Een gewonde Sheppard zit met Ronon gevangen onder het puin van Michaels ingestorte gebouw. Opgesloten in een ander deel van het gebouw zitten McKay en Lorne, die beseffen dat Michael onderweg is. Carter leidt een reddingsmissie.

Nadat Dr Keller zich niet meldde voor de ochtendploeg, gaan ze haar zoeken. Ze ligt bewusteloos op haar bed en er zitten een soort boomwortels vast aan haar lichaam. Het team wordt in quarantaine gezet omdat ze misschien ook geïnfecteerd zijn met de ziekte.

Een oude bekende van Ronon, Tyre, ontvoert Ronon. Tyre is een Wraith-worshipper die verslaafd is geraakt aan het Wraith-enzyme.

De Daedalus is onderweg naar Aarde. Denkt men. Dan verschijnt de Daedalus opeens bij Atlantis. Zonder iemand aan boord. Sheppard en zijn team gaan op onderzoek uit.

De stad Atlantis wordt overgenomen door de geesten van de Replicators zonder lichaam, die worden geleid door een goede bekende van het team...

Rodney McKay lijdt aan een ziekte van de Pegasus Galaxy, die lijkt op de ziekte van Alzheimer. Hierdoor krijgt Mckay het gedrag van een klein kind en zijn geheugen wordt met de dag slechter.

Een team van Atlantis vindt een grot waarin Michael experimenten heeft uitgevoerd. Sheppard en Mckay schieten te hulp om het te onderzoeken. Ook vinden ze een eind verder op een dorp, maar dat lijkt verlaten te zijn.

Keller vindt een manier voor de "vriendelijke" Wraith Alliantie om hun enige zwakte te bestrijden, zodat de Wraith zich niet meer hoeven te voeden aan mensen, waardoor ze er een voordeel bij hebben in het gevecht met andere Wraith Allianties.

Keller wordt ontvoerd op een planeet waar zij samen met Ronon en Mckay zieke mensen probeert te helpen. Dan wordt Dr. Keller onvoerd door een Runner.

Een oude bekende van SG-1 keert terug naar Atlantis met het vermoeden dat er een geheim laboratorium aanwezig is. Keller en Ronon hebben een afspraak met Todd om de experimenten van Keller voort te zetten.

Sheppard moet McKay en Daniel Jackson redden van een oud laboratorium dat toebehoorde aan Janus voordat Todd, die de Daedalus heeft gekaapt, sneller is.

De Wraith arriveren in een dorpje waar Dr. Beckett aan het werk is en eisen dat de lokale bewoners een groep vluchtelingen overgeven die de Hoffman-plaag hebben overleefd.

Een nieuwe alliantie van mensen-werelden stelt het Atlantis team terecht voor de zogenaamde misdaden tegen de Pegasus Galaxy.

Het team vecht om de controle terug te krijgen over Atlantis, als Michael de controleruimte heeft ingenomen om Teyla's kind mee te nemen en de stad te vernietigen.

Terwijl hij wordt onderzocht door de I.O.A., ontmoet Richard Woolsey een mooie wetenschapster die niet is wat ze lijkt. Sheppard wordt gevangen en gemarteld door een vijand waarvan hij dacht dat hij dood was.

Rodney McKay krijgt een uitnodiging van een oud-studiegenoot om een wetenschapsconventie bij te wonen waar een nieuwe klimaatmachine gedemonstreerd wordt. Samen met Dokter Keller gaat hij erheen. De machine blijkt echter niet uitgezet te kunnen worden...

Een Wraith ship verschijnt boven Atlantis. Ze ontvangen een beschadigde videoboodschap van Todd, de Wraith, waar het Atlantis-team weinig mee kan. Onderzoek lijkt uit te wijzen dat het schip geen levenstekenen vertoont. Nadat ze het schip verkennen blijkt dat er gemuteerde Wraith rondlopen die het op hen gemunt hebben.

Een bende dieven stuit op een artefact waardoor per ongeluk Dokter Keller en de vrouwelijke bendeleider Neeva Kessal van geest wisselen.

In een alternatieve dimensie blijkt het leven van John Sheppard een andere wending te hebben genomen door een anders gelopen keuze met catastrofale gevolgen. Als verbitterde privé detective onderzoekt hij vreemde moorden.