Po výbuchu skladiska sú Sheppard, Ronon, McKay a Lorne uväznení pod troskami. Poručík Edison sa tak sám vracia na Atlantídu, odkiaľ je okamžite vyslaný záchranný tím. Lenže s autodeštrukciou sa automaticky poslala správa aj na Michaelovu loď, ktorá okamžite mení kurz a smeruje k planéte. Daedalus je však tiež na ceste, ale ihneď po prílete je atakovaný Michaelovým krížnikom, na ktorom sa nachádza aj Teyla. A tak sa John s Rodneym a Rononom vydávajú v zamaskovanom jumperi zachrániť Teylu a jej nenarodené dieťa...

Nový veliteľ Richard Woolsey je transportovaný na Atlantídu a hneď musí čeliť novému problému - dr. Kellerová sa nehlási na svojej rannej smene. Teyla, McKay a dr. Beckett, ktorý bol prebudený zo stázy, nachádzajú Jennifer v bezvedomí a s neznámymi organickými končatinami prirasteným k jej telu. Vyzerá to ako nejaký ďalší experiment Wraitha Michaela. Carson vykonáva lekársky výskum, zatiaľ čo ostatní členovia tímu sú v karanténe, ich telo by totiž mohlo byť tiež nakazené neznámym vírusom. Medzitým sa mimozemský organizmus rozrastá aj do ostatných poschodí smerom k hlavnej energetickej sieti...

Ronon je zajatý svojím bývalým priateľom zo Satedy - Tyrom. Ten ho privedie pred Wraitha a požaduje odmenu za jeho chytenie. Wraith sa na Rononovi kŕmi znovu a znovu, snaží sa ho tak zmeniť a vytvoriť ďalšieho uctievača wraithov, ktorý by mal bez zľutovania bojovať proti veľkému nepriateľovi wraithov - Atlantíde. Medzitým sa Sheppard, Teyla, McKay aj zmenený Tyre snaží Ronona nájsť...

Na orbite planéty, kde sa nachádza Atlantída, sa znenazdajky objaví pozemská loď Daedalus. Tím plk. Shepparda sa vydá v jumperi prázdnu loď preskúmať. Tam z lodných záznamov zistí, že posádka na čele s kap. Sobolovou opustila loď so všetkými zásobami a vybavením a transportovali sa na nejakú obývateľnú planétu. Rodney pracuje na obnovení energie, keď v tom skočí loď do ďalšej reality...

Sheppardov tím sa nachádza v jumperi, keď zrazu prestanú fungovať všetky systémy. Po prílete na Atlantídu sa rovnaké veci začínajú diať aj tam, a tak sa McKay snaží obnoviť späť energiu. Potom zistí, že Koracen, replikátorský vedec v tíme dr. Weirovej, prišiel na spôsob, ako dosiahnuť digitálneho ekvivalentu povznesenia. Replikátori by tak mohli existovať ako čistá energia v subpriestore, čo im dovolí voľný pohyb po galaxii. Keď sa John snaží dostať do uzamknutej časti mesta, objaví sa vo dverách F.R.A.N. - replikátorská žena vytvorená dr. McKayom v minulom roku. Tá tvrdí, že je Elizabeth Weirová...

Tím Johna Shepparda sa vydáva na prieskumnú misiu ďalšej planéty, brána je tam ale pod vodou. Po príchode späť na Atlantídu začne byť Rodney chorý a postupne stráca pamäť, nepamätá sa, kto je, kde je a čo robí. Zasiahne ho totiž mentálna choroba podobná Alzheimerovej chorobe. Tá ho pripraví o všetky spomienky a uvedie ho do stavu dieťaťa. Preto je zo Zeme privolaná jeho sestra Jeanie Millerová, aby sa s ním rozlúčila, Rodney totiž postupne umiera. Ronon má však nápad, ako McKaya zachrániť...

Sheppardov tím sa spoločne s dr. Kellerovou dostáva na materskú loď Wraitha Todda. Tomu ponúkajú riešenie, ktoré by pre Wraithov znamenalo koniec kŕmenia na ľuďoch - pomocou génovej terapie by mohli prijímať obyčajnú potravu. Todd chce preto uskutočniť návštevu ďalšej wraithskej materskej lode, ktorá je s ním v spojenectve, aby prehovoril najvyššiu kráľovnú. Teyla tak podstupuje lekársky zákrok, ktorý z nej urobí Wraitha. Potom predstiera, že je Toddovou kráľovnou. Obaja musia spolupracovať, aby ich lesť nevyšla najavo...

