus.

Sheppard deve salvare McKay e Daniel Jackson dal laboratorio di Janus, prima dell'arrivo di Todd, che è riuscito a impadronirsi dell'Apollo.

I Wraith scoprono la presenza di un gruppo di sopravvissuti agli esperimenti di Michael che la squadra di Atlantide ha sistemato presso il popolo di un altro pianeta. Sheppard e gli altri cercano di convincere gli abitanti del villaggio a evacuare prima che l'astronave Alveare arrivi.

Sheppard e la sua squadra vengono accusati di crimini contro la Galassia di Pegaso da una Coalizione di pianeti abitati da esseri umani. Costretti ad affrontare il processo, si affidano a Woolsey e alle sue conoscenze legali.

Michael riesce a impossessarsi della sala controllo di Atlantide ed è determinato a rapire il bambino di Teyla.

La spedizione sta esplorando il loro nuovo pianeta e la squadra scopre che esiste un'antica razza di alieni indigeni del posto. Nel frattempo Sheppard viene catturato da un vecchio nemico creduto morto.

Rodney è costretto a tornare sulla Terra per assistere al trionfo scientifico di un suo vecchio rivale. Tuttavia, una volta tornato a casa, McKay deve intervenire per distruggere la nuova tecnologia che ha effetti devastanti sul clima.

Una nave alveare dei Wraith arriva in orbita sul pianeta di Atlantis e manda un segnale di soccorso. Sheppard guida una squadra per indagare sull'accaduto e scopre che i Wraith sono stati contagiati da una strana malattia.

Una ladra usa un congegno degli Antichi per scambiare il suo corpo con quello della Dottoressa Keller, la quale in fuga da Atlantis, deve vedersela con il complice della ladra che le ha rubato il corpo e un gruppo di cittadini derubati che sono sulle sue tracce.

Il Detective John Sheppard indaga su una serie di strani omicidi avvenuti nella città di Las Vegas...

Todd informa gli abitanti di Atlantide che un Wraith ribelle è entrato in possesso di alcuni Z.P.M. e che ha al suo comando una formidabile nave alveare. La Dedalus ingaggia battaglia ma non riesce a sconfiggerla a la squadra viene a sapere che l'astronave nemica è in rotta verso la Terra....