Rodney, Ronon a dr. Kellerová sa vydávajú na jednu planétu, aby uzdravili niektorých dedinčanov. Jennifer však niekto unesie - štvanec Kiryk, ktorému bolo Wraithami implantované monitorovacie zariadenia, aby ho mohli pre zábavu loviť rovnako ako kedysi dávno Ronona. Kiryk chce po doktorke Kellerovej, aby zachránila asi desaťročnú dievčinu, ktorá ako jediná prežila nájazd wraithov a ktorá je vážne chorá. Ronon s McKayom sa vydávajú Kellerovú zachrániť...

Dr. Daniel Jackson má v SGC voľno a tak sa po dlhých rokoch opäť vracia na Atlantídu. Tentoraz je to kvôli výskumu antického vedca Janusa. Spoločne s McKayom nájdu jeho tajnú laboratórium v meste, aj keď z príchodu Daniela nie je Rodney nijako nadšený. Pri prieskume laboratória sa aktivuje jeden antický prístroj, ktorý subpriestorom privolá neznámu rasu v robotických oblekoch. Tí sa vo svojej lodi dostanú až na Atlantídu a Daniela s Rodneym unesú. Medzitým tiež prebieha na Deadalovi rokovanie medzi Atlantídou a wraithom Toddom...

Daniel Jackson a Rodney McKay sú stále v antickom zariadení, kde práve sprevádzkovali prístroj, ktorý neumožňuje Wraithom používať na svojich lodiach hyperpohon. Lenže aktivácia zariadenia má vedľajší účinok - samovoľné autodeštrukcie brán. Dr. Kellerová je spolu s Rononom prenasledovaná na Deadalovi, na ktorým prevzal moc Todd. Lenže Ronon sa len tak nevzdá, aj keď má od Todda ultimátum - pokiaľ sa bude snažiť čokoľvek urobiť, Wraithovia postupne pozabíjajú členov posádky. Atlantídu kontaktuje rasa Cestovateľov, a tak sa s nimi Sheppard a Zelenka stretávajú na ich lodi. Spoločne potom letia zachrániť McKaye a Jacksona. Lenže Todd tam letí tiež. Kto tam bude skôr?

Tím zložený z členov expedície spoločne s dr. Beckettom presídli niektorých Balaranov, ktorý prežili zamorenie Hoffanským proteínom, na novú, ale obývanú planétu. Lenže k planéte sa blíži wraithská materská loď a tak musia všetci bezodkladne planétu opustiť. Sheppard navrhuje, aby sa dedinčania presunuli na Atlantídu, odkiaľ sa následne dostanú na novú planétu. Svoj domov však nechcú niektorí opustiť, bránu navyše stráži wraithská hliadka...

Sheppardov tím kontaktujú predstavitelia koalície ľudí z rôznych svetov. Majú sa s nimi stretnúť na jednej z ich planét. Čoskoro po príchode však zistia, že neboli pozvaní kvôli koalícii, ale majú byť postavení pred súd kvôli činom, ktoré spáchali v galaxii Pegasa (existencia Michaela, zamorenie Hoffanským proteínom). Major Lorne preto cestuje so zástupcom koalície na Atlantídu, aby všetko vysvetlil Woolseymu. Ten sa nakoniec sám vydáva na planétu podporiť svoj tím.

Počas tichej a hlbokej noci dorazí na Atlantídu v puddle jumperi Michael so svojimi mužmi - hybridmi. Okamžite po prílete sa aktivuje nejaké silové pole, ktoré omráči všetkých na tomto podlaží. Michael chce Teylino dieťa, s ktorým má svoje vlastné plány. Dostáva sa do ovládania a po prelomení ochranných kľúčov získava kontrolu nad mestom. Každý novo prichádzajúci, ktorý sa dostane do kontaktu so silovým poľom, tiež okamžite upadá do bezvedomia, a tak má Michael celkom dostatok času na uskutočnenie svojho plánu. Keď získa Teylino dieťa, chce spustiť autodeštrukcie mesta...

Sheppard je spolu s dvoma botanickými pracovníkmi na pevnine planéty, kam sa pred rokom a pol presunula Atlantída. Zrazu ho niekto unesie a zviaže. Keď sa snaží uniknúť, zastaví ho niekto, koho naozaj nečakal a koho sám pred dvoma rokmi zastrelil - Acastus Kolya. Na Atlantíde sa medzitým Woolsey stretáva s novou členkou expedície - dr. Vanessou Conradovou, ktorá priletela na Apolle. Zároveň je Woolsey podrobený analýze IOA, či je stále spôsobilý viesť expedíciu na Atlantíde. McKaya spolu so Zelenkom však čaká ďalšie nečakané zistenie - na planéte sa nachádza aj prastará rasa, ktorá potrebuje prežiť...

McKay je pozvaný, aby na Zemi navštívil svojho dávneho akademického rivala dr. Malcolma Tunneya. Rodney je naštvaný, pretože Tunney na Zemi dosiahol veľké úspechy. Tunney usporadúva večierok kvôli ukážke svojho nového vynálezu - zariadenia na boj s globálnym otepľovaním, a tak McKay berie so sebou dr. Kellerovú. Lenže po spustení nejde zariadenie vypnúť, preto musí Tunney a Rodney spolupracovať, aby zachránili životy všetkých v budove...

Blízko Atlantídy sa objavila wraithská loď, a tak ju Sheppardov tím spolu s tímom maj. Lorna preskúmava. Plavidlo sa zdá byť opustené, ale keď jeden z vojakov začuje nejaký hluk, už si tým nikto nie je tak istý. Na lodi sa vyskytuje niekoľko divných wraithských bojovníkov, s ktorými sa už členovia expedície stretli. Sheppard s Lorna musia vymyslieť, čo urobia. Medzitým trpí dr. Kellerová nedostatkom sebadôvery, musí si totiž rozšíriť vedomosti o wraithskej fyziológii a je na ňu vyvíjaný veľký nátlak. Rodney jej však pomáha a snaží sa ju povzbudiť.

Vedomie dr. Kellerovej je prenesené do ženy menom Neeva. Neeva je zmätená - je v inom tele v neznámom meste, a preto chce v tele Jennifer z Atlantídy utiecť. Je to vďaka antickému prístroju, ktorý musí byť neustále aktívny, aby sa presun vedomia udržiaval. Medzitým Jennifer zistí, že sa nachádza v tele Neevy a že je vo väzení na neznámej planéte. Predstavitelia dediny ju chcú popraviť za to, čo Neeva urobila. Je síce zachránená svojimi zlodejskými komplicmi Jannikom a Bordalom, avšak tí začínajú tušiť, že je niečo v neporiadku. Tím plk. Shepparda musí nájsť ako Kellerovú, tak aj mimozemské zariadenie, ktoré presun spôsobilo.

V púšti neďaleko Las Vegas bolo nájdené telo. Na miesto prichádza detektív John Sheppard. Vyzerá to, že v meste vyčíňa divný sériový vrah. Mŕtvola v púšti je už jeho ôsma obeť. Všetky obete boli zoschnuté, ako keby z nich niekto vysal život. John sa stretáva s agentom Woolseym z FBI, ktorý ho vezme do Oblasti 51. Tam sa od dr. McKaya dozvedá rôzne tajné a neuveriteľné veci. Vrah však medzitým zabije ďalšiu obeť a John ho musí nájsť a zneškodniť...

Na Atlantíde sa aktivuje brána - Todd pomocou rádiového spojenia varuje expedíciu, že jeden z jeho vedcov a dôstojníkov ho zradil. Pri vojne s replikátormi Todd tajne ukradol niekoľko ZPM a jeho najlepší vedci pracovali na upravení materskej lode, aby mohla čerpať energiu práve zo ZPM. Keď na to jeden wraithský vedec prišiel, rozhodol sa obrátiť proti Toddovi. Nová materská loď by sa tak stala úplne neporaziteľnou. Daedalus na čele s plk. Caldwellom sa snaží ešte nedokončenú loď zničiť, avšak nevyjde to. Naopak dostane správu, že Wraithovia dostali súradnice Zeme a chystajú sa ju napadnúť. Všetci tak spoločne musia odvrátiť nevyhnutnou katastrofu...